《生物信息學套用技術》是由化學工業出版社出版的一部教育作品，作者是王祿山，高培基。
基本介紹
- 書名：生物信息學套用技術
- 作者：王祿山，高培基
- ISBN：9787122010766
- 出版社：化學工業出版社
基本相信,內容簡介,目錄,
基本相信
出版時間：2008-01-01
版 次：1
頁 數：253
裝 幀：平裝
開 本：16開
所屬分類：圖書 > 科學與自然 > 生物科學
內容簡介
《生物信息學套用技術》從生物大分子轉化成生物數據（殘基序列、原子坐標等）過程開始，介紹了生物信息數據及其存放的格式、資料庫的分析工具與檢索策略；結合當前生物信息學技術發展趨勢，全書被按照序列－結構－功能的思路進行組織，為讀者認識與分析生物學規律提供新的思路；背景、原理、方法和分析操作相結合，是一本實用的生物信息學實驗手冊與操作指南。
《生物信息學套用技術》取材精當，講述簡明，面向生命科學各專業及部分基礎醫學的讀者，可供廣大生物信息學入門及提高的讀者參考使用。
目錄
第1章 信息學與生物信息學技術 1
1.1 信號、信息、密碼與生物信息學技術 1
1.2 生物信息學技術的特點 2
1.2.1 生物信息的儲存與傳遞 2
1.2.2 生物信息傳遞的密碼子 3
1.2.3 信息和密碼的層次性 4
1.2.4 信息傳遞中的“非等價”與多義表達 5
1.2.5 內含子、重複序列與DNA多態性 5
1.2.6 基因突變和中性突變理論 6
1.3 生物系統的複雜性和生物信息學技術研究的局限性 6
第2章 生物信息數據 8
2.1 核酸的序列與表示方式 9
2.2 蛋白質的序列與表示方式 10
2.3 生物信息數據的存儲格式 11
2.3.1 序列最簡單注釋的FASTA格式 11
2.3.2 序列詳細注釋的GenBank格式 13
2.3.3 序列詳細注釋的EMBL格式 18
2.4 生物大分子結構數據的存儲格式 19
第3章 生物信息資料庫 24
3.1 生物信息資料庫概述 24
3.1.1 資料庫 24
3.1.2 生物信息資料庫 24
3.1.3 生物信息資料庫分類及發展方向 26
3.2 核酸序列資料庫 28
3.2.1 核酸序列基本資料庫 28
3.2.2 核酸序列二級資料庫 29
3.3 蛋白質序列資料庫 30
3.3.1 蛋白質序列基本資料庫 30
3.3.2 蛋白質序列二級資料庫 34
3.4 生物大分子結構資料庫 42
3.4.1 生物大分子結構基本資料庫 43
3.4.2 蛋白質結構二級資料庫 44
第4章 生物信息的檢索及策略 48
4.1 生物信息檢索概述 48
4.1.1 信息檢索的概念 48
4.1.2 檢索系統的類型 48
4.1.3 生物信息檢索系統 48
4.1.4 信息檢索策略 49
4.2 NCBI資料庫檢索系統Entrez 50
4.2.1 美國國家生物技術信息中心NCBI 50
4.2.2 NCBI資料庫 51
4.2.3 Entrez簡介 52
4.2.4 Entrez系統檢索規則與策略 53
4.2.5 Entrez檢索策略的定製 55
4.3 EBI的資料庫檢索系統SRS 67
第5章 序列的分析與相似性搜尋 68
5.1 序列分析與相似性搜尋概述 68
5.2 序列比對 69
5.2.1 序列比對的原理 69
5.2.2 記分規則 70
5.2.3 序列比對算法 72
5.2.4 多序列比對算法 74
5.3 基於相似性分析的資料庫搜尋 74
5.3.1 局域比對搜尋工具BLAST 74
5.3.2 BLAST的檢索程式與功能 75
5.4 序列分析軟體 76
5.4.1 本地機上進行序列的簡單分析 76
5.4.2 利用序列相似性搜尋對蛋白質序列的功能注釋與分析 86
第6章 系統發育分析與分子進化 97
6.1 生物分類與系統發育分析概述 97
6.1.1 生物分類系統 97
6.1.2 系統發育分類學 97
6.1.3 生物進化過程 98
6.1.4 系統發育進化樹：進化關係的表示方法 99
6.1.5 系統進化的分析方法 100
6.1.6 分子進化與中性學說 101
6.1.7 分子進化研究的重要意義 104
6.2 分子進化分析的方法與流程 105
6.2.1 系統學的建樹方法 105
6.2.2 建樹算法比較 107
6.2.3 分子進化分析的流程 107
6.3 分子進化樹分析軟體 108
