基於結構域的蛋白質-RNA相互作用預測模型構建

《基於結構域的蛋白質-RNA相互作用預測模型構建》是依託中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院，由李伍舉擔任項目負責人的面上項目。

基本介紹

• 中文名：基於結構域的蛋白質-RNA相互作用預測模型構建
• 項目類別：面上項目
• 項目負責人：李伍舉
• 依託單位：中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院

中文摘要

蛋白質-RNA相互作用廣泛存在於轉錄後基因表達調控等多種生物過程之中，因此，開展蛋白質-RNA相互作用研究具有重要意義。為此，本項目擬以PDB資料庫提供的蛋白質-RNA相互作用數據為基礎，以蛋白質結構域、RNA二級結構、結合能以及其它各項理化性質等特徵為變數，綜合運用生物信息學與機器學習等方法，構建基於結構域的蛋白質-RNA相互作用預測模型，並開發相應的線上預測平台，最終為蛋白質-RNA相互作用研究提供生物信息學支持。

結題摘要

在該項目資助下，我們首先從PDB資料庫中構建了數據集RPI3761，該數據集含有3761個蛋白質-RNA相互作用對和通過隨機抽樣方法生成的陰性樣本數據集。然後運用rnafold等生物信息學軟體提取特徵，並運用深度學習方法構建了蛋白質-RNA相互作用預測模型DPRPI。另外，我們採用十倍交叉驗證策略，在3個公開數據集RPI2241、RPI369和RPI12737上進行模型性能評價，結果表明，我們的模型具有較好的預測性能，最終為蛋白質-RNA相互作用的實驗研究提供了生物信息學支持。