結構比對(structural alignment )是2018年公布的生物物理學名詞。
基本介紹
- 中文名:結構比對
- 外文名:structural alignment
- 所屬學科:生物物理學
- 公布時間:2018年
結構比對(structural alignment )是2018年公布的生物物理學名詞。
結構比對(structural alignment )是2018年公布的生物物理學名詞。定義核酸或蛋白質結構的比較分析方法。根據分子的形狀和三維構象,將結構之間的最大相同部分匹配出來,由此來進行相似性或同源性研究。出處《...
《蛋白質與蛋白質的結合位點結構比對方法研究》是依託吉林大學,由周柚擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 蛋白質結合位點結構比對方法的研究是當今結構基因組學的重要研究內容之一,對於蛋白質結構和功能研究有著重要的意義。申請課題擬解決蛋白質與蛋白質結合位點結構比對研究中的幾個熱點和難點問題,課題組將...
《基於多相似度融合的非編碼RNA結構比對和分類識別》是依託同濟大學,由劉琦擔任項目負責人的面上項目。中文摘要 非編碼RNA 結構和功能的研究是分子生物學研究的熱點問題之一。通過計算手段對於非編碼RNA 的二級結構進行比對以及分類識別,是進行非編碼RNA 功能分析的研究基礎。在深入研究非編碼RNA 二級結構特點的基礎上...
基於結構的序列比對(structure-based sequence alignment)是2018年公布的生物物理學名詞。定義 以結構相似程度而非胺基酸序列同源性作為主要依據的序列比對。此時雖然用於比對的仍是胺基酸序列,但是主要的比對依據並不是胺基酸序列的相似性,而是三級結構的相似性。該方法也可以用於其中一個序列的三級結構已知的比對,此時...
裸濱鼠、袋鼴)。但其骨骼構造卻是相似的。這些相似性只能用系統發生學的理論去解釋。同源特徵證實了物種間的親緣關係,是重構進化樹的有力手段。同源現象在生物學中可以進一步分為直系同源(直系同源是指在不同物種中的某一基因來自同一祖先)和旁系同源(種系間的基因複製) 。參見 序列比對軟體 結構比對 ...
這主要包括以下三個方面的研究:(1)對現有配體進行統計與聚類分析,並利用序列進化信息,對出現頻率較高的配體開發相應的從頭預測算法;(2)開發局部結構比對算法,通過與全局結構比對的結合來提高模板識別的覆蓋率,以降低基於模板的預測方法失效的機率;(3)通過對大量預測結果的系統分析,探究綜合多種方法的最優...
一般的序列比對主要是針對一級結構序列上的比較。分類 雙序列比對 在生物信息處理中,我們希望找出兩條序列S和T之間具有的某種相似性關係,這種尋找生物序列相似性關係的算法就是雙序列比對算法。我們通常利用兩個序列之間的字元差異來測定序列之間的相似性,兩條序列中相應位置的字元如果差異大,那么序列的相似性低,...
結構比質量 結構比質量(specific dry mass)是2013年公布的機械工程名詞。定義 拖拉機結構質量與發動機標定功率之比值。出處 《機械工程名詞 第四分冊》第一版。
這樣對於給定的DNA,可根據與其作用的蛋白質結構Motif在PDB中找出能夠與其相互作用的蛋白質候選集。同時,本項目還將對具體問題如蛋白質分類、多結構比對、結構Motif挖掘等進行算法的開發和改進。本項目的研究成果不僅對於生物及製藥等領域具有巨大的現實意義,而且其研究思路和方法將為其它相關計算生物學的研究帶來啟發作用...
研究內容包括:(1)建立基於結構比對的機率預測方法;(2)用複雜網路方法研究胺基酸網路的拓撲結構及聚集性、模組化等性質,提出新的能量熱點預測方法;(3)研究蛋白質能量熱點集成預測方法;(4)開發蛋白質能量熱點綜合預測平台和建立集成的能量熱點資料庫,為蛋白質功能和藥物設計提供技術和數據支持。結題摘要 蛋白...
