《基於殘基特異性力場的蛋白質結構從頭預測》是蔣帆為項目負責人，北京大學為依託單位的面上項目。
基本介紹
- 中文名：基於殘基特異性力場的蛋白質結構從頭預測
- 項目類別：面上項目
- 項目負責人 ：蔣帆
- 依託單位 ：北京大學
科研成果,項目摘要,
科研成果
序號 | 標題 | 類型 | 作者 |
|---|---|---|---|
1 | Developments and Applications of Coil-Library-Based Residue-Specific Force Fields for Molecular Dynamics Simulations of Peptides and Proteins | 期刊論文 | Jiang, Fan(#); Wu, Hao-Nan(#); Kang, Wei(#); Wu, Yun-Dong(*) |
2 | Accurate Structure Prediction and Conformational Analysis of Cyclic Peptides with Residue-Specific Force Fields | 期刊論文 | Geng, Hao(#); Jiang, Fan(*); Wu, Yun-Dong(*) |
3 | Significantly Improved Protein Folding Thermodynamics Using a Dispersion-Corrected Water Model and a New Residue-Specific Force Field | 期刊論文 | Wu, Hao-Nan(#); Jiang, Fan(*); Wu, Yun-Dong |
4 | Universal Implementation of a Residue-Specific Force Field Based on CMAP Potentials and Free Energy Decomposition | 期刊論文 | Kang, Wei(#); Jiang, Fan(*); Wu, Yun-Dong |
5 | Intrinsically disordered regions stabilize the helical form of the C-terminal domain of RfaH: A molecular dynamics study | 期刊論文 | Xun, Sangni(#); Jiang, Fan(*); Wu, Yun Dong(*) |
6 | Mechanism of Phosphorylation-Induced Folding of 4E-BP2 Revealed by Molecular Dynamics Simulations | 期刊論文 | Zeng, Juan(#); Jiang, Fan(*); Wu, Yun Doug(*) |
7 | Applications of Molecular Dynamics Simulation in Structure Prediction of Peptides and Proteins | 期刊論文 | Geng, Hao(#); Chen, Fangfang(#); Ye, Jing; Jiang, Fan(*) |
項目摘要
由蛋白質的胺基酸序列預測其空間結構是計算化學和計算生物物理學的重大挑戰。隨著計算機性能的提升，蛋白質分子力場以及增強構象取樣方法的發展，近來人們已經能通過分子動力學（MD）模擬將一些快速摺疊的小蛋白質摺疊到接近實驗的結構。然而，這種從頭摺疊方法還遠沒有成為蛋白質結構預測的實用方法。本項目將在申請人前一個項目中發展的基於顯式水模型的殘基特異性力場RSFF1和RSFF2的基礎上，進一步發展隱式溶劑模型力場和增強構象抽樣方法，實現一些摺疊較慢或較大的蛋白質的準確的從頭結構預測。為了大幅度地提高摺疊速率，將嘗試在力場中加入一些額外的相互作用來降低摺疊過程的自由能壘。本項目的研究不僅能推動更好的蛋白質結構預測方法的發展，還能對蛋白質摺疊機理這個重要的科學問題提供新的認識。
