《面向結構預測的蛋白質分子力場發展》是蔣帆為項目負責人，北京大學為依託單位的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名：面向結構預測的蛋白質分子力場發展
- 項目類別 ：青年科學基金項目
- 項目負責人：蔣帆
- 依託單位 ：北京大學
科研成果,項目摘要,
科研成果
序號 | 標題 | 類型 | 作者 |
|---|---|---|---|
1 | Folding of fourteen small proteins with a residue-specific force field and replica-exchange molecular dynamics. | 期刊論文 | Jiang, Fan|Wu, Yun-Dong| |
2 | Folding Thermodynamics and Mechanism of Five Trp-Cage Variants from Replica-Exchange MD Simulations with RSFF2 Force Field | 期刊論文 | Zhou, Chen-Yang|Jiang, Fan|Wu, Yun-Dong| |
3 | Residue-Specific Force Field Based on Protein Coil Library. RSFF2: Modification of AMBER ff99SB | 期刊論文 | Zhou, Chen-Yang|Jiang, Fan|Wu, Yun-Dong| |
4 | Significant Refinement of Protein Structure Models Using a Residue-Specific Force Field | 期刊論文 | Xun, Sangni|Jiang, Fan|Wu, Yun-Dong| |
5 | Residue-Specific Force Field Based on the Protein Coil Library. RSFF1: Modification of OPLS-AA/L | 期刊論文 | Jiang, Fan|Zhou, Chen-Yang|Wu, Yun-Dong| |
6 | The intrinsic conformational features of amino acids from a protein coil library and their applications in force field development | 期刊論文 | Jiang, Fan|Han, Wei|Wu, Yun-Dong| |
項目摘要
理論上，一個好的分子力場應該能夠進行蛋白質的從頭摺疊模擬，給出正確的天然態結構和熱力學穩定性。然而，與蛋白質結構預測中常用的統計勢相比，當前力場模擬的效率依然較低，即使消耗大量計算資源也不一定能得到準確的結果。我們的前期工作利用已知的蛋白質結構數據發展了與粗粒水模型結合的分子力場PACE，最近又最佳化的現有的OPLS全原子分子力場。這些新力場能夠摺疊有不同二級結構的多肽和迷你蛋白到實驗結構。本項目在此基礎上，探索建立一個高效的結合GB隱式溶劑模型的聯合原子分子力場。力場參數化的目標包括（1）顯式溶劑中的模擬結果（2）晶體結構統計得到的殘基的局部構象偏好（3）正確的蛋白質從頭摺疊模擬（4）從若干誘餌結構中準確的識別出天然態結構。並研究將新方法運用到實際的蛋白質結構的從頭預測和同源建模的結構最佳化上。