BLAST全稱Basic Local Alignment Search Tool,即基於局部序列比對算法的搜尋工具。是由美國國家生物技術信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)開發和管理的一套生物大分子一級結構序列比對程式。"BLAST"是美國國立醫學圖書館(U.S. National Library of Medicine)的註冊商標。程式可將輸入的核酸...
1 5 1序列比對6 1 5 2蛋白質結構比對和預測6 參考文獻7 第2章蛋白質結構研究的重大歷史事件8 2 1假設+假設=諾貝爾獎8 2 1 1X射線:波還是粒子?8 2 1 2晶體結構之謎9 2 1 3諾貝爾獎培訓班9 2 1 4一石二鳥的精巧實驗設計10 2 2父子同心:X射線晶體學11 2 3蛋白質晶體學的興起12 2 3 1蛋白...
分子序列比對 分子序列比對(molecular sequence alignment)是藥學術語,為2014年公布的藥學名詞。定義 通過對比分析判斷兩個分子序列之間是否具有足夠相似性的方法。出處 《藥學名詞》第二版。
第11章 其他基於結構的資料庫 第3部分 比較特徵 第12章 蛋白質結構進化和SCOP資料庫 第13章 CATH資料庫 第14章 結構質量驗證 第15章 全原子接觸:一個確認結構的新方法 第16章 結構比較與比對 第4部分 結構和功能測定 第17章 二級結構測定 第18章 識別蛋白質中的結構域 第19章 從蛋白質結構推測其功能 第...
《生物序列突變與比對的結構分析》共分三部分介紹,第一部分介紹序列圖便於比對的結構模型;第二部分介紹序列的比對算法與結構分析;第三部分是有關隨機分析與圖論的若干基本知識和一些數據與數學符號的說明。第一部 分序列突變與比對的結構模型 第一章 序列突變與比對問題 1.1 序列突變與比對問題概述 1.2 序列的...
雖然RORγ的生物學功能已經有了一定研究,但迄今為止,尚未發現孤兒核受體RORγ的配體,也未見RORγ的晶體結構報導。本課題旨在通過Alphascreen分析方法進行篩選,尋找RORγ的配體;通過結晶學和X射線晶體衍射方法,解出RORγ/配體/輔因子複合體的晶體結構;進而根據晶體結構比對,設計構建關鍵結合位點的突變體,利用實時...
本項目選取的研究對象——蛋白質關聯圖在蛋白質結構預測和結構比對等研究中有廣泛套用,並受到廣泛研究,但其數學結構長期以來都是一個公開問題,相關研究成果很少,是一個較新的研究方向。. 本項目將利用組合數學和分析的工具和方法,從蛋白質關聯圖的兩種基本結構——堆和佇列入手,研究晶格自避行走模型下蛋白質...
《引入二級結構信息的RNA序列快速比對》是依託北京理工大學,由宋丹丹擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 RNA是一種種類多樣且具有重要功能的生物大分子。在後基因組時代中,RNA比對是RNA新個體及功能發現的基礎,對基因定位、功能確定、疾病診斷、藥物研製等起關鍵作用。本項目研究引入二級結構信息的RNA序列快速...
7.1 蛋白質的結構 7.1.1 蛋白質結構的組織層次 7.1.2 蛋白質結構的實驗測定及結構基因組學 7.1.3 蛋白質結構的分類 7.1.4 蛋白質結構與功能的關係 7.2 蛋白質結構比對 7.2.1 蛋白質結構比對的原理 7.2.2 常用的蛋白質結構比對方法 7.3 蛋白質二級結構預測 7.3.1 常用的二級結構預測方法 7....
2.1 結構比對(Structure Alignment)2.2 VAST與DALI 2.3 全局與局部結構比較 2.4 利用數學記號進行結構比較 2.5 生物大分子表面結構的比較 2.6 本章小結 第3章 三維結構比較 3.1 三維結構比較研究 3.2 基於體模型的比較 3.3 基於三維模型幾何相似性的比較 3.3.1 基於輪廓的幾何相似性比較算法 3.4 ...
