《蛋白質結構域介導的蛋白-蛋白相互作用網路的研究》是依託蘇州大學，由侯廷軍擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名：蛋白質結構域介導的蛋白-蛋白相互作用網路的研究
- 項目類別：面上項目
- 項目負責人：侯廷軍
- 依託單位：蘇州大學
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
蛋白-蛋白相互作用在各種生命過程中起到了至關重要的作用，蛋白-蛋白相互作用網路的預測和研究對於闡明生物信息傳導過程以及發現重要藥物作用靶點都具有非常重要的意義。本課題擬通過發展可靠的結構域-多肽相互作用預測模型，進行蛋白質結構域介導的蛋白-蛋白相互作用網路的預測和研究。研究內容包括：（1）構建通用的SH3結構域結合多肽的預測模型，從理論上完整地預測酵母蛋白質組中通過SH3介導的蛋白-蛋白相互作用網路；通過對預測得到的網路的分析，從結構上揭示SH3的識別密碼以及SH3出現不同多肽結合模式的原因及其生物學內涵；（2）對人類蛋白質組進行虛擬篩選，並結合多肽陣列實驗來發現Abl SH3的結合多肽和蛋白；（3）發展RIIα D/D結構域結合多肽的預測方法，結合生物學實驗尋找可能的激酶A錨定蛋白。申請人擬通過2種不同結構域體系的系統研究來驗證和發展新的理論預測方法，進而推動理論與實驗的融合。
結題摘要
蛋白–蛋白相互作用在各種生命過程中起到了至關重要的作用，蛋白–蛋白相互作用網路的預測和研究對於闡明生物信息傳導過程以及發現重要藥物作用靶點都具有非常重要的意義。大量研究表明，在蛋白–蛋白相互作用中，有相當一部分是通過一個蛋白質中的結構域與其結合蛋白中的一段短肽的相互識別而實現。本課題擬通過發展可靠的結構域–多肽相互作用預測模型，進行蛋白質結構域介導的蛋白–蛋白相互作用網路的預測和研究。在本項目的支持下，（1）成功構建了通用的SH3結構域結合多肽的預測模型，從理論上完整地預測酵母蛋白質組中通過SH3介導的蛋白–蛋白相互作用網路；通過對預測得到的網路的分析，從結構上揭示SH3的識別密碼以及SH3出現不同多肽結合模式的原因及其生物學內涵；（2）對人類蛋白質組進行虛擬篩選，並結合多肽陣列實驗發現了Abl SH3的結合多肽和蛋白；（3）發展RIIα D/D結構域結合多肽的預測方法，對激酶A錨定蛋白進行了初步的預測；（4）系統研究了不同的Amber分子力場、不同的配體部分電荷以及不同的分子動力學模擬時間尺度對MM/PBSA和MM/GBSA結合自由能預測結果的影響，為下一步蛋白質結構域和多肽之間相互作用的精確評估打下了很好的基礎。項目按照預定目標順利完成，在本項目的資助下，在J Proteome Res、Drug Discovery Today、J Chem Inf Model等本領域一流期刊上發表研究論文30篇。在項目的資助下，培養了博士研究生3名，碩士研究生1名。
