《長鏈非編碼RNA作為肝癌分子標記的篩選及其功能研究》是依託復旦大學，由周儉擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名：長鏈非編碼RNA作為肝癌分子標記的篩選及其功能研究
- 依託單位：復旦大學
- 項目類別：面上項目
- 項目負責人：周儉
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
長鏈非編碼RNA（lncRNA）是一類轉錄長度超過200個核苷酸的非編碼RNA。最新研究顯示，lncRNA雖不能編碼蛋白，但能在多種層面上調控基因的表達（表觀遺傳學調控、轉錄以及轉錄後調控等），並與microRNAs和靶基因構成了體內複雜的調節網路，參與多種生命活動。已證實，lncRNA與許多腫瘤的發生密切相關，但目前報導的與肝癌相關的lncRNA 僅有三個：H19、MALAT-1、HULC。我們前期預實驗顯示，多種lncRNA在肝癌及癌旁組織中存在著顯著的表達差異，提示尚有許多未知的lncRNA參與了肝癌的發生 。本課題將採用轉錄組測序的方法獲取肝癌轉錄譜，根據轉錄譜訂製lncRNA晶片並結合qRT-PCR進行擴大病例數的篩選、驗證，獲取與肝癌發生特異相關的lncRNA，並通過後續的功能分析，以期從新的角度闡明肝癌發生髮展的分子機制，同時為肝癌的診斷和靶向治療提供新的線索。
結題摘要
腫瘤的發生是個複雜的生物學過程，原癌基因的活化、抑癌基因的失活和非編碼RNA的結構變異和調節異常能夠導致包括肝癌在內的各種腫瘤。本課題套用Human LncRNA Microarray v2.0表達譜晶片和Human 2.1M LncRNA Promoter Microarray啟動子晶片對8例肝癌組織和癌旁組織樣本進行檢測，篩選肝癌組織中啟動子高甲基化且表達水平顯著下調的lncRNA 22個；套用實時定量PCR（qRT-PCR）、甲基化特異性PCR反應（Methylation specific PCR, MSP）對驗證集（n=8和n=54）進行樣本驗證，發現LncRNA-SCARF1在肝癌組織中表達顯著低於癌旁組織，且其啟動子呈現高甲基化水平。用甲基化抑制劑5- 氮雜脫氧胞苷酸 （5’-Aza- dc ）干預肝癌細胞株，qRT-PCR法和BSP法檢測其LncRNA-SCARF1啟動子CpG甲基化狀態得到明顯逆轉（P＜0.01），而其表達量則顯著升高（P＜0.01）。同時肝癌細胞轉染過表達LncRNA-SCARF1質粒後，發現可通過 PIK3CA/AKT/Bcl-2/Bax信號通路發揮其在肝癌細胞中的抑癌活性，實現對肝癌細胞增殖、侵襲、凋亡的調控。提示LncRNA-SCARF1啟動子高甲基化水平引起其下調其表達，進而通過PIK3CA/AKT/Bcl-2/Bax信號通路影響肝癌發生髮展。 鑒於大部分肝癌發生在由各種原因導致的肝硬化背景上，由慢性乙型或C型肝炎－異型增生結節（Dysplastic Nodules, DN）－HCC逐漸演化、發展而來。課題組通過對比正常細胞基因組、DN基因組和HCC基因組遺傳變異之間的差異，發現泛素連線酶E3C（UBE3C）存在 HCC相關遺傳突變。研究結果發表在“Hepatology” （2014年）。在肝癌組織中還發現若干與肝癌轉移復發相關的新型標誌物，包括小熱休克蛋白Cryab、趨化因子CXCL5和乙醛脫氫酶3A1（ALDH3A1）等。研究結果以通訊作者發表在“Hepatology” （2013年） 、“Int J Cancer”（2013年）和“Cancer letters”（2015年）。 課題負責人為2012年度國家傑出青年科學基金獲得者。以第一或通訊作者發表與本課題相關的論文8篇，均為SCI收錄。
