《蛋白質相互作用及結合位點的預測方法研究》是依託天津大學，由郭菲擔任項目負責人的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名：蛋白質相互作用及結合位點的預測方法研究
- 項目類別：青年科學基金項目
- 項目負責人：郭菲
- 依託單位：天津大學
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
蛋白質相互作用研究是蛋白質組學的一個重要內容。蛋白質在生命活動過程中通過相互作用實現特定的生物功能。如何更有效地對蛋白質的序列信息、結構信息和物化特性建模，是預測蛋白質相互作用的關鍵。本項目旨在研究蛋白質相互作用及結合位點的預測問題：(1)研究蛋白質共進化對蛋白質相互作用的影響。設計基於蛋白質共進化的預測方法，分析蛋白質相互作用關係。(2)利用合理的結構模型，建立基於局部序列信息和局部結構信息的蛋白質結合位點知識庫。比較預測殘基和知識庫中結合位點的局部信息相似性，識別蛋白質結合位點殘基。(3)研究相互作用界面的兩個新特性：結合位點殘基所形成的二面角和相互作用芳香環平面之間的相對位置。構造機率圖模型擬合新特性取值的機率分布，預測相互作用界面的三維構象。本項目將針對分子生物學中蛋白質之間相互作用預測，提出更高效準確的計算方法，為蛋白質組學研究提供新思路。
結題摘要
蛋白質組學研究是當前生物信息學領域的重點課題。本項目從海量生物數據中提取有效複雜信息，了解生命活動的運行機制，破解生物難題的關鍵部分。本課題通過分析生物數據特徵及生物關聯特性，利用複雜網路理論、機率統計方法、機器學習算法，解決蛋白質相互作用相關預測問題。一、設計基於蛋白質共進化的分析方法，識別蛋白質相互作用關係。二、利用局部信息（序列、結構）建立蛋白質結合位點知識庫，設計合理的相似性模型預測蛋白質結合位點殘基。三、構造局部模型和機率圖模型，統計蛋白質表面殘基的物理化學特性，分析蛋白質相互作用界面的殘基構象。四、分析綁定蛋白質的序列特性，設計序列分段描述模型，利用特徵編碼方法構建蛋白質相互作用網路。五、研究蛋白質相互作用網路的拓撲特性，挖掘基因表達譜信息，並構建差異共表達的度量方法，識別蛋白質複合物和功能模組基團。綜上所述，本研究為探討蛋白質相互作用機制奠定了堅實的工作基礎。項目資助發表論文16篇，培養博士生3名、碩士生5名。項目投入經費26萬元，支出25.2萬元，各項支出基本與預算相符。
