《蛋白質功能位點預測方法的研究》是依託北京工業大學,由李春華擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名:蛋白質功能位點預測方法的研究
- 項目類別:面上項目
- 項目負責人:李春華
- 依託單位:北京工業大學
- 批准號:20773006
- 申請代碼:B0301
- 負責人職稱:教授
- 研究期限:2008-01-01 至 2010-12-31
- 支持經費:26(萬元)
《蛋白質功能位點預測方法的研究》是依託北京工業大學,由李春華擔任項目負責人的面上項目。
《蛋白質功能位點預測方法的研究》是依託北京工業大學,由李春華擔任項目負責人的面上項目。項目摘要能夠在基因組規模上預測蛋白質功能已成為生命科學領域的研究熱點,而關於蛋白質功能位點(結合位點或活性位點)的預測則是其中最基礎和...
《蛋白質相互作用及結合位點的預測方法研究》是依託天津大學,由郭菲擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 蛋白質相互作用研究是蛋白質組學的一個重要內容。蛋白質在生命活動過程中通過相互作用實現特定的生物功能。如何更有效地對蛋白質的序列信息、結構信息和物化特性建模,是預測蛋白質相互作用的關鍵。本項目旨在...
《蛋白質-蛋白質相互作用位點的預測》是依託華中科技大學,由陳穎擔任項目負責人的專項基金項目。中文摘要 為滿足迅速發展的蛋白質序列庫對了解蛋白質結構的要求,及準確把握蛋白質-蛋白質相互作用位點對識別藥理學目標和藥物設計研究的積極作用,我們在蛋白質結構信息不足的條件下,儘可能從序列出發,利用胺基酸鏈本身...
蛋白質功能位點及相互作用位點預測 《蛋白質功能位點及相互作用位點預測》是2007年北京大學俞歡所寫的學位論文,指導老師是錢敏平。副題名 外文題名 論文作者 俞歡著 導師 錢敏平指導 學科專業 學位級別 d 2007n 學位授予單位 北京大學 學位授予時間 2007 關鍵字 蛋白質 基因組 基因位點 預測 生物資訊理論 ...
《基於結構與序列信息的蛋白質-配體結合位點的預測》是依託南開大學,由楊建益擔任項目負責人的青年科學基金項目。中文摘要 蛋白質是細胞中重要的生物大分子,它們通過與配體的相互作用來執行其生物學功能。因此對蛋白質-配體結合位點的預測能為研究蛋白質功能提供重要依據。蛋白質-配體結合位點的預測方法主要包括基於模板...
1.2.8蛋白質功能009 1.3配體-受體相互作用原理010 1.3.1受體-配體結合的關鍵點010 1.3.2結合過程理論模型010 1.3.3配體-受體相互作用的物理學性質013 1.4蛋白質結合位點預測研究現狀018 1.4.1蛋白質-蛋白質和蛋白質-配體結合位點的比較019 1.4.2蛋白質-配體結合位點預測020 1.4.3蛋白質-蛋白質結合...
精確地識別蛋白質與配體之間的綁定位點及區域,對於理解蛋白質的功能、分析生物分子之間的相互關係、藥物設計等具有重要的指導意義。隨著蛋白質數據的海量呈現及持續增長,蛋白質大數據時代已然到來。在大數據時代下,研發智慧型高效的蛋白質-配體綁定區域預測方法是十分有必要的。 本項目完成了基於多視角特徵學習的配體綁定...
大規模生物實驗測定能量熱點代價昂貴,使用計算方法預測可以彌補這一不足。本課題將在前期蛋白質相互作用及功能位點預測研究的基礎上,結合生物學、數學、物理學等方法和計算機技術,探索蛋白質能量熱點預測的新方法、新算法和軟體工具。研究內容包括:(1)建立基於結構比對的機率預測方法;(2)用複雜網路方法研究胺基酸...
蛋白質組學國家重點實驗室依託中國人民解放軍軍事醫學科學院(由軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所主建),實驗室在開展人類重要生理功能與重大疾病蛋白質組學研究。中文名 蛋白質組學國家重點實驗室 依託 中國人民解放軍軍事醫學科學院 研究方向 蛋白質組學 發表刊物 《自然-方法》等 主建 ...