6.3.1 多序列比對軟體 108
6.3.2 進化分析軟體 109
6.3.3 樹結構顯示軟體 109
6.4 系統發育分析/分子進化分析示例 110
6.4.1 基於細胞色素c胺基酸序列的真核生物系統發育分析 110
6.4.2 基於12S rRNA基因序列的鸛形目鳥類系統發育分析 119
6.5 NCBI上的系統分類 127
6.5.1 NCBI的系統分類資料庫 127
6.5.2 NCBI的分類瀏覽器 128
6.6 進化分析所涉及的13種鸛形目鳥類的形態分類簡介 128
第7章 生物大分子三維結構的可視化分析 133
7.1 分子三維結構可視化概述 133
7.1.1 分子結構模型的建立 133
7.1.2 模型可視化的建立方法 133
7.2 分子結構的顯示模型 134
7.2.1 小分子的顯示模型 134
7.2.2 生物大分子的結構顯示模型 135
7.2.3 生物大分子的分子表面模型 136
7.2.4 光影效果及解析度 138
7.3 生物大分子結構數據檔案的獲取 138
7.3.1 生物大分子結構數據的瀏覽 138
7.3.2 結構數據檔案的檢索與下載 139
7.4 生物大分子三維結構的可視化分析軟體 141
7.4.1 RasMol軟體 142
7.4.2 VMD軟體 153
7.4.3 PyMOL軟體 166
第8章 同源模建及分子動力學模擬分析 174
8.1 生物大分子立體結構研究概述 174
8.1.1 生物大分子結構確定方法 174
8.1.2 蛋白質結構的同源模建 175
8.1.3 同源模建的基本步驟 176
8.2 細胞色素c蛋白的同源模建 176
8.2.1 利用SWISS-MODEL伺服器進行同源模建 177
8.2.2 模建結構的輸出與分析 179
8.2.3 利用SWISS-PDBViewer軟體比對分析目標與模板結構 182
8.3 分子動力學模擬 185
8.3.1 分子動力學簡述 185
8.3.2 分子動力學模擬的重要性 186
8.3.3 分子動力學模擬的基本概念 187
8.3.4 分子動力學模擬軟體 190
8.3.5 利用NAMD進行分子動力學模擬與分析 191
第9章 Origin數據分析與圖表繪製軟體 205
9.1 軟體概述 205
9.1.1 軟體界面 205
9.1.2 選單欄 206
9.2 數據管理 208
9.2.1 數據的輸入 208
9.2.2 數據計算與格式設定 209
9.3 圖表的繪製 210
9.3.1 數據工具列 210
9.3.2 二維圖表的繪製 211
9.3.3 圖表的編輯與修飾 211
9.3.4 多圖層圖表的繪製 212
9.3.5 圖表中多個坐標軸的創建 215
9.3.6 三維圖表的繪製 220
9.4 數據分析與非線性擬合 223
9.4.1 實驗數據的統計分析 223
9.4.2 圖表中數據誤差分布的標註 225
9.4.3 實驗數據的曲線擬合分析 226
第10章 Reference Manager參考文獻管理軟體 233
10.1 軟體概述 233
10.1.1 RM主要功能 234
10.1.2 線上幫助 234
10.1.3 資料庫的容量 234
10.1.4 參考文獻的類型 234
10.2 RM資料庫的瀏覽與編輯 234
10.2.1 打開Sample資料庫 234
10.2.2 自定義參考文獻的列表顯示 235
10.2.3 資料庫間參考文獻的操作 236
10.3 RM資料庫的建立 236
10.3.1 網際網路文獻資料庫的檢索輸入 237
10.3.2 參考文獻的批量輸入 238
10.3.3 文獻記錄的插入與編輯 239
10.3.4 拼寫檢查與文獻校對 241
10.4 資料庫的檢索 241
10.4.1 檢索策略的建立 241
10.4.2 檢索流程 241
10.5 同義詞組的管理與使用 242
10.5.1 詞組的編輯 242
10.5.2 同義詞的建立 243
10.5.3 期刊雜誌列表的複製 244
10.5.4 利用同義詞組檢索參考文獻 244
10.6 在字處理程式中建立參考文獻列表目錄 245
10.6.1 Word字處理程式中的 RM工具列 245
10.6.2 利用RM在論文寫作中引用文獻 246
10.6.3 參考文獻引用及列表格式的生成 247
參考文獻 251
