《基於Affymetrix晶片的基因表達研究》是2012年1月科學出版社出版的圖書,作者是〔美〕Hinrich Göhlmann、Willem Talloen。
基本介紹
- 中文名:基於Affymetrix晶片的基因表達研究
- 作者:(美)Hinrich Göhlmann、Willem Talloen
- 譯者:張春秀
- 出版時間:2012年1月
- 出版社:科學出版社
- 頁數:327 頁
- ISBN:9787030329080
- 定價:128 元
《基於Affymetrix晶片的基因表達研究》是2012年1月科學出版社出版的圖書,作者是〔美〕Hinrich Göhlmann、Willem Talloen。
DNA晶片技術在腫瘤基因表達譜差異研究、基因突變、基因測序、基因多態性分析、微生物篩選鑑定、遺傳病產前診斷等方面套用廣泛。如感染性疾病是由於病原微生物(病毒、細菌、寄生蟲等)侵入機體而引起。已經獲得一些生物的全部基因序列,包括141種病毒,幾種細菌(流感嗜血桿菌、產甲烷球菌、支原體M.genitalium及實驗室常用的...
主要代表為美國 Affymetrix 公司。該公司聚集有多位計算機、數學和分子生物學專家,其每年的研究經費在一千萬美元以上,且已歷時六七年之久,擁有多項專利。產品即將或已有部分投放市場,產生的社會效益和經濟效益令人瞻目。基因晶片技術由於同時將大量探針固定於支持物上,所以可以一次性對樣品大量序列進行檢測和分析,...
《結直腸癌預後相關基因的功能及表達調控機制的研究》是依託浙江大學,由鄭樹擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 本課題基於已有工作基礎,採用Affymetrix基因晶片對不同預後的Dukes'B、C期結直腸癌腫瘤組織進行了全基因組表達譜分析,獲得了198個差異基因,通過對差異基因的生物信息學功能分析及權重排列,篩選出能最好...
提示在胃癌中miR-181a-5p可通過直接抑制RASSF6的表達而起到致癌miRNA的作用。3.(1)RASSF6下游功能基因的表達譜晶片篩選 :通過Affymetrix 表達譜晶片分析RASSF6 過表達前後差異表達的基因,獲得RASSF6下游的功能基因待研列表,通過生物信息學分析獲得與RASSF6 相關的細胞信號通路。(2)RASSF6下游功能基因的個性化...
此外,進一步套用Affymetrix GeneChip Scanner 3000 7G全基因組表達譜晶片分析篩選出兩組神經嵴細胞差異性表達的基因。實驗結果發現FOXP2共有77個基因出現差異表達,其中AKAP9等14個基因差異表達量顯著。基因功能分析顯示差異表達基因具有傳導細胞間信號,調控組織器官生長發育,基因轉錄後修飾及蛋白修飾等功能,參與編碼ILK等...
為了進一步了解硒對腫瘤發生的抑制作用的可能機制,Rao等人採用代表了6347個鼠類基因的Affymetrix高密度寡核苷酸array對餵飼了低硒膳食的C57BI/6J小鼠的小腸的基因表達水平進行了檢測。相對於高硒膳食對照組,在所有被檢測的基因中,84個基因的表達增高了超過兩倍而48個基因的表達降低了四分之三。其中表達增高的包括DNA...
干擾素刺激基因(ISG)是干擾素激活產生的最直接的抗病毒效應分子。迄今為止只有較少一些ISGs 被證實可直接抑制B型肝炎病毒的複製。我們前期研究採用Affymetrix RNA晶片,分析不同臨床階段慢B肝患者肝組織的基因表達譜,首次發現慢B肝患者肝組織內MS4A4A的表達水平和HBV複製呈明顯負相關;進一步在肝細胞內共轉染MS4A4A...
由於實驗結果顯示MTA1蛋白表達與裸鼠移植瘤的生長增殖能力顯著相關,遂對MTA1蛋白調控食管鱗癌裸鼠移植瘤的增殖機制進行相關的研究。主要研究內容:利用Affymetrix公司的高通量人基因表達譜晶片對KYSE410細胞裸鼠移植瘤進行差異表達基因的篩選,分析的結果顯示共有779個基因的表達水平具有顯著性差異,其中352個基因的表達水平...