在此過程中,通過對蛋白質序列進化和結構進化的比較,理解序列和結構之間的相互關係,從而得到蛋白質結構預測的新方法,為蛋白質序列和結構的分析開闢一個新的途徑。結題摘要 蛋白質結構分析是生物信息學中的熱點. 蛋白質結構進化是研究蛋白質功能的基礎問題之一. 我們對蛋白質功能位點的結構和進化進行了深入的分析, ...
蛋白質賴氨酸的乙醯化是一種重要的翻譯後修飾(PTM),在細胞生命活動中發揮舉足輕重的作用,並參與著包括腫瘤在內的多種病理過程。發展理論預測乙醯化位點的方法,是乙醯化研究的迫切需要和當前生物信息學的前沿熱點課題,具有重要的生物學意義。本課題旨在開發一種嶄新的乙醯化位點預測方法,其突出特點是:(1)預...
但由於許多蛋白質不是全長基因編碼,而且真核基因在細菌中往往不能產生正確摺疊的蛋白質,況且噬菌斑轉移不能縮小到毫米範圍進行,所以這種方法的局限性,靠蛋白質晶片彌補。酶作為一種特殊的蛋白質,可以用蛋白質晶片來研究酶的底物、激活劑、抑制劑等。蛋白質晶片為蛋白質功能研究提供了新的方法,合成的多肽及來源...
進一步我們套用開發的SubPhosPred預測器識別了138條阿爾茨海默病(AD)相關蛋白的磷酸化位點。預測結果表明AD相關蛋白中的磷酸化位點顯著富集在高爾基體和內質網中,這說明AD很有可能與這兩種亞細胞功能密切。因此我們推測特定亞細胞蛋白能被作為一個可能的AD疾病治療靶標。這些詳細分析將為AD等疾病機制研究及潛在藥物靶標...
例如國內的尚科生物醫藥上海有限公司通過對蛋白質DNA改組,定向進化對酶進行合理化設計,從而提高酶的活性。研究內容 1. 蛋白質結構分析 ——基礎 2. 結構、功能的設計和預測 ——基礎的套用與驗證 3. 創造和/或改造蛋白質——新蛋白質 ——終目標 基本途徑 從預期的蛋白質功能出發→設計預期的蛋白質結構→推測...
最後將上述基於網路的方法套用到“轉錄機器”的結合位點分析中。通過本項目將得到不同類型蛋白質複合物結合位點的規律和網路特徵,為蛋白質結合位點的研究提供新的方法和思路,為蛋白質結合位點個性化預測提供理論依據,為尋找新的藥物靶點提供一定的指導。結題摘要 蛋白質在大多數生物功能和過程中起著不可或缺的作用,...
但是如何準確地確定提高蛋白質熱穩定性的突變位點依然是尚未完全解決的問題。本課題在前人對蛋白質熱穩定性研究和突變位點分析的基礎上,發展一套計算方法預測提高蛋白質熱穩定性的突變位點。該方法主要包括兩個部分:1、利用全原子模型,通過計算蛋白質中單個胺基酸的突變所導致的胺基酸之間相互作用能量的變化、以及蛋白質...
三、蛋白質功能的全新設計135 四、蛋白質全新設計的現狀和前景137 本章小結137 參考文獻137第八章蛋白質組學139 第一節概述139 一、蛋白質組的概念139 二、蛋白質組學的研究歷史140 三、蛋白質組學的研究內容142 四、蛋白質組學的特點143 第二節蛋白質組學研究技術145 一、二維聚丙烯醯胺凝膠電泳技術145 二、...
**節蛋白質組和蛋白質組學1 第二節蛋白質組學研究的意義4 第三節如何研究蛋白質組學?5 第四節蛋白質組學套用實例8 第五節蛋白質的功能8 第六節蛋白質組中的信息學10 第七節人類蛋白質組學研究標準化計畫13 第八節蛋白質組學發展趨勢16 第二章蛋白質組學實驗方法和套用18 **節蛋白質組學實驗方法18 ...
本項目旨在利用信號處理、模式識別及化學計量學算法對蛋白質功能進行研究,主要開展了以下研究工作:(1)挖掘蛋白質中功能位點殘基的特徵信息,構建了一系列蛋白質功能位點的預測模型,包括對二硫鍵、脂結合位點、有害胺基酸殘基突變、藥物作用位點及黃素單核苷酸綁定位點的識別與預測;(2)探討蛋白質相互作用機理,構建...
u蛋白質功能位點預測方法的研究,國家自然科學基金(20773006);u蛋白質與蛋白質相互作用及對接方法研究,國家自然科學基金(30400087);u蛋白質-RNA特異性識別預測及在抗HIV環肽研究中的套用,北京市自然科學基金(4152011)u基於蛋白拓撲結構及動力學信息的結合位點預測方法研究,北京市自然科學基金(4102006);u北京市...
