基於結構的序列比對（structure-based sequence alignment）是2018年公布的生物物理學名詞。
基於結構的序列比對（structure-based sequence alignment）是2018年公布的生物物理學名詞。定義以結構相似程度而非胺基酸序列同源性作為主要依據的序列比對。此時雖然用於比對的仍是胺基酸序列，...
術語“序列比對”也指構建上述比對或在潛在的不相關序列的資料庫中尋找significant alignments。背景及簡介 序列比對是生物信息學的基本組成和重要基礎。序列比對的基本思想是，基於生物學中序列決定結構，結構決定功能的普遍規律，將核酸序列和蛋白質一級結構上的序列都看成由基本字元組成的字元串，檢測序列之間的相似性，...
BLAST全稱Basic Local Alignment Search Tool，即基於局部序列比對算法的搜尋工具。是由美國國家生物技術信息中心(National Center for Biotechnology Information，NCBI)開發和管理的一套生物大分子一級結構序列比對程式。"BLAST"是美國國立醫學圖書館（U.S. National Library of Medicine）的註冊商標。程式可將輸入的核酸...
《生物序列突變與比對的結構分析》共分三部分介紹，第一部分介紹序列圖便於比對的結構模型；第二部分介紹序列的比對算法與結構分析；第三部分是有關隨機分析與圖論的若干基本知識和一些數據與數學符號的說明。第一部 分序列突變與比對的結構模型 第一章 序列突變與比對問題 1.1 序列突變與比對問題概述 1.2 序列的...
多序列比對的目標是使得參與比對的序列中有儘可能多的列具有相同的字元，即，使得相同殘基的位點位於同一列，這樣以便於發現不同的序列之間的相似部分，從而推斷它們在結構和功能上的相似關係，主要用於分子進化關係，預測蛋白質的二級結構和三級結構、估計蛋白質摺疊類型的總數，基因組序列分析等。背景及意義 雙序列比對...
《引入二級結構信息的RNA序列快速比對》是依託北京理工大學，由宋丹丹擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 RNA是一種種類多樣且具有重要功能的生物大分子。在後基因組時代中，RNA比對是RNA新個體及功能發現的基礎，對基因定位、功能確定、疾病診斷、藥物研製等起關鍵作用。本項目研究引入二級結構信息的RNA序列快速...
序列比對是生物信息學中重要的基本問題,是生物信息學的基礎,可用來預測序列的功能、結構和進化過程等. 隨著大規模測序技術日益成熟,序列數據呈指數級增長,使得現有序列比對並行策略中存在的可擴展性問題日益突出.同時,現有的序列比對並行策略多使用同構系統求解,且極少採用數據並行方案. 隨著高性能計算系統快速發展,套用...
這主要包括以下三個方面的研究：（1）對現有配體進行統計與聚類分析，並利用序列進化信息，對出現頻率較高的配體開發相應的從頭預測算法；（2）開發局部結構比對算法，通過與全局結構比對的結合來提高模板識別的覆蓋率，以降低基於模板的預測方法失效的機率；（3）通過對大量預測結果的系統分析，探究綜合多種方法的最優...
分子序列比對 分子序列比對（molecular sequence alignment）是藥學術語，為2014年公布的藥學名詞。定義 通過對比分析判斷兩個分子序列之間是否具有足夠相似性的方法。出處 《藥學名詞》第二版。
而如何有效分析和處理這些大型序列數據(即序列分析)成為生物信息學的首要任務。序列比對是生物序列分析的主要方法，也是生物信息學中挑戰性的問題之一。序列比對在序列裝配、序列注釋、基因和蛋白質的結構和功能預測以及系統發育和進化分析等方面均有廣泛套用，因此對它的研究一直以來都是熱點。進化算法是一類借鑑生物界自然...
蛋白質二級結構預測 早期蛋白質二級結構預測的方法是建基於胺基酸形成螺旋或摺疊的傾向，而有時須聯同估計形成二級結構的能量的方法來使用。這些方法在預測殘基的三種狀態（螺旋、摺疊或捲曲）可以有約60%的準確性，若使用多序列比對可以將準確性大幅提升至80%。多序列比對可以知道胺基酸在某一位置的完正分布（包括在其...
當前的研究多是基於序列層次上的，對於實踐的指導作用不明顯.與序列相比，蛋白質結構具有更加保守的特性，本項目擬從結構分析的角度研究蛋白質與DNA的相互作用關係.首先採用計算智慧型方法對已知的蛋白質和DNA的複合體分類，對於每一類蛋白質在多結構比對的基礎上挖掘其結構Motif，而後通過這些結構Motif與PDB中已有的蛋白質...