基於Web的蛋白質結構工具 結構可視化 結構分類 結構比對 結構分析 溶劑可接近性和相互作用 計算物理化學性質 結構最佳化 蛋白質資源資料庫 把一切結合在一起 第十章 根據序列預測蛋白質的結構和功能 蛋白質結構的確定 預測蛋白質的結構 從三維到一維 蛋白質序列中的特徵檢測 二級結構預測 三維結構預測 把所有的結合在...
(4)突破傳統序列比對和結構比對的框架,構建非比對的比較基因組方法和新的RNA結構比較。結題摘要 針對微陣列圖象、基因表達數據、蛋白質序列和RNA序列為研究對象,豐富與發展基於小波的計算生物學理論與算法,為計算生物學的研究提供更加最佳的模型和有效的工具,致力於構建基於小波框架下的新型高效的生物數據處理技術。
內容涉及智慧型計算與生物信息學各主要領域,包括蛋白質結構與相互作用(9篇)、基因測定與算法設計(12篇)、序列分析與結構比對(3篇)、生物資料庫的開發、管理與搜尋策略(4篇)、智慧型計算在生物信息學領域的套用研究(8篇)及其他(4篇)等。這些論文反映了近幾年國內和國外智慧型計算與生物信息學領域的部分最新...
D-乳酸脫氫酶的一級結構比對表明,不同種屬的D-乳酸脫氫酶的胺基酸序列存在較大的差異,但是參與丙酮酸的結合與催化的胺基酸殘基卻十分保守。Kochhar等的研究顯示L.bulgaricus的D-乳酸脫氫酶是一個由相同亞基組成的二聚體,每個亞基由332個胺基酸殘基組成,分子量為36.8 ku,經化學修飾發現位於催化中心的三個組氨酸(...
8 蛋白質結構與功能預測 8.1 蛋白質結構簡介 8.2 蛋白質三維結構分類及蛋白質家族 8.3 三維結構比對 8.4 蛋白質基本性質預測 8.5 蛋白質二級結構預測 8.6 蛋白質高級結構預測 8.7 蛋白質互作分析 8.8 藥物發現與設計 9 轉錄組與蛋白質組分析 9.1 轉錄組與基因晶片簡介 9.2 基因晶片數據採集與分析 ...
通過分析某一蛋白家族蛋白序列的保守模式以及在三維結構上的保守殘基的位置,可以在分子水平上更好地了解到蛋白功能機制。Protein Families的簡單易用的流程(protocols),也可一步步地引導用戶進行分析,從蛋白家族的序列或者結構比對,到進化蹤跡分析。而進化蹤跡分析包括用分層聚類的方法來建立蛋白家族系統樹圖以及把這些...
全書著重於生物信息學的基礎理論和主要軟體, 覆蓋該學科幾乎所有的主要方面: 雙序列的比較、快速比對和序列資料庫的查詢方法、多序列比較、DNA序列中的信號元素、分子進化樹分析、基因組重組、基因表達數據分析、RNA結構比對和預測、蛋白質學中的質譜分析、蛋白質結構預測等。書中配有大量習題, 其難易程度用星號標註,...
一個典型的比對過程包括:首先套用CLUSTALW程式,然後進行手工比對,最後提交給一個建樹程式。這個過程有如下特徵選項:(1)部分依賴於計算機(也就是說,需要手工調整);(2)需要一個先驗的系統發育標準(即需要一個前導樹);(3)使用先驗評估方法和動態評估方法(推薦)對比對參數進行評估;(4)對基本結構(...
(4)在社交網路信息內容演化機制研究方面:首先進行了信息變化測量的研究,包括:網頁Title比對方法研究、網頁結構比對方法研究、基於視覺特徵的網頁相似性計算方法研究;其次進行了基於滑鼠動力學特徵的用戶行為模擬研究;最後設計實現了一個輿情引導原型系統,並進行了驗證,反映了社交網路中信息傳播與演化的規律。
本項目主要進展及結果如下:(a)分子間Diels-Alder反應可以構建6/6並環化合物(一步構建多個手性中心),新建立的3個手性中心的構型通過單晶確定;(b)通過氧化切斷/雙還原氨化開環重建策略構建目標分子的6/5並環,並通過單晶確定新引入氨基的手性中心,通過和目標分子結構比對,表明只要翻轉C-4位(醛基α-位)...