農業專項資金審計是對農業企業專項資金的取得、使用和管理的合理性、合規性及有效性的審核、稽查。其特點：(1) 農業生產的特點決定了季節性增資的需要，其專項資金一般不在銀行開設專戶，暫時不用的專項資金可以參加生產流動資金周轉，但應定期歸口。因此，對農業企業是否貫徹專款專用原則進行審查、分析與評價時，必須將專項資金的來源和占用，與生產流動資金的來源和占用結合起來考慮。(2) 農業企業專項資金的提取、撥入、借入、結轉和動用，與生產業務和基本建設業務有聯繫，在審計其合理性、合規性時，必須從專用基金、專用撥款、專用借款三項來源及其占用各帳戶，與生產和基本建設業務有關帳戶的對應關係中一一考慮，必要時要追溯審查有關記帳憑證和原始憑證，查明其提取是否合規，結轉的比例是否符合財政部門和農業主管部門有關規定，動用是否按批准的計畫進行，其經濟效益如何。(3) 農業企業大多地處農村或邊疆，專項資金的使用不僅涉及農業企業生產建設和職工生活，還關係到公安、政法、國防等重要方面，審計人員應重點審查包乾結餘資金的分配是否嚴格執行上級規定的使用範圍和比例。(4) 企業為了開展多種經營，發展商品生產，可以從財政部門取得支農周轉金借款，從銀行取得種養業投資性借款、技術改造借款和大修理借款，審計上述各項借款時，重點審查各項借款是否按專門用途使用，是否按財政部門和銀行的規定還本付息，償還借款的資金來源是否合規。
基本介紹
主要內容,主要程式,依據,現狀,
主要內容
農業專項資金審計的主要內容：
主要程式
農業專項資金審計的主要程式：
(一)全國農業系統的農業專項資金審計由審計署駐農業部審計局列入年度審計項目計畫，經審計署批准，農業部下達審計任務。地方農業主管部門根據農業部和上級主管部門下達的任務，擬定本部門專項資金審計工作計畫，制定工作方案，發出審計通知書，培訓審計人員，派出審計組，實施審計監督工作。
(四)評價資金使用效益，對審計中發現的問題提出處理意見和改進建議。
(五)審計終結出具審計報告。審計報告內容應當真實、客觀、公正，全面反映專項資金到位情況、項目建設情況、資金使用效果和審計處理意見等，不得隱瞞或虛報。審計報告須徵求被審單位意見。
(六)被審單位必須執行經批准的審計意見書和審計決定。對審計意見書或審計決定如有異議，可在10日內將其書面意見送交負責專項資金審計的主管部門，主管部門領導應及時進行處理，在規定時間內作出是否複審的決定。
(七)審計機構要對審計查出問題較多的單位，在下達審計意見書或審計決定後對其實施後續(跟蹤)審計，檢查採納審計意見和執行審計決定的情況，並將結果報本級人民政府、主管部門和審計機關。
依據
農業專項資金審計的依據：
(一)國家的法律、法規、政策。
(二)農業部、地方人民政府和主管部門在法定許可權範圍內制定的各項規章制度。
現狀
(一)農業專項資金審計查實的三大問題
1.項目立項不科學
受不當政績觀的影響，一些地方政府領導在農業項目立項上，不能科學、客觀地分析當地自然條件、市場實際和項目的效益情況，一味地爭取資金，盲目申報建設項目。項目資金到位前，不做項目的可行性分析，項目資金到位後，不進行資金使用規劃而盲目上馬，項目建成後不能發揮其應有的效益，造成資金的損失浪費。
2.配套資金不到位
國家在下達項目計畫時，均要求地方財政予以一定比例的配套資金，而且往往規定若地方不配套，就不能立項。地方政府和有關部門，為了得到項目，就承諾配套，而在實際執行過程中配套資金大部分不足。特別是一些貧困和欠發達地區，由於自身財力困難，對於應予配套的農業專項資金更是無法落實，只能採取作假賬或“拆東牆補西牆”的辦法瞞哄上級檢查。由於配套資金的不足，導致項目實施後常常不能全面完成，形成“鬍子工程”、“半拉子工程”。
3.使用管理不規範
一是項目點多面廣，資金嚴重分散，使用管理中政出多門，受部門分割條條管理和專款專用制度的制約，地方在支農資金的使用中很難有效整合，致使地方政府難以集中財力解決“三農”事業發展方面面臨的突出問題，影響支農資金更大效益的發揮。二是由於農業專項資金具有無償性，個別單位和主管部門領導法律意識淡薄，忽視國家專項資金的嚴肅性，只考慮自身利益、地方利益和小團體利益，擅自製定資金管理政策和辦法，隨意開口子，達不到預期目標，使農業專項資金不能有效到位，項目得不到完整有效地實施。三是一些農業專項資金未按計畫進行管理，項目執行和資金撥付滯後，甚至被任意截留、擠占、挪用。四是一些主管部門(單位)受部門利益驅動和缺乏責任心，在支農項目實施過程中，仍存在變相增加農民負擔，損害農民利益的行為。
(二)農業專項資金審計的三大難點
1.審計深度、廣度不易把握
