分子序列比對(molecular sequence alignment)是藥學術語,為2014年公布的藥學名詞。
基本介紹
- 中文名:分子序列比對
- 外文名:molecular sequence alignment
- 所屬學科:藥學
- 公布時間:2014年
分子序列比對(molecular sequence alignment)是藥學術語,為2014年公布的藥學名詞。
分子序列比對(molecular sequence alignment)是藥學術語,為2014年公布的藥學名詞。定義通過對比分析判斷兩個分子序列之間是否具有足夠相似性的方法。出處《藥學名詞》第二版。1...
全局比對是指將參與比對的兩條序列裡面的所有字元進行比對。 全局比對主要被用來尋找關係密切的序列。由於這些序列也都很易通過本地比對方法找到,現在全局比對也有些被認為只是一種技巧。另外,全局比對在套用於分子進化時也有些問題(比如domain shuffling -見下),這也限制了這種方法的可用性。局部比對 1981年,由F...
BLAST全稱Basic Local Alignment Search Tool,即基於局部序列比對算法的搜尋工具。是由美國國家生物技術信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)開發和管理的一套生物大分子一級結構序列比對程式。"BLAST"是美國國立醫學圖書館(U.S. National Library of Medicine)的註冊商標。程式可將輸入的核酸...
通過實驗室的研究(設計特異引物進行PCR擴增和序列測定)而獲得;對獲得的相關數據進行比對(pairwise alignment)或其它的數學處理,如轉變成遺傳距離數據矩陣;通過一些遺傳分析軟體(常用的計算機軟體如:PHYLIP J、PAI J、MEGA[J等)對這些處理後的數據,並基於一定的反映DNA序列進化規律的數學模型 構建分子系統樹;對構建...
多序列比對的目標是使得參與比對的序列中有儘可能多的列具有相同的字元,即,使得相同殘基的位點位於同一列,這樣以便於發現不同的序列之間的相似部分,從而推斷它們在結構和功能上的相似關係,主要用於分子進化關係,預測蛋白質的二級結構和三級結構、估計蛋白質摺疊類型的總數,基因組序列分析等。背景及意義 雙序列比對...
《分子系統發生學》可作為生物學、生物技術、生態學和生物信息學專業的本科生、研究生及科研人員學習分子系統發生學的教材或參考資料。圖書目錄 前言 第1章 系統發生學概論 第2章 系統發生分析基礎 第3章 系統樹 第4章 系統發生信息學 第5章 數據集準備與序列比對 第6章 數據集系統發生信號評估 第7章 進化模型...
46.1 序列比對 46.2 開放閱讀框分析 46.3 限制性核酸內切酶酶切位點分析 46.4 基序的查找 46.5 外顯子、內含子剪下位點分析 47.蛋白質序列分析 47.1 蛋白質的理化性質分析 47.2 蛋白質的疏水性分析 47.3 蛋白質的跨膜結構分析 47.4 信號肽的預測和識別 47.5 蛋白質的捲曲螺旋預測 47.6 ...
BLAST Basic Local Alignment Search Tool,即基於局部序列比對,並對資料庫進行快速搜尋的工具,其特點是僅搜尋序列之間高度相似區域,精確且快速,是目前套用最廣泛的序列相似性搜尋工具之一。序列相似性 指序列比對過程中查詢序列和目標序列之間相同或相似核苷酸或胺基酸殘基占全部比對核苷酸或胺基酸殘基的百分比。
《引入二級結構信息的RNA序列快速比對》是依託北京理工大學,由宋丹丹擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 RNA是一種種類多樣且具有重要功能的生物大分子。在後基因組時代中,RNA比對是RNA新個體及功能發現的基礎,對基因定位、功能確定、疾病診斷、藥物研製等起關鍵作用。本項目研究引入二級結構信息的RNA序列快速...
多重序列比對(Multiple sequence alignment;MSA)是對三個以上的生物學序列(biological sequence),如蛋白質序列、DNA序列或RNA序列所作的序列比對。一般來說,是輸入一組假定擁有演化關係的序列。簡介 從MSA的結果可推導出序列的同源性,而種系發生關係也可引導出這些序列共同的演化始祖。如圖1所示,視覺化敘述可...
