Foldit就是這樣一個程式,它打算用人類的解謎思維來代替計算機算法中的一部分決策,把確定蛋白質的最佳三維形狀設計成一個遊戲,使得人們在遊戲過程中也能對生物科學做出貢獻。在這個遊戲中你可以不斷調整蛋白質的三維形狀,上傳最高分和所得的三維體,參與世界排名,並且還能與遊戲參與者進行即時聊天。
基本介紹
詳細介紹,定義,
詳細介紹
Rosetta@home是一個基於伯克利開放式網路計算平台(BOINC)的分散式計算項目。該項目由華盛頓大學貝克實驗室開發和維護,用於蛋白質結構預測、蛋白質-蛋白質對接和蛋白質設計的研究。截至2009年12月9日,全球共有8.2萬台計算機是這一項目的活躍志願者,平均執行速度達99萬億FLOPS。Rosetta@Home還開發了一款電子遊戲Foldit,目的是通過眾包(crowdsourcing)途徑來實現上述研究目標。儘管這個項目很大程度上側重於進行提高蛋白質組學方法的精確性和穩固性的基礎研究,它也進行一些關於愛滋病、瘧疾、癌症、阿茲海默病以及其他疾病的病理學的套用研究。
與其他BOINC項目一樣,Rosetta@home使用志願者的計算機中空閒的進程資源來執行單獨的單元計算。計算結果會被傳送到項目的中央伺服器,經驗證後存入資料庫中。這個項目是跨平台的,支持多種不同的軟體和硬體環境。用戶可通過Rosetta@home的螢幕保護程式觀看正在自己計算機上進行的蛋白質結構預測的情況。
除了疾病相關研究,Rosetta@home網路還是結構生物信息學中新方法的一個測試框架。這些新方法經Rosetta@home龐大且多樣的用戶群體使用後,若運行效果穩定,將會被用於其他基於Rosetta的應用程式,例如RosettaDock和人類蛋白質組摺疊項目。新方法測試中的兩個重要項目是蛋白質結構預測技術的關鍵測試(CASP)和互動作用預測的關鍵測試(CAPRI)。這兩項測試實驗分別用於評估蛋白質結構預測和蛋白質-蛋白質對接預測的最前沿技術。Rosetta@home穩居最重要的對接預測器之一,並且是現有最好的蛋白質三級結構預測器之一。
定義
Foldit是一個實驗性的蛋白質摺疊電子遊戲,結合了眾包與分散式計算的思想。由華盛頓大學的計算機科學和工程學系和生物化學學系(同一批人中,很多人也參與創建Rosetta@home)聯合共同開發。
Foldit提供一系列教程,讓用戶試著操縱簡單的類蛋白質構造,並定期更新以真實蛋白質結構為基礎的謎題。該程式讓用戶在工具輔助解謎,就能夠得出實際的蛋白質模型。每當結構被變動,一個“分數”會根據摺疊的完善程度給出。Foldit用戶可以創立加入小組,分享各自的方案。也有小組高分榜。
生物製造主要蛋白質結構的方式(蛋白質生物合成)在原理上已經為人類所理解,此即蛋白質DNA測序的方法。而解明肽鏈是如何摺疊成三維的蛋白質結構更為困難;雖然大致的程式已經為人所知,但蛋白質結構預測還是需要大量的運算。
Foldit嘗試利用人腦天生的三維圖形匹配能力。目前該程式出的謎題都是基於已被人們清楚了解的蛋白質;通過分析人類在解這些謎題時的直覺思考途徑,研究者希望能改進現有蛋白質摺疊軟體所用的算法。
科學家們一直研究愛滋病的逆轉錄酶,已有十五年之久,這種蛋白質酶是愛滋病毒在活體細胞中複製和繁殖自己的重要關鍵,但在遊戲中逆轉錄酶的結構在十天內玩家們破解。