基因組信息學實踐教程

內容簡介

高通量測序技術的飛速發展，極大地降低了基因組研究的時間和成本。該技術也因此在生命科學研究中得到了極大的推廣與運用，並迅速地產生海量的基因組數據。這些海量的基因組數據涵蓋了各種生物遺傳信息，由此引發了由數據驅動的革命，包括比較基因組學和個性化藥物等，進而對基礎生物學和生物醫學轉化研究產生了深遠影響。基因組學（Genomics）這門學科亦應運而生，它是一個跨學科的生物學領域，專注於基因組的結構、功能、進化、作圖和編輯。“基因組信息學”這門課程就是針對這門學科面向生物信息學專業本科學生而開設的。

圖書目錄

緒論

第一篇基礎實踐

項目1 基因組測序模擬

項目2 序列組裝

項目3 基因組注釋之同源基因搜尋

項目4 基因組注釋之從頭預測與基因結構建模

項目5 基因組注釋之DNA元件預測

項目6 基因組數據可視化

第二篇擴展實踐

項目1 高通量測序平台及模擬工具的對比

項目2 基因組序列組裝軟體的對比

項目3 RNA-Seq數據從頭組裝軟體的對比

項目4 從頭計算預測基因軟體的比較

項目5 基於轉錄組數據的新基因和轉錄變異體的發現

項目6 基因轉錄調控分析

項目7 基因組測序可視化工具的對比

第三篇綜合實踐

項目1 基因組測序模擬的編程實現

項目2 同源基因搜尋指導的基因結構預測

項目3 基於RNA-Seq數據的基因組注釋

項目4 基於多重數據源的基因結構特徵訓練和套用

項目5 基因結構特徵模型參數的編程實踐

項目6 多重證據聯合的基因結構建模

項目7 轉錄因子調控機制分析

其他綜合實踐構想

第四篇常用軟體使用手冊

1．ART

2．Augustus

3．BamTools

4．BCFtools

5．bedtools

6．Bowtie2

7．FastQC

8．GFF格式處理工具

9．NCBI BLAST

10．NCBI SRA Toolkit

11．QUAST

12．Samtools

13．SOAPdenovo

14．Trimmomatic

15．Trinity

16．檔案格式轉換工具

附錄

附錄1 基因組坐標體系

附錄2 常用數據格式

參考文獻

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