蛋白質三級結構預測(protein tertiary structure prediction)是2018年公布的計算機科學技術名詞。
基本介紹
- 中文名:蛋白質三級結構預測
- 外文名:protein tertiary structure prediction
- 所屬學科:計算機科學技術
- 公布時間:2018年
蛋白質三級結構預測(protein tertiary structure prediction)是2018年公布的計算機科學技術名詞。
蛋白質三級結構預測(protein tertiary structure prediction)是2018年公布的計算機科學技術名詞。定義用計算機算法來預測蛋白質的三級結構。即三維結構,由原子坐標描述。出處《計算機科學技...
《蛋白質三級結構從頭預測研究》是依託吉林大學,由王玉宏擔任項目負責人的專項基金項目。項目摘要 蛋白質摺疊問題,即從其一級結構予測三級結構,將對生命科學,生物技術和藥學產生革命性的影響,本項研究是在已有的研究基礎上,進一步改進已有的勢能函式,發展疊代法新的構象取樣方法,試驗和精練勢能函式,以便把中等...
《蛋白質二級和三級結構預測的新途徑、新方法研究》是依託清華大學,由孫之榮擔任項目負責人的重大研究計畫。項目摘要 本項研究基於3個新思路。一是在已經發展的SVM方法的基礎上,從機器學習算法方面繼續研究蛋白質結構預測的新方法、新算法。二是基於網路分析的思路。每個生物單元(基因、蛋白質等)將放在一個相互作用...
蛋白質結構預測(英語:Protein structure prediction)是蛋白質的的胺基酸序列中的預測蛋白質的三維結構。也就是說,從蛋白質一級結構預測它的摺疊和二級,三級和四級的蛋白質結構。結構預測與蛋白質設計的反問題有著根本的不同。蛋白質結構預測是生物信息學與理論化學所追求的最重要目標之一;它在醫學上(例如,在藥物...
三級結構:通過多個二級結構元素在三維空間的排列所形成的一個蛋白質分子的三維結構。四級結構:用於描述由不同多肽鏈(亞基)間相互作用形成具有功能的蛋白質複合物分子。除了這些結構層次,蛋白質可以在多個類似結構中轉換,以行使其生物學功能。對於功能性的結構變化,這些三級或四級結構通常用化學構象進行描述,而相應...
《結合核磁共振化學位移預測蛋白質三級結構》是依託同濟大學,由李通化擔任項目負責人的面上項目。中文摘要 本申請《結合核磁共振化學位移預測蛋白質三級結構》項目有兩個目標:研究從蛋白質序列出發的蛋白質三級結構預測的新方法;結合NMR化學位移和上述預測方法,構建能大規模精確確定蛋白質,特別是膜蛋白結構的技術平台...
蛋白質結構預測是一種不依賴晶體培養、迅速、簡便的獲得蛋白質結構的方法,對於分子生物學、蛋白質工程、藥物設計等領域研究工作具有意義。圖書目錄 第一章 蛋白質結構概述 1 第一節 蛋白質的結構層次 1 一、一級結構 1 二、二級結構 1 三、三級結構(摺疊模式) 2 四、四級結構 2 第二節 蛋白質結構的測定方...
從一級序列預測蛋白質分子的三級結構並進一步預測其功能,是極富挑戰性的工作。研究蛋白質摺疊,尤其是摺疊早期過程,即新生肽段的摺疊過程是全面的最終闡明中心法則的一個根本問題,在這一領域中,近年來的新發現對新生肽段能夠自發進行摺疊的傳統概念做了根本的修正。這其中,X射線晶體衍射和各種波譜技術以及電子...
蛋白質穿線[建模]法是2018年全國科學技術名詞審定委員會公布的生物物理學名詞。定義 將序列“穿入”已知的蛋白質摺疊子骨架內,基於摺疊子模板,通過將未知結構蛋白質的胺基酸序列與結構資料庫中的結構進行比對打分,構建蛋白質結構模型的一種蛋白質三級結構預測方法。發布時間 2018年,經全國科學技術名詞審定委員會審定...
蛋白質三級結構:指一條多肽鏈在二級結構或者超二級結構甚至結構域的基礎上,進一步盤繞,摺疊,依靠次級鍵的維繫固定所形成的特定空間結構稱為蛋白質的三級結構。簡介 蛋白質三級結構(protein tertiary structure):蛋白質分子處於它的天然摺疊狀態的三維構象。三級結構是在二級結構的基礎上進一步盤繞,摺疊形成的。三級...
