《生物信息學基礎教程》是2015年2月6日高等教育出版社出版的教材，作者是張洛欣、馬斌.
基本介紹
- 中文名：生物信息學基礎教程
- 作者：張洛欣、馬斌
- 出版社：高等教育出版社
- ISBN： 9787040418255
- 開本：16 開
內容簡介,圖書目錄,
內容簡介
本書根據兩位作者多年的教學與科研經驗創作而成, 兼顧學科基礎和研究前沿。全書著重於生物信息學的基礎理論和主要軟體, 覆蓋該學科幾乎所有的主要方面: 雙序列的比較、快速比對和序列資料庫的查詢方法、多序列比較、DNA序列中的信號元素、分子進化樹分析、基因組重組、基因表達數據分析、RNA結構比對和預測、蛋白質學中的質譜分析、蛋白質結構預測等。書中配有大量習題, 其難易程度用星號標註, 其中的個別未解決問題特別註明, 可以作為研究生的研究課題。
本書不僅適合作為高年級本科生和研究生開設生物信息學或計算生物學的教材, 也可供希望了解生物信息理論和工具的生命科學、數學和計算機等方向的科研人員閱讀參考。
圖書目錄
前言
第一章 生物序列比對
§1.1 DNA、RNA和蛋白質
§1.2 比對: 序列比較的模型
§1.3 比對圖
§1.4 比對的記分法則
§1.5 全序列比對: 動態規划算法
§1.6 局部比對: Smith-Waterman 算法
§1.7 最優占用空間的比對算法
§1.8 比對蛋白質序列所使用的打分矩陣
參考文獻
練習題
第二章 快速比對方法
§2.1 同源序列查詢和資料庫搜尋
§2.2 序列中的字分布
§2.3 字匹配的散列表方法
§2.4 點陣法
§2.5 程式
§2.6 BLAST 程式
§2.7 散核方法
參考文獻
練習題
第三章 多序列比對
§3.1 為什麼需要比對多個生物序列?
§3.2 模體、譜、共識序列
§3.3 Logo: 一個序列保守區域的可視化方法
§3.4 多序列比對的SP 分數
§3.5 多序列比對的複雜性
§3.6 漸進式比對
§3.7 近似算法
§3.8 多序列比對實用程式
§3.9基因組的比對
參考文獻
練習題
第四章 隱馬爾可夫模型及基因序列的識別
§4.1 隱馬爾可夫模型
§4.2 基本算法
§4.3 蛋白質簇的隱馬爾可夫鏈模型
§4.4 GENSCAN: 預測人基因組中的全基因結構程式
參考文獻
練習題
第五章 分子進化樹分析
§5.1 達爾文的進化樹
§5.2 進化樹的數學性質
§5.3 構建分子進化樹I: Parsimony 方法
§5.4 構建分子進化樹II: 基於距離的方法
§5.5 構建分子進化樹III: 最大似然法和貝葉斯方法
§5.6 構建分子進化樹的兩個實際問題
§5.7 祖先狀態的推斷
§5.8 基因樹和物種樹的融合
參考文獻
練習題
第六章 計算蛋白質組學
§6.1 基礎知識
§6.2 肽從頭測序
§6.3 搜庫及其統計學驗證
§6.4 翻譯後修飾
§6.5 其他研究課題
參考文獻
練習題
索引
英漢術語對照
著作權