本課題進行了以下方面研究:(1)我們根據EYA4過表達及敲低的肝細胞癌細胞系的Affymetrix基因組表達譜晶片結果及體內體外實驗,篩選出靶基因RAP1A及MYCBP。(2)通過染色質免疫共沉澱、雙螢光素酶報告系統、Western blot及蛋白質免疫共沉澱等實驗,顯示EYA4可通過去磷酸化IκBα,抑制IκBα泛素化降解,抑制p65入核,...
進一步確定了FGF-2參與在EGFR-TKIs所引發耐藥過程中。 本課題第三部分利用Affymetrix人全基因組3’IVT晶片檢測PC-9-NC、PC-9-FGF2- KD、PC-9-FGF2-OE,以及空白對照的PC-9細胞的差異基因表達改變,其中PI3K-AKT信號通路對FGF-2介導的EGFR-TKIs快速獲得性耐藥的發生機制可能具有重要意義。
《降解農藥殘留的水稻細胞色素P450的功能基因組學研究》是依託中國農業大學,由蘇震擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 本項目將著重研究應答農藥殘留的水稻細胞色素P450基因表達譜, 預測與農藥殘留降解相關的水稻P450基因的功能,探索水稻P450在降解農藥殘留過程中的調控機理。利用剛剛發布的Affymetrix水稻晶片,在全基因組...
本研究擬利用ARL1::GR(糖皮質激素受體)融合的轉基因材料(arl1背景),用affymetrix晶片分析其在不加地塞米松(DEX)、加地塞米松、以及加地塞米松同時加蛋白合成抑劑(CHX)3種條件下的基因表達差異,挑選在後兩種條件下誘導表達而第一種條件下不表達的基因為候選下游調控基因,將候選基因增強表達於arl1突變體中,...
有能力擴展到4個濾光片;7、像素精度:0.667μm。主要功能 1、用於基因組選擇育種研究;2、用於全基因組表達研究;3、用於全基因組SNP分型研究;4、Affymetrix Axiom分析可檢測插入或缺失(indel),並保證所有候選SNP,與相鄰SNP最近可達20p,實現更高效的QTL分析;5、Axiom有一套專門基於B-allele的算法。
Data acquisition for Affymetrix GeneChipTM glass slide experiments Normalization methods 5 Statistical analysis of array data:Ingerring changes Problems and common approaches Probablilistic modeling of array data Simulations Extensions 6 Statistical analysis of array data:Dimensionality reduction,clustering,and ...
通過Affymetrix外顯子晶片和RNA-Seq分析發現c-Abl廣泛參與的轉錄和剪接調控,U2AF65參與剪接調控。尤其是電離輻射誘導的DNA損傷修復通路的剪接調控。部分數據得到RT-PCR實驗驗證。 本項目的原創性研究對深入認識c-Abl在生理和應激條件下的基因轉錄、mRNA前體剪接、出核轉運等調控功能具有重要意義。
10.馬璐琳,尚毅,亓增軍,陳佩度,王秀娥(通訊作者),劉大鈞。利用Affymetrix晶片分析DON誘導抗赤霉病小麥品種望水白的基因表達譜。麥類作物學報,2009,29(6):959-964 11.Wenli Zhang,Xiue Wang(共同第一作者), Qingyi Yu, Ray Ming, and Jiming Jiang,DNA methylation and heterochromatinization in the ...
(2)開發了多種高通量基因分型方法和平台。建立了基於Affymetrix晶片表達譜數據挖掘序列多態性的方法和基於新一代測序技術的低成本的群體基因分型方法。作為主要設計人員之一與中國種子集團、北京大學合作開發了全球第一款水稻育種晶片和後續多款育種晶片,申請發明專利3項,已得到推廣套用。(3)建立了多個水稻生物信息...
[27] 張冬傑,劉娣,別墅,孫洪濤,汪亮,王文濤,何鑫淼. 利用Affymetrix晶片分析民豬冷應激後肌肉組織的基因表達譜[J]. 畜牧獸醫學報,2011,42(12):1661-1665.[28] 祁小樂,高立,吳關,鄧小芸,余飛,張禮洲,秦立廷,高玉龍,王永強,高宏雷,劉娣,華育平,王笑梅. 雞傳染性法氏囊病病毒VP2基因突變對病毒體外複製的影響...
以Affymetrix公司生產的大鼠基因表達譜晶片和檢測方法分析了DNA修復相關基因在16種不同恢復時間的大鼠再生肝中表達動態,用新建立的統計學方法分析相關基因在再生肝中表達的意義和作用。套用基因晶片技術研究正常肝臟、 慢性肝炎、 肝硬化、肝癌組織基因表達譜,檢測從正常肝臟到肝癌細胞基因表達的改變,尋找可能的癌基因和...
