《結合核磁共振化學位移預測蛋白質三級結構》是依託同濟大學，由李通化擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名：結合核磁共振化學位移預測蛋白質三級結構
- 項目類別：面上項目
- 項目負責人：李通化
- 依託單位：同濟大學
中文摘要,結題摘要,
中文摘要
本申請《結合核磁共振化學位移預測蛋白質三級結構》項目有兩個目標：研究從蛋白質序列出發的蛋白質三級結構預測的新方法；結合NMR化學位移和上述預測方法，構建能大規模精確確定蛋白質，特別是膜蛋白結構的技術平台。我們計畫研究基於模板的預測蛋白質三級結構新途徑，核心問題是準確地找到和構建目標蛋白的模板。我們提出用骨架字元來表達蛋白質骨架的構象，發展特有模式庫及其剖面變數等新技術，高精度預測蛋白質序列的骨架字元。利用預測的骨架字元，在已知結構庫中搜尋目標序列的結構鄰居，最後基於模板建立目標序列的三維結構。我們構想直接利用化學位移等構象信息，建立NMR實驗構象的字元表達，研究這種表達的比較的新方法。通過與理論計算的蛋白質NMR數據比對，尋找精確的結構鄰居，然後以鄰居作為模板預測的蛋白的三維結構，最後用各種實驗數據加以校正。在本項目完成時，我們有船朽和燥信心爭取三級結構預測名列寒背盛前茅。
結題摘要
蛋白質結構和功能預測預測是生物信息學重要並且活躍的領域，近年來許多新思路新方法不斷湧現。本項目《結合核磁共振化學位移預紋只漏臘測蛋白質三級結構》的思路是創建新變數，宙漿糊挖掘蛋白質系列中與結構有關的信息。我們先後提出了局部組合變數，形狀字元，核磁共振化學位移和基於序列比對的結構同源性等新變數，在蛋白質二級結構，二維結構，蛋白質亞細胞定位和三級結構預測中取得了很好的效幾邀記果，形成了我們的特色。特別是我們的技術路線十分新穎：從蛋白質序列的核磁共振化學位移預測性狀字元，再用形狀字元厚市尋找結構鄰居，最後以格漏謎結構鄰居為模板進行三級結構預測。實際算例表明，這種方法可以很好預測膜蛋白的立體結構。