《DNA和蛋白質序列數據分析工具》是2009年科學出版社出版的圖書,作者是薛慶中。內容簡介 本書共9章,內容包括:序列對比工具BLAST和ClustalX的使用、真核生物基因結構的預測分析、電子克隆、分子進化遺傳分析工具(MEGA 4)的使用等。圖書目錄 前言 第1章 序列比對工具BLAST和ClustalX的使用 1.1 序列比對BLAST 1.1....
MEGA 的全稱是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 分子進化遺傳分析。MEGA is an integrated tool for automatic and manual sequence alignment, inferring phylogenetic trees, mining web-based databases, estimating rates of molecular evolution, and testing evolutionary hypotheses. MEGA 可用於序列比對、進化樹的...
第二部分 與分子免疫學有關的生物信息學 第九章 生物信息學簡介 第十章 核酸與蛋白質資料庫 第十一章 序列比對分析 第十二章 核酸與蛋白質結構預測 第十三章 蛋白質相互作用理論模擬 第十四章 抗原表位預測 第十五章 免疫信息學 第十六章 免疫學相關重要Web網站的 第三部分 分子生物學技術 第十七章 基本分子...
生物信息學是套用先進的數據管理技術、分析模型和計算軟體對各種生物信息(特別是分子生物學信息)進行提取、存儲、處理和分析,為探索複雜生命現象及其規律提供有力的工具。面向研究生開設的課程內容包括:生物信息學的發展趨勢及其研究內容與方法;生物信息網路資源及常用的搜尋工具;雙序列比對;核酸及蛋白質資料庫等 專...
另一方面,採用候選基因關聯分析策略,進行抗逆候選基因的克隆、測序、序列比對,發掘SNPs(或Indel),並用TASSEL軟體分析候選基因序列多態性與LD水平及序列多態性與抗逆性的關聯,挖掘優異等位基因;採用Arlequin軟體進行單體型分析,發掘優異抗逆單體型。本項目的實施可發掘一批重要性狀相關聯的分子標記、等位基因及優異...
第五節 蛋白質晶片技術的套用 第六節 蛋白質晶片的現狀和發展前景 參考文獻 第十章 核酸和蛋白質序列分析軟體 第一節 翻譯和反向翻譯 第二節 序列搜尋 第三節 序列比對 第四節 DNA序列分析 第五節 蛋白質序列分析 第六節 RNA序列分析 第七節 序列分析資源列表與簡介 參考文獻 常見問題解答 ...
這4 個同源序列分別是TGA 基因家族成員,含有鹼性亮氨酸拉鏈結構(bZIP);RP1(rustresistance-like protein)基因同源基因,含LRR 結構;Xa 基因家族成員(嚴成其等,未發表)。序列比對結果顯示, 從疣粒野生稻中得到的序列與網上預測的栽培稻序列的差異較大。存在問題與展望 同源序列法與圖位克隆法和轉座子標籤...
2. 毛細管電泳:將凝膠高分子聚合物灌制於毛細管中(內徑50~100um),在高壓及較低濃度膠的條件下實現DNA片段的快速分離。是一種快速、高效、進樣量少、靈敏度高的技術,可測序列達到750bp左右。臨床套用 1. 在感染性疾病診斷上的套用 測序技術可以精確的分析鹼基序列,通過序列比對,對各種病原體直接進行鑑定、分...
4.3 全局比對與局部比對 4.4 多重序列比對 4.5 雙序列比對實踐 4.6 BioEdit進行多序列比對、編輯與美化 第5章 序列資料庫搜尋(BLAST) 5.1 BLAST算法 5.2 NCBI網站BLAST搜尋 5.3 本地BLAST 第6章 系統發育樹(Phylogenetic Tree) 6.1 分子系統發育樹的基本概念 6...
序列有指定的來源並且正確無誤(Helbig and Seibold, 1996; Hershkovitz and Lewis, 1996; Soltis et al., 1997)。序列是同源的(也就是說,所有的序列都起源於同一祖先序列);這些序列不是“paralog“(paralog指的是一個祖先序列通過複製等方法在基因組中產生的歧化序列)的混合物。序列比對中,不同序列的...