最後,為了探究HDAC9基因下調對相關基因表達的影響,我們採用Affymetrix表達譜晶片進行相關檢測,並利用生物信息學的方法進行功能富集分析。此外,我們還成功構建兔激素性股骨頭壞死的模型,並將HDAC9的CRISPR激活系統修飾MSCs,通過骨髓回輸移植。結果顯示SONFH來源的MSCs 其HDAC9的表達顯著降低。利用CRISPR技術...
淋巴管道生成分子、組織抗凝因子、細胞分化決定蛋白分子、內皮細胞相關分子、膠質細胞瘤細胞分化標記分子在有和無VM的膠質瘤中表達的差異情況;使用雷射顯微切割技術切取人膠質細胞瘤標本和動物移植瘤血管生成擬態部位的腫瘤細胞和非VM部位的腫瘤細胞,利用Affymetrix Genechip U133系列晶片分析與VM形成相關的基因表達,探討...
《臨床生物信息學》是2014年軍事醫學科學出版社出版的圖書。內容簡介 《臨床生物信息學》由軍事醫學科學出版社出版。圖書目錄 Contributors 前言 第一章致病基因發現的生物信息分析Bing Yu 第二章套用Affymetrix SNP晶片的全基因組關聯性分析研究:兩步法確定增加發生複雜疾病風險的基因 Howard H.Yang,Nan Hu,Philip R...
為了闡明核移植的分子機制,本課題進一步建立了單胚胎pg級RNA分析技術平台,建立同體、同型和異型克隆不同時期的胚胎cDNA文庫,並利用包含23,000多個牛轉錄本的Affymetrix晶片對單胚胎的基因表達譜進行分析,通過生物信息學分析得到了基因表達譜聚類結果,初步篩選出4個差異表達基因,並利用設計其RNAi序列,利用小鼠胚胎進行...
生物晶片分析 系以Affymetrix之寡核苷酸微陣列(Oligonucleotide Microarray)技術平台為主,並採用該公司出品之生物基因晶片系列。此類晶片乃運用半導體製程之原位光罩(photolithography)專利及固相表面化學(solid-phase chemistry)等技術在晶片上定點合成寡核甘酸,不單可以增加晶片表面探針(probe)的密度與數量,更可增進...
為了更為系統地揭示耳和腎臟所共同擁有的分子機制,我們用慶大黴素製作了氨基糖甙類藥物耳、腎毒性的大鼠模型,並用Affymetrix Genechip Rat 230 2.0晶片對新生大鼠的內耳、腎以及肝組織中約24000條基因的表達進行了分析,發現13個基因或基因家族在腎臟和內耳中的表達在給藥前後呈現一致的變化。從中我們選擇了I...
乳腺癌細胞MCF-7穩定轉染β-arrestin2全長質粒後經Affymetrix GeneChip PrimeView Human Gene Expression Array基因晶片進行mRNA篩選分析,包含了差異基因篩選、聚類分析、GO功能富集分析,KEGG通路富集分析等多個方面。套用這些結果進一步進行GSEA 富集分析差異基因,KM Plot分析β-arrestin2基因高表達...
用於轉錄組數據獲得和分析的方法主要有基於雜交技術的晶片技術包括cDNA晶片和寡聚核苷酸晶片,基於序列分析的基因表達系列分析SAGE (serial analysis of gene expression,SAGE)和大規模平行信號測序系統MPSS(massively parallel signature sequencing,MPSS)。技術發展 1991年Affymetrix公司在Southern blot 基礎上,開發出世界上...
3.3.1 晶片數據集簡介 3.3.2 下載表達數據 3.3.3 過濾表達數據 3.3.4 識別差異的基因表達 3.3.5 採用基因本體注釋上調基因 3.3.6 尋找通路中的差異表達基因 3.4 通過分析Affymetrix SNP晶片研究DNA副本數變化 3.4.1 簡介 3.4.2 數據集 3.4.3 獲取SNP晶片的探針水平數據 3.4.4 輸入和轉...
Affymetrix公司已有可以同時檢測人類全基因組的表達譜基因晶片及檢測高達50萬個SNP的基因晶片。方法二 通過機械手臂直接將鹼基合成試劑氨基膦酸酯點樣到晶片適當的位置上,循環下去就能合成預計的寡核苷酸。由於這種方法靈活性高,能合成任意寡核苷酸片段,因此有套用潛力。美國Agilent公司便是利用噴墨的原位合成技術合成了60...