蛋白質的三級結構是指在生物化學裡,蛋白質的三級結構是指其整體形狀,亦稱為其摺疊,整條肽鏈中全部胺基酸殘基的相對空間位置,即整條肽鏈的三維空間結構。基本概念 蛋白質的三級結構是指整條肽鏈中全部胺基酸殘基的相對空間位置,即整條肽鏈的三維空間結構。三級結構的形成和穩定主要靠疏水鍵、鹽鍵、二硫鍵、氫鍵等...
第1章 蛋白質純化和定性的策略 1.1單元 蛋白質純化和定性概述 1.2單元 蛋白質純化流程圖 第2章 計算分析 2.1單元 用於蛋白質序列分析的疏水分布圖 2.2單元 蛋白質二級結構預測 2.3單元 使用BLAST程式家族進行序列相似性搜尋 2.4單元 網際網路上的蛋白質資料庫 2.5單元 蛋白質三級結構預測 2.6單元 蛋白質...
第4章從序列到結構46 4 1背景介紹46 4 2蛋白質二級結構預測47 4 2 1Chou?Fasman方法47 4 2 2GOR方法47 4 2 3機器學習48 4 3蛋白質三級結構預測49 4 3 1蛋白質結構的從頭預測50 4 3 2蛋白質結構的同源建模50 4 3 3同源建模實例53 4 4蛋白質四級結構預測56 4 5結束語57 參考文獻57 第5章蛋白...
7.1.2 蛋白質的二級結構特徵 7.1.3 蛋白質結構域、三級結構與四級結構 7.2 蛋白質二級結構定義 7.2.1 DSSP資料庫中的蛋白質二級結構特徵識別 7.2.2 蛋白質二級結構鑑別方法 7.2.3 DEFINE算法對於蛋白質二級結構的定義 7.2.4 P.Cruve方法 7.3 蛋白質二級結構預測 7.3.1 概述 7.3.2 樣本集的...
第三節 蛋白質結構預測 一、蛋白質結構預測方法準確性的評估 二、序列相似性對比 三、蛋白質二級結構預測 四、蛋白質三級結構預測 五、蛋白質結構預測與藥物設計 六、蛋白質資料庫 參考文獻 第六章 蛋白質工程在醫藥工業中的套用 第一節 醫用抗體的蛋白質工程 一、抗體的產生和抗體的結構簡介 二、從抗血清到...
7.1.3 蛋白質結構的分類 7.1.4 蛋白質結構與功能的關係 7.2 蛋白質結構比對 7.2.1 蛋白質結構比對的原理 7.2.2 常用的蛋白質結構比對方法 7.3 蛋白質二級結構預測 7.3.1 常用的二級結構預測方法 7.3.2 不同二級結構預測方法的評價 7.3.3 二級結構預測的展望 7.4 蛋白質三級結構預測 7.4.1 ...
5.3.2 PROSITE:蛋白質結構域、家族和功能位點資料庫 5.3.3 Pfam:蛋白質家族比對和HMM資料庫 5.3.4 BLOCKS:模組搜尋資料庫 5.3.5 SMART:簡單模組構架搜尋工具 5.3.6 TMHMM:跨膜區結構預測伺服器 5.4 蛋白質三級結構預測.5.4.1 Swiss-Model Workspace:同源建模的網路綜合伺服器 5.4.2 Phyre(...
一、蛋白質的分子組成9 二、肽與多肽鏈12 三、蛋白質一級結構13 第二節蛋白質的二級結構13 一、肽鍵平面——二級結構的基礎13 二、穩定蛋白質空間構象的作用力14 三、蛋白質二級結構的基本形式15 第三節蛋白質的超二級結構和結構域20 一、超二級結構20 二、結構域22 第四節蛋白質的三級結構和四級結構23 一...
1.2蛋白質結構與功能004 1.2.1一級結構004 1.2.2二級結構006 1.2.3三級結構006 1.2.4四級結構007 1.2.5蛋白質穩定性008 1.2.6蛋白質結構分析008 1.2.7蛋白質結構穩定性分析009 1.2.8蛋白質功能009 1.3配體-受體相互作用原理010 1.3.1受體-配體結合的關鍵點010 1.3.2結合過程理論模型010 1...