34分子數據挖掘工具123 問題與練習133 第4章序列分析134 41核酸序列分析134 42表達序列標籤分析142 43電子克隆cDNA全長序列146 44蛋白質序列分析150 問題與練習159 第5章序列比對160 51序列的相似性161 52雙序列對位排列169 53序列多重比對176 問題與練習189 第6章分子系統發生分析190 6...
16SrDNA鑑定是指用利用細菌16SrDNA序列測序的方法對細菌進行種屬鑑定。包括細菌基因組DNA提取、16SrDNA特異引物PCR擴增、擴增產物純化、DNA測序、序列比對等步驟。是一種快速獲得細菌種屬信息的方法。英文名稱是16S ribosomal DNA identification,套用有細菌種屬鑑定。細菌rRNA(核糖體RNA)按沉降係數分為3種,分別為5S、...
16 Sr dna分子序列中包含9個可變和10個恆定區,保守序列區域反映了生物物種間的親緣關係,而高變異序列區域則能體現物種間的差異。通過PCR擴增16 Sr dna並進行測序,將測序得到的16 Sr DNA序列在NCBI網站進行 BLAST比對,即可獲知與該序列同源性較高的已知序列,為菌株的分類提供依據。物質概念 16SrRNA為核糖體的RNA的...
這一步通常要整合多個資料庫, 如NCBI 的nr 庫、InterPro、COG和KEGG等, 通過序列比對進行預測基因的注釋。此外, 還可以利用一些特定功能的軟體或者資料庫進行相應的分析, 如用SignalP預測信號肽、TMHMM預測跨膜結構、ISfinder預測插入序列、VFDB預測毒力因子、Islander 資料庫查詢基因組島、MobilomeFINDER和IslandViewer...
已經發現許多蛋白的一級序列差異很大,難以通過序列比對進行分子進化的研究,但它們的空間拓撲結構仍然很相似,可以進行結構疊合比較、分析它們之間的進化關係,這表明結構比較可以比序列比較獲得更多更精確的結構信息。研究發現蛋白質結構比序列的保守性更強,進化過程中蛋白質序列可能發生變化,但它的摺疊模式更為保守,...
Clustal是一款用來比對(DNA序列)的軟體。軟體概述 可以用來發現特徵序列,進行蛋白分類,證明序列間的同源性,幫助預測新序列二級結構與三級結構,確定PCR引物,以及在分子進化分析方面均有很大幫助。Clustal包括Clustalx和Clustalw(前者是圖形化界面版本後者是命令界面),是生物信息學常用的多序列比對工具。CLUSTALW:...
片段序列與參考序列比對(mapping),尋找突變(variantcalling),以及對突變的過濾篩選。實施例2:GAS8-AS1等基因可作為乳頭狀甲狀腺癌的篩選或檢測的靶標 2.1實驗方法 該發明利用如實施例1所述的全基因組外顯子技術對91對乳頭狀甲狀腺癌患者的配對組織(甲狀腺癌組織和外周血樣本)進行靶向測序,獲取基因突變情況。...
《生物信息學》是2017年科學出版社出版的圖書,作者是蔡祿。內容簡介 本書首先介紹生物信息學的基本概念、產生與發展及主要研究內容,安排了生物學基礎、統計學習與推斷兩章內容供讀者選學;然後依次介紹生物信息學資源、序列分析與序列比對、分子系統發生分析等基本內容;接下來學習基因組信息學、生物晶片、轉錄組信息學...
生物信息學基本上只是分子生物學與信息技術(尤其是網際網路技術)的結合體。生物信息學的研究材料和結果就是各種各樣的生物學數據,其研究工具是計算機,研究方法包括對生物學數據的搜尋(收集和篩選)、處理(編輯、整理、管理和顯示)及利用(計算、模擬)。主要的研究方向有:序列比對,基因識別,基因重組,蛋白質...
統計學,包括多元統計學,是生物信息學的數學基礎之一;機率論與隨機過程理論,如隱馬爾科夫鏈模型(HMM),在生物信息學中有重要套用;其他如用於序列比對的運籌學;蛋白質空間結構預測和分子對接研究中採用的最最佳化理論;研究DNA超螺旋結構的拓撲學;研究遺傳密碼和DNA序列的對稱性方面的群論等等。總之,各種數學理論或...