《HPV陰性宮頸癌相關基因的篩選、驗證和功能分析》是依託深圳大學，由劉韌擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名：HPV陰性宮頸癌相關基因的篩選、驗證和功能分析
- 項目類別：面上項目
- 項目負責人：劉韌
- 依託單位：深圳大學
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
宮頸癌產生的主要原因是HPV感染，通過HPV 檢測與相應治療可預防宮頸癌侵襲及與之相關死亡事件，因此宮頸癌有望成為人類歷史上第一個被消滅的腫瘤。已有文獻報導HPV陰性宮頸癌約占總病例的3-5%，但尚無關於HPV陰性宮頸癌的深入研究。我們前期研究已確認10例HPV陰性宮頸癌，並已完成癌與正常組織的全基因組測序，基於其中3對測序數據的分析結果，我們發現了與HPV陽性宮頸癌不完全一樣的致癌基因組變異。據此我們推測HPV陰性宮頸癌可能存在非病毒致癌機制。本項目擬以我們研發的分析軟體分析已完成測序的其它7對HPV陰性宮頸癌，篩選與HPV陰性宮頸癌相關的變異，再與文獻報導的HPV陽性宮頸癌相關變異進行差異分析，基於貝葉斯模型鑑定出候選致病基因並在擴大樣本中進行結構分析與功能驗證，明確候選基因及其相關信號通路變化與宮頸癌患者預後的相關性。本項目的研究將為HPV陰性宮頸癌的早期診斷及分子分型提供實驗依據。
結題摘要
宮頸癌產生的主要原因是HPV感染，通過HPV 檢測與相應治療可預防宮頸癌侵襲及與之相關死亡事件，因此宮頸癌有望成為人類歷史上第一個被消滅的腫瘤。已有文獻報導HPV陰性宮頸癌約占總病例的3-5%，但尚無關於HPV陰性宮頸癌的深入研究。 通過與四家醫院的合作，採集宮頸癌樣本（宮頸脫落細胞、病理切片、外周血），與患者簽訂知情同意書。在反覆比較檢測方法的基礎上，確定了本項目的樣本檢測流程並最終確定了4例HPV陰性宮頸癌樣本，並進行了全基因組測序。 為了與HPV陽性宮頸癌進行比對，我們對5對陽性樣本（組織樣本及外周血）進行了全基因組測序。就目前的信息分析結果看，尚未發現陰性樣本和陽性樣本之間的突變位點差異。 通過與臨床醫生的緊密高效合作，我們對1例HPV陰性的宮頸癌新鮮組織樣本及外周血進行了全基因組測序，獲得了高質量的測序數據，國內外文獻尚未報導過。相對石蠟包埋的病理組織，新鮮組織樣本的測序數據覆蓋度高、數據質量好，對確認HPV是否真正陰性起到了關鍵作用。 在HC-II和質譜確定為HPV陰性的樣本中，我們採用全基因組測序，仍然檢出HPV，表現為低拷貝游離病毒、游離病毒+整合病毒、整合病毒。這些檢出的HPV病毒。除了常見的基因型別，還有罕見型別，比如HPV26、HPV10，豐富並補充了HPV感染導致腫瘤的基礎研究。 採用全基因組測序檢出的HPV常見型別，比如HPV16，在陽性樣本中病毒序列的覆蓋度高，幾乎完整覆蓋；而在陰性樣本中病毒序列的覆蓋度不高，中間一段甚至檢測不到覆蓋。這是一個有趣的現象，儘管我們目前還不能解釋。 從本項目的研究過程及國內外近年的技術發展來看，我們可以推測，在基因測序的成本降低到一定程度，對於臨床初篩的HPV陰性宮頸癌，全基因組測序的方法是最終的確認方案，在這一標準下各實驗室之間的研究才有交流的可能性。在積累一定數量的HPV陰性樣本數據之後，才有可能找到非病毒因素的腫瘤發病原因。
