《國家農業綜合開發資金和項目管理辦法》於2005年8月22日中華人民共和國財政部令第29號公布；根據2010年9月4日《財政部關於修改〈國家農業綜合開發資金和項目管理辦法〉的決定》（中華人民共和國財政部令第60號）修訂。該《辦法》分總則、扶持重點、資金管理、項目管理、附則5章61條，自2005年10月1日起施行。2005年8月22日財政部令第 29 號發布的《國家農業綜合開發項目和資金管理辦法》同時廢止。
基本介紹
- 中文名：國家農業綜合開發資金和項目管理辦法
- 類型：管理辦法
- 發布機構：財政部
- 實施時間：二〇一〇年九月四日
修訂通知,84號全文,修訂解讀,修訂解答,背景過程,修訂內容,監督內容,
修訂通知
中華人民共和國財政部令第84號
國家農業綜合開發資金和項目管理辦法
國家農業綜合開發資金和項目管理辦法
財政部對《國家農業綜合開發資金和項目管理辦法》（財政部令第29號、第60號）進行了修訂，修訂後的《國家農業綜合開發資金和項目管理辦法》已經部務會議審議通過，現予公布，自2017年1月1日起施行。
部長 樓繼偉
2016年9月6日
2016年9月6日
84號全文
國家農業綜合開發資金和項目管理辦法
第一章 總則
第一條 為了規範國家農業綜合開發資金和項目管理，保證資金安全有效和項目順利實施，根據《中華人民共和國預算法》（以下簡稱預算法）等法律、行政法規和國家有關規定，制定本辦法。
第二條 本辦法所稱農業綜合開發是指中央政府為支持農業發展，改善農業生產基本條件，最佳化農業和農村經濟結構，提高農業綜合生產能力和綜合效益，設立專項資金對農業資源進行綜合開發利用和保護的活動。
第三條 農業綜合開發的主要任務是加強農業基礎設施和生態建設，轉變農業發展方式，推進農村一、二、三產業融合發展，提高農業綜合生產能力，保障國家糧食安全，帶動農民增收，促進農業可持續發展和農業現代化。
第四條 農業綜合開發項目包括土地治理項目和產業化發展項目。
土地治理項目包括高標準農田建設，生態綜合治理，中型灌區節水配套改造等。
產業化發展項目包括經濟林及設施農業種植基地、養殖基地建設，農產品加工，農產品流通設施建設，農業社會化服務體系建設等。
第五條 農業綜合開發實行國家引導、民辦公助的多元投入機制，發揮市場在資源配置中的決定性作用，資金和項目管理應當遵循以下原則：
（一）因地制宜，統籌規劃；
（二）集約開發，注重效益；
（三）產業主導，突出重點；
（四）公平公開，獎優罰劣。
第六條 依照統一組織、分級管理的原則，合理劃分國家農業綜合開發辦公室（以下簡稱國家農發辦）和省、自治區、直轄市、計畫單列市、新疆生產建設兵團、黑龍江省農墾總局、廣東省農墾總局（以下統稱省）農業綜合開發機構（以下簡稱農發機構）的管理許可權和職責。
國家農發辦負責管理和指導全國農業綜合開發工作，擬訂農業綜合開發政策制度和發展規劃，管理和統籌安排中央財政農業綜合開發資金，對農業綜合開發資金和項目進行監管。
省級農發機構負責管理和指導本地區農業綜合開發工作，擬定本地區農業綜合開發具體政策和發展規劃，分配本地區農業綜合開發資金，組織開展農業綜合開發項目管理，確定本地區各級農發機構的管理職責，對本地區農業綜合開發資金和項目進行監管。
第七條 農業綜合開發主要扶持農業主產區，重點扶持糧食主產區。非農業主產區的省應當確定本地區重點扶持的農業主產縣（包括自治縣、不設區的市、市轄區、旗及農場，下同）。
第八條 農業綜合開發應當以促進農業可持續發展為目標，最佳化開發布局。對資源環境承載能力強、能夠永續利用的區域實行重點開發；對資源環境承載能力有限，但有一定恢復潛力、能夠達到生態平衡和環境再生的區域實行保護性開發，以生態綜合治理和保護為主，適度開展高標準農田建設；對資源環境承載能力較差、生態比較脆弱的區域實行限制開發，以生態環境恢復為主。
第九條 農業綜合開發以農民為受益主體，扶持對象包括專業大戶、家庭農場、農民合作組織、農村集體經濟組織以及涉農企業與單位等。
第十條 農業綜合開發實行開發縣管理。土地治理項目應當安排在開發縣。
開發縣實行總量控制、分級管理、定期評估、獎優罰劣的管理方式。
國家農發辦根據總體資金規模、各省資源稟賦、開發政策等核定各省的開發縣總數量，省級農發機構在總數量以內根據耕地面積、產業優勢、工作基礎等確定本省具體開發縣。
第二章 資金管理
第十一條 中央財政與地方財政分別承擔農業綜合開發支出責任。
中央財政根據農業綜合開發工作的目標和任務在年度預算中安排必要的資金用於農業綜合開發。
地方各級財政投入資金應當列入同級政府年度預算。
第十二條 中央財政農業綜合開發資金分配主要採取因素法，分配因素包括基礎資源因素、工作績效因素和其他因素，其中以基礎資源因素為主。