額外考慮某個具有高能壘的反應,推測其過渡態,定位所需的催化側鏈並結合反應的最佳化過渡態.利用QM/MM 模型分析得到包含過渡態和涉及結合、催化的蛋白質功能團的理論蛋白質突變文庫,再利用Rosetta、ORBIT、PyMol 等軟體,在大量穩定的蛋白支架中搜尋能夠支持這些理想活性位點的蛋白質主鏈群,最終經過最佳化處理的基因序列...
1、建立所研究蛋白質的結構模型 建立蛋白質三維結構模型,對確立突變位點或區域以及預測突變後的蛋白質的結構與功能是至關重要的。可以通過X射線晶體學、二維核磁共振等測定結構,也可以根據類似物的結構或其他結構預測方法建立起結構模型。2、找出對所要求的性質有重要影響的位置 在改造中如何恰當地選擇突變殘基是一個...
目標蛋白的結構和功能信息與組合配體庫和高效篩選方法的結合,在很大程度上彌合了經驗與實際過程之間的偏差,這種設計思路將對親和色譜的規模化套用產生積極的影響。基於這種方法的配基篩選過程一般包括以下步驟:1.在目標蛋白三維結構(利用 X-ray,NMR 或同源建模獲得)或功能的基礎上選擇合適的結合位點。2.利用分子...
第4章 蛋白質序列分析 4.1 蛋白質序列資料庫 4.1.1 SWISS-PROT 4.1.2 PIR-PSD 4.1.3 NRL-3D資料庫 4.1.4 OWL資料庫 4.2 蛋白質結構資料庫 4.2.1 PDB 4.2.2 SCOP 4.2.3 CATH 4.3 蛋白質序列二級資料庫 4.3.1 蛋白質功能位點資料庫 4.3.2 蛋白質序列指紋圖譜資料庫...
4. 2016.01-2016.12 整合成多標籤學習問題的修飾及功能研究 教育部基礎科研業務費 負責人 5. 2017.01-2017.12 計算生物學的若干問題研究 引智計畫 負責人 6. 2014.01~2016.12 基於機器學習的蛋白質翻譯後修飾位點預測的研究 國家自然科學青年基金 負責人 7. 2012.01~2014.12 微分運算元環上的機械化算法與...
李霞教授多年來一直從事生物信息學、數學與計算機及醫學套用等方面的教學和科研工作,在複雜疾病基因識別、生物晶片信息學分析及基因與蛋白質功能預測等研究領域取得了重要的成果。先後承擔課題26項,其中,連年獲等國家自然科學基金6項(主持3項,參加(第二)1項,指導2項),國家863高科技計畫項目3項(主持1項,...
3.3.2人工神經網路方法122 3.4藥物和生物大分子三維結構測定的實驗方法和技術123 3.4.1蛋白質三維結構的測定方法123 3.4.2藥物-蛋白結合位點的測定方法126 3.4.3藥物-蛋白結合和結合常數的測定方法127 參考文獻130 進一步參考和選讀文獻130 4計算機輔助藥物設計的意義/133 4.1計算機輔助藥物設計的產生和作用...
研究方向 1.蛋白質工程基礎和套用基礎研究 利用理論及模擬的方法研究鎮痛活性肽序列與結構的關係並結合蛋白質-蛋白質、蛋白質-小分子相互作用方法進行鎮痛藥用活性肽結構模建及功能位點預測;在此基礎上進行蛋白質分子改造以及具有全新結構或功能蛋白質的設計,並進行實驗驗證和分子作用機理研究;2.生物技術在生物藥物...
主要包括淮河流域的汛期防洪調度、枯水期防污調度和水資源最佳化配置等資源環境方面的套用,災害性氣象預報、城市社會應急系統和火災現場的模擬再現與分析等社會公益方面的套用,信息攻防和雷達信號成像分析等國防安全方面的套用,以及基因序列分析和蛋白質功能位點預測等生物信息學方面的套用。