序列聯配 序列聯配（sequence alignment）是2018年公布的計算機科學技術名詞。定義 研究和比對兩條（或多條）DNA、RNA或蛋白質序列的排列方式以發現序列中的相似區域，這些相似區域通常和功能、結構或者進化相關聯。出處 《計算機科學技術名詞 》第三版。
分類基於若干層次：家族，描述相近的進化關係；超家族，描述遠源的進化關係；摺疊子(fold)，描述空間幾何結構的關係；摺疊類，所有摺疊子被歸於全α、全β、α/β、α+β和多結構域等幾個大類。SCOP還提供一個非冗餘的ASTRAIL序列庫，這個庫通常被用來評估各種序列比對算法。此外，SCOP還提供一個PDB-ISL中介序列庫...
本研究中我們採用了多種方法研究AT結構域底物特異性的分子機制。阿維菌素PKS的起始AT（AveAT0）可以利用2-甲基丁醯輔酶A（Coenzyme A，CoA）和異丁醯CoA兩種起始單元。前期工作中我們解析了AveAT0的晶體結構，基於結構的序列比對幫助我們確定了可能影響底物醯基部分識別的關鍵位點。通過突變AveAT0的醯基結合口袋，我們...
通過分析某一蛋白家族蛋白序列的保守模式以及在三維結構上的保守殘基的位置，可以在分子水平上更好地了解到蛋白功能機制。Protein Families的簡單易用的流程（protocols），也可一步步地引導用戶進行分析，從蛋白家族的序列或者結構比對，到進化蹤跡分析。而進化蹤跡分析包括用分層聚類的方法來建立蛋白家族系統樹圖以及把這些...
Bio-Linux是功能齊全的、強大的、可定製的、易於維護的生物分析工作站。Bio-Linux基於Ubuntu提供500多個生物分析程式，由一個圖形化的選單進行管理，能方便地訪問到其生物分析文檔系統及對測試程式有用的樣本數據。用於處理新型序列數據類型的Bio-Linux軟體包可額外安裝。最新發生版為Bio-Linux7.0, 基於Ubuntu 12.04 ...
§3.5 多序列比對的複雜性 §3.6 漸進式比對 §3.7 近似算法 §3.8 多序列比對實用程式 §3.9基因組的比對 參考文獻 練習題 第四章 隱馬爾可夫模型及基因序列的識別 §4.1 隱馬爾可夫模型 §4.2 基本算法 §4.3 蛋白質簇的隱馬爾可夫鏈模型 §4.4 GENSCAN: 預測人基因組中的全基因結構程式 參考...
蛋白質穿線[建模]法是2018年全國科學技術名詞審定委員會公布的生物物理學名詞。定義 將序列“穿入”已知的蛋白質摺疊子骨架內，基於摺疊子模板，通過將未知結構蛋白質的胺基酸序列與結構資料庫中的結構進行比對打分，構建蛋白質結構模型的一種蛋白質三級結構預測方法。發布時間 2018年，經全國科學技術名詞審定委員會審定...
6.3.1 多序列比對軟體 108 6.3.2 進化分析軟體 109 6.3.3 樹結構顯示軟體 109 6.4 系統發育分析/分子進化分析示例 110 6.4.1 基於細胞色素c胺基酸序列的真核生物系統發育分析 110 6.4.2 基於12S rRNA基因序列的鸛形目鳥類系統發育分析 119 6.5 NCBI上的系統分類 127 6.5.1 NCBI的系統分類資料庫...
如果在進行系統發育分析的時候，比對中引入了前導樹，那么通過這個比對推導出的進化樹邏輯上應該同前導樹的拓撲結構相同。由CLUSTAL比對得到的前導樹將會被轉化成PHYLIP樹的檔案格式，然後輸入到畫樹程式中，這些畫樹程式包括TreeTool(X windows), TreeDraw(Macintosh), PHYLODENDRON(Macintosh), TREEVIEW(Macintosh, ...
分子進化是利用不同物種中同一基因序列的異同來研究生物的進化，構建進化樹。既可以用DNA序列也可以用其編碼的胺基酸序列來做，甚至於可通過相關蛋白質的結構比對來研究分子進化，其前提假定是相似種族在基因上具有相似性。通過比較可以在基因組層面上發現哪些是不同種族中共同的，哪些是不同的。早期研究方法常採用外在...
利用同源模型化方法可以預測10~30%蛋白質的結構。然而，許多具有相似結構的蛋白質是遠程同源的，它們的等同序列不到25%。也就是說，具有相似空間結構的蛋白質序列等同程度可能小於25%。這些蛋白質的同源性不能被傳統的序列比對方法所識別。如果通過一個未知序列搜尋一個蛋白質序列資料庫，並且搜尋條件為序列等同程度...
