DNA和蛋白質序列數據分析工具

內容簡介

在眾多生物基因組測序項目完成之際，我們面臨的最大挑戰是如何對DNA和蛋白質數掘進行科學的分析和注釋。《DNA和蛋白質序列數據分析工具(第2版)》分三個層次解讀基因資料庫和網路工具：基因組學層面重點介紹序列比對工具BLAST和ClttstalX的使用、真核生物基因結構的預測、電子克隆及分子進化遺傳分析工具(MEGA4)的使用；蛋白質組學層面介紹了蛋白質結構與功能預測、序列模體的識別和解析、蛋白質譜數據分析、基因晶片數據處理和分析，以及套用GO注釋基因功能和通過KEGG分析代謝途徑；系統生物學層面從網路結構分析闡述了蛋白質與蛋白質的相互作用；此外，還增添了使用Bioperl模組進行數據分析和Windows作業系統下Bioperl程式包的安裝等內容。書中提及的各種方法均有充實的例證並附上相關數據和圖表，供讀者理解和參考；書後還附有中英文的專業術語和辭彙。

《DNA和蛋白質序列數據分析工具(第2版)》可作為對生物信息學專業感興趣的本科生、研究生和研究人員學習、研究的重要工具手冊。

圖書目錄

第二版前言

第一版前言

第1章序列比對工具BLAST和ClustalX的使用

1.1 序列比對BLAST

1.1.1 Basic BLAST

1.1.2 網上blastx比對

1.1.3 網上PSl.Blast比對

1.1.4 Specialized BLAST

1.1.5 網上Blast2比對

1.2 本地運行BLAST(Windows系統)

1.2.1 BLAST程式下載

1.2.2 BLAST程式安裝

1.2.3 進入DOS命令行提示符狀態

1.2.4 搜尋資料庫的格式化

1.2.5 BLAST搜尋程式運行

1.2.6 本地化BLAST搜尋結果查看

1.3 多序列比對(ClustalX)

1.3.1 ClustalX的使用

1.3.2 數據的輸入

1.3.3 數據的輸出

主要參考文獻

第2章真核生物基因結構的預測

2.1 基因可讀框的識別

2.2 CpG島、轉錄終止信號和啟動子區域的預測

2.2.1 CpG島的預測

2.2.2 轉錄終止信號的預測

2.2.3 啟動子區域的預測

2.3 基因密碼子偏好性計算：CodonW的使用

2.4 採用mRNA序列預測基因：Spidey的使用

2.5 ASTD資料庫簡介

主要參考文獻

第3章電子克隆

3.1 利用UniGene資料庫進行電子延伸

3.1.1 目標序列的檢索

3.1.2 UniGene資料庫檢索

3.2 從資料庫中獲取CDNA全長序列

3.3 本地序列拼接

DNA和蛋白質序列數據分析工具

基本介紹

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