《微RNA介導的長鏈非編碼RNA的調控網路和功能研究》是依託中山大學，由楊建華擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名：微RNA介導的長鏈非編碼RNA的調控網路和功能研究
- 項目類別：面上項目
- 項目負責人：楊建華
- 依託單位：中山大學
中文摘要,結題摘要,
中文摘要
長鏈非編碼RNA（lncRNA）、微RNA(miRNA)和競爭性內源RNA (ceRNA)在細胞功能和命運決定中起關鍵作用，並影響著腫瘤的發生髮展。然而，miRNA-lncRNA和miRNA-ceRNA之間互作的潛在規律及功能還有待闡明。我們前期研究開發了starBase和ChIPBase兩大功能分析平台實現對miRNA功能靶標組和lncRNA轉錄調控網路的研究。在此基礎上，本項目擬通過整合CLIP-Seq和轉錄組數據，開發新的算法和平台在轉錄組水平系統地鑑定miRNA-lncRNA及miRNA- ceRNA互作網路；進一步結合功能基因組的數據，開發基於ceRNA調控網路預測lncRNA功能的新方法，在神經膠質瘤和結腸癌等高通量癌症基因組數據中鑑定癌症特異的lncRNA及其ceRNA 功能網路，探討它們在腫瘤發生髮展過程中的作用，拓展我們對lncRNA功能及ceRNA調控網路的認識。
結題摘要
長鏈非編碼RNA（lncRNA）、微RNA(miRNA)是兩類重要的非編碼RNA基因。他們在各種生物學過程中扮演重要的作用，並參與到腫瘤的發生髮展。然而，miRNA與lncRNA的功能及其它們與其它因子之間的互作網路還有待闡明。 本項目首先整合了108個CLIP-Seq高通量測序數據開發了非編碼RNA功能分析平台starBase去系統鑑定miRNA-target和protein-RNA的互作網路。我們鑑定了約成千上萬對miRNA-lncRNA和ceRNA等互作調控關係。此外，我們平台提供了最全面的CLIP-seq數據支持的miRNA-mRNA的互作網路和各種功能分析平台。 解析細胞特異性轉錄因子對非編碼RNA基因轉錄的時空調控，是當前非編碼RNA研究中極具挑戰性的問題。本項目整合了10200個ChIP-Seq的數據鑑定了miRNA、lncRNA和其他基因的調控網路，開發了高通量非編碼RNA轉錄調控網路分析平台ChIPBase v2.0。我們構建了regulator模組預測成千上萬的轉錄因子調控非編碼RNA和蛋白基因的表達。 雖然已經有超過100多種RNA修飾類型已經被鑑定，但是絕大多數修飾類型的功能、機制和在調控RNA上的分布規律仍有待闡明。我們自主開發了RNA修飾測序數據的分析平台RMBase去解碼RNA修飾的全基因組圖譜。我們的平台鑑定和注釋了大量的RNA修飾位點，揭示了一個全面的RNA表觀遺傳圖譜。 為了研究miRNA、lncRNA和其他非編碼RNA在癌症中的特性。我們整合了來自15種腫瘤類型的約7000樣本的癌症基因組數據，鑑定了大批失調的lncRNA，預測了大批跟病人預後相關的lncRNA。同時，我們開發了tRF2Cancer軟體平台在大規模的癌症測序數據中鑑定了大批跟疾病相關的tRF基因。此外，分析癌症基因組數據，我們揭示了RNA結合蛋白在癌症發生髮展中的作用，實驗驗證了6個RNA結合蛋白在結腸癌和肝癌的重要生物學功能。 以上的成果發表了12篇研究論文，其中8篇影響因子均大於10.0，1篇為Cell子刊論文，SCI總影響因子達到100點。另外，我們3篇研究論文入選ESI高引用論文，1篇入選 “2014年中國百篇最具影響國際學術論文”。我們超額完成了項目的任務。
