《蛋白質結構進化研究》是依託南開大學，由胡剛擔任項目負責人的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名：蛋白質結構進化研究
- 項目類別：青年科學基金項目
- 項目負責人：胡剛
- 依託單位：南開大學
中文摘要,結題摘要,
中文摘要
蛋白質的結構與功能密切相關，對蛋白質結構在進化過程中的特點進行分析和研究，從而建立起蛋白質結構進化的數學模型是本項目的主要研究內容。用機率統計以及資訊理論的方法，對蛋白質結構進行系統的分析，得到蛋白質結構進化的過程和規律，然後結合蛋白質序列的進化信息來構建進化過程更為精確的數學模型和進化樹構建方法。在此過程中，通過對蛋白質序列進化和結構進化的比較，理解序列和結構之間的相互關係，從而得到蛋白質結構預測的新方法，為蛋白質序列和結構的分析開闢一個新的途徑。
結題摘要
蛋白質結構分析是生物信息學中的熱點. 蛋白質結構進化是研究蛋白質功能的基礎問題之一. 我們對蛋白質功能位點的結構和進化進行了深入的分析, 得到了以下幾個結果: 1. 我們開發了跨摺疊的蛋白質與小分子相互作用位點的新方法ILBind. 此方法基於Findsite和SMAP方法和支持向量機, 使用蛋白質與小分子的複合物為模板對蛋白質與小分子的作用位點進行預測, 速度快, 結果明顯好於目前流行的同類算法. 這個方法可以在藥物設計時預測藥物的副作用, 避免由於藥物副作用對人體造成的損害. 具有很好的使用價值. 2. 我們把ILBind套用在免疫抑制類藥物Cyclosporine A(CSA)上, 在人類蛋白質組的規模上預測了CSA的副作用, 給出了CSA新的蛋白靶點, 並使用SPR和酶活試驗的方法對結果進行了驗證. 3. 我們蒐集了51個具有代表性的藥物構建了藥物副作用預測資料庫. 此資料庫包含了9000餘個人類蛋白的數據, 包括它們與這51藥物的相互作用預測結果. 4. 我們還開發了基於幾何和統計的小分子與蛋白質口袋結合預測的新方法Circular Cone以及利用統計深度函式和支持向量機對蛋白質功能位點的預測新方法. 這些結果發表在Structure, Bioinformatics等權威期刊上.
