肝癌中p53直接調控microRNA及其靶基因的篩選與調控機制研究

《肝癌中p53直接調控microRNA及其靶基因的篩選與調控機制研究》是依託西南交通大學，由熊莉麗擔任項目負責人的青年科學基金項目。

基本介紹

• 中文名：肝癌中p53直接調控microRNA及其靶基因的篩選與調控機制研究
• 項目類別：青年科學基金項目
• 項目負責人：熊莉麗
• 依託單位：西南交通大學

項目摘要

p53與microRNA均參與肝癌發生，但兩者在肝癌中形成何種調控機制目前尚不清楚。項目組前期通過計算生物學手段與實驗驗證相結合，已初篩miR-29a和miR-101-2在肝癌細胞中受p53調控，通過螢光素酶報告系統以及ChIP等實驗已證實p53直接調控miR-101-2。基於前期基礎，本項目擬研究：（1）確定p53直接調控mir-29a；（2）miRNA靶基因預測、分析與實驗驗證，闡明p53-miRNA調控通路；（3）體內外實驗研究mir-29a與mir-101-2對肝癌細胞周期、細胞凋亡、肝腫瘤形成等方面產生的影響。通過本項目研究，有望闡明p53與miRNA調控關係中存在著新的調控模式，為以miRNA為基礎的肝癌治療提供一定的理論依據與實驗基礎。

結題摘要

p53作為一種重要的轉錄因子參與調控microRNA，並在腫瘤疾病的發生與發展中起著關鍵的作用，但轉錄因子與miRNA形成何種調控機制目前尚不清楚。在基金委的資助下，我們通過下一代測序技術對p53直接調控microRNA進行了高通量篩選，兩次生物學重複測序共得到了127 和 215個差異表達microRNA，通過進一步篩選最終得到33個p53調控miRNA。GO和KEGG功能富集分析展示87.9%和90.9%的p53調控miRNAs靶基因顯著富集於腫瘤相關生物學進程與信號通路中。整合ENCODE的ChIP-seq數據，我們共發現18個p53調控miRNA存在ChIP實驗證實的p53結合位點。在此基礎上，我們深入探討了轉錄因子與miRNA形成的調控網路，在包括肝組織在內的12個組織中識別了2,347個轉錄因子與miRNA的調控作用，結果顯示多數的轉錄因子結合位點富集於miRNA的轉錄起始位點附近。我們發現組織特異性miRNA多數被非組織特異轉錄因子所調控，並且轉錄因子的組織特異表達水平與轉錄因子-靶基因相互作用存在相關性。其中，myc作為一種重要的促癌轉錄因子與p53通路形成反向調控作用，myc-miRNA的靶基因同p53-miRNA靶基因功能類似，高度富集於細胞周期、細胞凋亡與細胞增殖等腫瘤相關生物學進程中。我們這些成果為研究轉錄因子與miRNA在腫瘤中的調控機制以及為今後基於miRNA的腫瘤治療提供了理論與實驗論據。在本項目的資助下，其相關研究成果以第一或通訊作者發表於國際、國內學術期刊上：《Scientific reports》、《Computers in Biology and Medicine》、《Journal of Biobased Materials and Bioenergy》和《重慶大學學報》。項目執行期間項目成員參加國際會議一次並發表摘要與海報展示，國內會議一次。