《引入二級結構信息的RNA序列快速比對》是依託北京理工大學，由宋丹丹擔任項目負責人的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名：引入二級結構信息的RNA序列快速比對
- 依託單位：北京理工大學
- 項目負責人：宋丹丹
- 項目類別：青年科學基金項目
- 負責人職稱：教授
- 申請代碼：F0213
- 研究期限：2011-01-01 至 2011-12-31
- 批准號：61003168
- 支持經費：7（萬元）
項目摘要
RNA是一種種類多樣且具有重要功能的生物大分子。在後基因組時代中，RNA比對是RNA新個體及功能發現的基礎，對基因定位、功能確定、疾病診斷、藥物研製等起關鍵作用。本項目研究引入二級結構信息的RNA序列快速比對，包括基於螺旋區組合的二級結構輪廓快速預測算法、基於圖匹配的結構輪廓間快速比對算法、基於匹配結果的結構精細預測及比對算法等。根據RNA序列變異快而通過保守的二級結構來行使功能的特點，通過二級結構輪廓的定義與使用，解決現有的快速比對算法僅基於序列信息而不適用於RNA比對的問題；通過結構預測與比對分階段交叉進行的計算思路，解決目前融入結構信息的各類方法中，結構預測與比對先後進行的兩類方法分別受結構預測與序列比對精度的影響，而二者同時計算的方法則計算複雜度過高、無法實際套用的限制。在引入包含偽結的高精度結構信息提高比對準確度的同時，降低比對計算複雜度，滿足高速積累的RNA數據實際的比對需求。