蛋白質的基本單位為胺基酸,而蛋白質的一級結構指的就是其胺基酸序列,蛋白質會由所含胺基酸殘基的親水性、疏水性、帶正電、帶負電……等等特性通過殘基間的相互作用而摺疊成一立體的三級結構。雖然蛋白質可在短時間中從一級結構摺疊至立體結構,研究者卻無法在短時間中從胺基酸序列計算出蛋白質結構,甚至無法得到...
新方法測試中的兩個重要項目是蛋白質結構預測技術的關鍵測試(CASP)和互動作用預測的關鍵測試(CAPRI)。這兩項測試實驗分別用於評估蛋白質結構預測和蛋白質-蛋白質對接預測的最前沿技術。Rosetta@home穩居最重要的對接預測器之一,並且是現有最好的蛋白質三級結構預測器之一。定義 Foldit是一個實驗性的蛋白質摺疊電子...
6.2 基於UITMS的螺旋結構預測 6.3 隱藏在蛋白質螺旋結構中的生物進化密碼 第7章 朊病毒產生的力學機制 7.1 引言 7.2 蛋白質錯誤摺疊 7.3 朊蛋白錯誤摺疊的力學原理 第8章 基於牛頓力學的蛋白質結構預測方法 8.1 蛋白質結構 8.2 蛋白質二級結構的分類及預測 8.3 蛋白質三級結構的預測方法 8.4...
第7章 蛋白質結構預測方法 7.1 引言 7.2 蛋白質結構知識基礎 7.3 主要技術方法及分析 7.4 蛋白質二級結構預測 7.5 蛋白質三級結構預測 7.6 套用實例分析 7.7 本章小結 思考題 第8章 生物分子網路構建方法 8.1 引言 8.2 生物分子網路知識基礎 8.3 主要技術方法及分析 8.4 基因調控網路構建方法 8...
四、蛋白質工程的研究內容99 第二節蛋白質的生物合成100 一、蛋白質合成中三類RNA的作用101 二、蛋白質的生物合成過程103 三、新生肽鏈的摺疊105 第三節蛋白質結構預測106 一、預測蛋白質空間結構的意義106 二、蛋白質序列分析及結構預測策略107 三、蛋白質二級結構預測108 四、蛋白質三級結構預測110 第四節蛋白...
〔生物藥物結構〕蛋白質天然構象 蛋白質天然構象預測 蛋白質二級結構預測 蛋白質三級結構預測 蛋白質天然構象預測資料庫 生物藥物藥效學 生物藥物催化活性 生物藥物親和力 生物藥物結合靶點 生物藥物種屬特異性 生物藥物毒理特性 生物藥物急性毒性 生物藥物長期毒性 生物藥物特殊毒性 生物藥物遺傳毒性 生物藥物生殖毒性 生物...
全書包含5篇共26章和4個附錄,內容涉及PCR實驗設計、RNA二級結構預測、核酶設計、反義核酸設計、siRNA設計、pBV220載體中外源基因高效表達設計、pPIC9載體中外源基因高效表達設計、B細胞抗原表位預測、T細胞抗原表位預測、蛋白質三級結構預測與顯示、蛋白質功能位點分析、寡核苷酸晶片探針設計、基於基因表達譜的差異基因識別...
,導致蛋白結構預測的速度非常慢,這成為模型向產業界大規模推廣的一個瓶頸。百度研發的單體蛋白結構預測大模型HelixFold-Single,不需要MSA信息作為輸入,僅僅通過蛋白質的一級序列就可以準確預測其三級結構 。把蛋白結構預測速度提升到秒級別,同時在抗體和多肽等高可變的蛋白上,效果大大超越AlphaFold2,為抗體藥物設計...
第三節 表達蛋白質組學 / 258 一、 基於圖像的蛋白質組定量分析技術 / 259 二、 基於標記的蛋白質組定量分析技術 / 260 第四節 結構蛋白質組學 / 262 一、 蛋白質結構與功能概述 / 264 二、 蛋白質結構和結構分類資料庫/ 265 三、 蛋白質二級結構預測方法 / 267 四、 蛋白質三級結構預測方法 / 269 ...