《蛋白質三級結構從頭預測研究》是依託吉林大學，由王玉宏擔任項目負責人的專項基金項目。
《蛋白質三級結構從頭預測研究》是依託吉林大學，由王玉宏擔任項目負責人的專項基金項目。項目摘要蛋白質摺疊問題，即從其一級結構予測三級結構，將對生命科學，生物技術和藥學產生革命性的影響，本項研究是在已有的研究基礎上，進一步改...
從頭預測 從頭預測（de novo prediction）是2018年公布的生物物理學名詞，出自《生物物理學名詞》第二版。定義 不依賴於同源蛋白質結構模板，而是利用物理學(包括統計物理學)原理根據胺基酸序列進行蛋白質三維結構預測的方法。出處 《生物物理學名詞》第二版。
蛋白質結構預測(英語：Protein structure prediction)是蛋白質的的胺基酸序列中的預測蛋白質的三維結構。也就是說，從蛋白質一級結構預測它的摺疊和二級，三級和四級的蛋白質結構。結構預測與蛋白質設計的反問題有著根本的不同。蛋白質結構預測是生物信息學與理論化學所追求的最重要目標之一;它在醫學上（例如，在藥物...
蛋白質三級結構預測 蛋白質三級結構預測（protein tertiary structure prediction）是2018年公布的計算機科學技術名詞。定義 用計算機算法來預測蛋白質的三級結構。即三維結構，由原子坐標描述。出處 《計算機科學技術名詞 》第三版。
蛋白質摺疊問題被列為“21世紀的生物物理學”的重要課題，它是分子生物學中心法則尚未解決的一個重大生物學問題。從一級序列預測蛋白質分子的三級結構並進一步預測其功能，是極富挑戰性的工作。研究蛋白質摺疊，尤其是摺疊早期過程，即新生肽段的摺疊過程是全面的最終闡明中心法則的一個根本問題，在這一領域中，近年來...
蛋白質結構預測是一種不依賴晶體培養、迅速、簡便的獲得蛋白質結構的方法，對於分子生物學、蛋白質工程、藥物設計等領域研究工作具有意義。圖書目錄 第一章 蛋白質結構概述 1 第一節 蛋白質的結構層次 1 一、一級結構 1 二、二級結構 1 三、三級結構（摺疊模式） 2 四、四級結構 2 第二節 蛋白質結構的測定方...
《de novo預測蛋白質結構的並行元啟發方法研究》是依託蘇州大學，由呂強擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 已知蛋白質胺基酸序列，通過計算技術，從頭(de novo)預測該蛋白質的高解析度原子級的天然立體結構。預測目標的限制是：蛋白質肽鏈的胺基酸殘基個數小於150，且與已知蛋白質序列同源一致性小於30%。.基於天然蛋白...
蛋白質三級結構（protein tertiary structure）:蛋白質分子處於它的天然摺疊狀態的三維構象。三級結構是在二級結構的基礎上進一步盤繞，摺疊形成的。三級結構主要是靠胺基酸側鏈之間的疏水相互作用，氫鍵，范德華力和靜電作用維持的。（在二級結構的基礎上藉助各種次級鍵捲曲摺疊成特定的球狀分子結構的構象）概念 蛋白質的...
在一個蛋白質的三級結構中，二級結構區之間是通過一些片段連線的。研究情況 肌紅蛋白（myoglobin）（圖1左圖）是第一個被確定的具有三級結構的蛋白質，肌紅蛋白和後面要討論的血紅蛋白的主要生物學功能是結合氧並能使氧很容易地在肌肉內擴散。肌紅蛋白是一個相對比較小的蛋白，是由153個胺基酸殘基組成的一條多肽鏈...
蛋白質三級結構的穩定主要靠次級鍵，包括氫鍵、疏水鍵、鹽鍵以及范德華力（Van der Waals force）等。這些次級鍵可存在於一級結構序號相隔很遠的胺基酸殘基的R基團之間，因此蛋白質的三級結構主要指胺基酸殘基的側鏈間的結合。次級鍵都是非共價鍵，易受環境中pH、溫度、離子強度等的影響，有變動的可能性。二硫鍵不...
蛋白質結構資料庫(ProreinData Bank，PDB)是1971年創建的國際上最著名、最完整的蛋白質三維結構資料庫。另外還有蛋白質分類資料庫SCOP和CATH。SCOP是英國醫學研究委員會分子生物學實驗室和蛋白質工程中心開發的基於Web的蛋白質結構分類、檢索和分析系統。CATH是另一個著名的蛋白質分類資料庫，由英國倫敦大學開發和維護。
7.1.2 蛋白質的二級結構特徵 7.1.3 蛋白質結構域、三級結構與四級結構 7.2 蛋白質二級結構定義 7.2.1 DSSP資料庫中的蛋白質二級結構特徵識別 7.2.2 蛋白質二級結構鑑別方法 7.2.3 DEFINE算法對於蛋白質二級結構的定義 7.2.4 P.Cruve方法 7.3 蛋白質二級結構預測 7.3.1 概述 7.3.2 樣本集的...
本申請項目擬對所有具有對稱結構的蛋白質分子進行全面深入地研究，證明這種編碼方式的一般性，並利用分子動力學方法研究其在蛋白質摺疊成核過程中和天然蛋白質穩定性中的作用。如果這種一般性得到證明，將使我們對生物分子序列編碼三級結構的機制和三級結構構建規則 ...
考慮到細胞功能的系統性、複雜性及多樣性，設計合適的模型和方法來融合多元的生物信息是蛋白質功能預測研究面臨巨大的挑戰。本項目構建多個生物網路來描述多種生物信息之間以及他們與功能之間的關聯關係。基於多生物網路，研究蛋白質功能預測的新方法。首先分析各個網路的特徵、網路之間以及網路與功能之間的關係。考慮到生物...
建立功能位點模式庫和預測的知識推理新方法。最後在這兩方面工作的基於上，建立複雜網路、高斯網路、支持向量機與知識推理方法相結合的蛋白質功能位點預測系統。該項目的實施不但有助於闡明分子識別機理、重大疾病的分子根源，而且必將帶動相關套用研究，包括複合物結構預測、蛋白質工程和藥物分子設計等的重大進展。
探索建立一個高效的結合GB隱式溶劑模型的聯合原子分子力場。力場參數化的目標包括（1）顯式溶劑中的模擬結果（2）晶體結構統計得到的殘基的局部構象偏好（3）正確的蛋白質從頭摺疊模擬（4）從若干誘餌結構中準確的識別出天然態結構。並研究將新方法運用到實際的蛋白質結構的從頭預測和同源建模的結構最佳化上。
本項目利用蛋白質結構與序列信息，圍繞蛋白質-配體結合位點預測這一主題開展了一系列工作，取得了重要的研究成果。主要包括：（1）針對不同的配體類型與特徵，開發了CoABind、NucBind、PepBind等多個從頭預測方法，分別用於預測輔酶A、核酸和多肽的結合位點。（2）開發了基於模板和分子對接方法的蛋白質-配體結合位點預測...
目前通過實驗方法確定蛋白質結構的過程仍然非常複雜，周期很長。因此，作為輔助方法的結構預測技術的研究非常活躍。尤其是最近剛剛發展起來的基於支持向量機(SVM)的蛋白質結構預測技術，已經顯示了在預測準確率方面遠高於以往方法的優勢。本課題研究面向蛋白質二級結構和結構域預測的SVM，目標是從多個角度提升SVM技術在蛋白...
本項目申請是基於我們已有的工作基礎，對已有35個WD40重複蛋白的晶體結構進行統計分析、結合結構生物學與分子生物學實驗，發展針對WD40重複蛋白家族的二級、三級結構以及熱點胺基酸的預測方法。利用該預測方法對WD40重複蛋白CDT2進行二級、三級結構以及熱點胺基酸預測，用於指導和幫助研究CDT2在PCNA的幫助下催化一系列調控DN...
本書為蛋白質及其相互作用的研究提供了相應的智慧型演算方法，並指出這些方法在解決生物學問題中的套用策略。圖書目錄 前言 第1章緒論 第2章蛋白質三維結構預測分析 第3章蛋白質相互作用熱點預測 第4章蛋白質相互作用熱區預測 第5章藥物－靶點相互作用預測 參考文獻 附錄1訓練樣本集中的ΔΔG值 附錄2測試樣本集的詳細...
《RNA-蛋白質結合機制與複合物結構預測研究》是依託華中科技大學，由劉士勇擔任項目負責人的青年科學基金項目。中文摘要 近來發現大量非編碼RNA通過與蛋白質相互作用參與重要的生命過程。RNA-蛋白質複合物結構是認識這些RNA生物學功能的基礎。而目前實驗獲得的RNA-蛋白質複合物結構數目還非常有限，因此利用理論方法對其進行...
蛋白質研究國家重大科學研究計畫“十二五”專項規劃 形勢與需求 蛋白質是生命活動的主要執行者。對蛋白質結構與功能、相互作用和動態變化的深入研究，將有助於揭示生命現象的本質。蛋白質研究取得的眾多成果也將是新藥創製、傳染病防診治、農作物改良、生物能源轉化、工業生物催化等各個領域的重要創新源泉。目前，國際蛋...
項目的研究在生物醫學、人類生活、生產實踐等方面都有著極為重要的意義。結題摘要 項目採用自然語言處理的相關技術和方法解決蛋白質結構和功能預測的問題。通過將自然語言處理的相關技術引入到生物信息學中，針對蛋白質結構和功能預測的相關問題採用新的計算手段，簡化蛋白質結構和功能預測的模型，提高蛋白質結構和功能預測...
本課題將在前期蛋白質相互作用及功能位點預測研究的基礎上，結合生物學、數學、物理學等方法和計算機技術，探索蛋白質能量熱點預測的新方法、新算法和軟體工具。研究內容包括：（1）建立基於結構比對的機率預測方法；（2）用複雜網路方法研究胺基酸網路的拓撲結構及聚集性、模組化等性質，提出新的能量熱點預測方法；（3）...
六、結構模型精化 參考文獻 第二節 核磁共振波譜的溶液結構解析 一、概述蛋白質溶液三級結構測定 二、基本的多維核磁共振實驗 三、多維核磁共振波譜解析簡介 參考文獻 第三節 蛋白質結構預測 一、蛋白質結構預測方法準確性的評估 二、序列相似性對比 三、蛋白質二級結構預測 四、蛋白質三級結構預測 五、蛋白質結構...
新方法測試中的兩個重要項目是蛋白質結構預測技術的關鍵測試（CASP）和互動作用預測的關鍵測試（CAPRI）。這兩項測試實驗分別用於評估蛋白質結構預測和蛋白質-蛋白質對接預測的最前沿技術。Rosetta@home穩居最重要的對接預測器之一，並且是現有最好的蛋白質三級結構預測器之一。定義 Foldit是一個實驗性的蛋白質摺疊電子...