基礎資源因素包括耕地面積、高標準農田建設規劃任務、糧食及棉花糖料等大宗農產品產量、水資源等基礎數據；工作績效因素包括資金管理、項目管理、綜合管理、監督管理等工作情況；其他因素主要包括特定的農業發展戰略要求、政策創新情況等。
財政部可以根據年度農業綜合開發工作任務重點，適當調整每年分配資金選擇的具體因素和權重。
第十三條 農業綜合開發可以採取補助、貼息等多種形式，吸引社會資金，增加農業綜合開發投入。
第十四條 國家農發辦根據農業綜合開發項目的類型和扶持對象規定項目自籌資金的投入比例。
鼓勵土地治理項目所在地的農村集體和農民以籌資投勞的形式進行投入。
第十五條 農業綜合開發財政資金投入以土地治理項目為重點。省級農發機構根據國家農發辦的規定和本省資源狀況和經濟發展要求確定本省土地治理項目和產業化發展項目的投入比例。
第十六條 農業綜合開發財政資金應當用於以下建設內容：
（一）農田水利工程建設；
（二）土地平整、土壤改良；
（三）田間道路建設；
（四）防護林營造；
（五）牧區草場改良；
（六）優良品種、先進技術推廣；
（七）種植、養殖基地建設；
（八）農業生產、農產品加工設備購置和廠房建設；
（九）農產品儲運保鮮、批發市場等流通設施建設；
（十）農業社會化服務體系建設；
（十一）國家農發辦規定的其他內容。
第十七條 農業綜合開發財政資金的支出範圍包括：
（一）項目建設所需的材料、設備購置及施工支出；
（二）項目可行性研究、初步設計（實施方案）編制、環境影響評價、勘察設計、工程預決算審計等支出；
（三）工程監理費；
（四）科技推廣費；
（五）項目管理費；
（六）土地治理項目工程管護費；
（七）貸款貼息；
（八）國家農發辦規定的其他費用。
第十八條 本辦法第十七條中規定的項目管理費由縣級農發機構按土地治理項目財政投入資金的一定比例提取使用，財政投入資金1500萬元以下的按不高於3%提取；超過1500萬元的，其超過部分按不高於1%提取。
項目管理費主要用於農業綜合開發項目實地考察、評審、檢查驗收、宣傳培訓、工程招標、信息化建設、工程實施監管、績效評價、資金和項目公示等項目管理方面的支出。
省級、設區的市級農發機構項目管理經費由本級政府預算安排，不得另外提取。
第十九條 農業綜合開發財政資金應當嚴格執行國家有關農業綜合開發財務、會計制度，實行專人管理、專賬核算、專款專用。
第二十條 各級財政部門應當根據法律、行政法規和財政部的有關規定，及時、足額地撥付資金，加強管理和監督。
第二十一條 農業綜合開發項目財政資金支付實行縣級報賬制，按照國庫集中支付制度的有關規定執行。
土地治理項目實施單位要嚴格按照規定的程式和要求辦理報賬。縣級財政部門應當根據已批准的年度項目實施計畫和工程建設進度情況，及時、足額地予以報賬，並根據項目竣工決算進行清算。
產業化發展項目，縣級財政部門應當在項目完成至少過半後辦理報賬，並在項目完工驗收後根據驗收確認意見及時、足額支付財政資金。
第二十二條 農業綜合開發項目結餘資金應當按照規定收回同級財政。
第三章 項目管理
第二十三條 農業綜合開發項目的前期準備是指項目申報前的準備工作，包括制定開發規劃、建立項目庫、編制項目可行性研究報告等。前期準備工作應當做到常態化、規範化。
第二十四條 地方各級農發機構應當根據國家農業綜合開發政策和本地區經濟社會發展中長期規劃，編制農業綜合開發規劃及階段性開發方案。
第二十五條 國家農發辦應當適時公布下一年度農業綜合開發扶持政策和重點。
第二十六條 地方各級農發機構根據國家農業綜合開發扶持政策、扶持重點和本地區農業綜合開發規劃及階段性開發方案，建立項目庫，並實行動態管理。
第二十七條 納入項目庫的項目應當有項目建議書。項目建議書的主要內容包括項目建設的必要性、建設單位基本情況、建設地點、建設條件、建設方案、投資估算及來源、效益預測等。
第二十八條 項目申報單位向當地農發機構申報下一年度項目時，應當提交項目申請和項目可行性研究報告等材料，並對申報材料的真實性負責。
可行性研究報告應當根據項目類型的要求編制，其主要內容包括：項目建設背景和必要性，申報單位基本情況，建設地點、現狀與建設條件，產品方案、建設規模與工藝技術方案，建設布局與建設內容，組織實施與運營管理，投資估算與資金籌措，環境影響分析，綜合效益評價以及必要的附屬檔案等。
產業化發展項目申報單位可以將可行性研究報告與項目建議書合併編制，並向當地農發機構提交。
第二十九條 項目申報單位申報的項目應當滿足以下條件：
（一）土地治理項目應當符合相關規劃，有明確的區域範圍，水源有保證，灌排骨幹工程建設條件基本具備；地塊相對集中連片，治理後能有效改善生產條件或生態環境；當地政府和農民民眾積極性高。
（二）產業化發展項目應當符合產業政策和行業發展規劃；資源優勢突出，區域特色明顯；市場潛力大、示範帶動作用強、預期效益好；項目建設符合生態環境保護和資源節約利用要求。
第三十條 省級農發機構負責組織評審本地區申報的農業綜合開發項目。
省級農發機構根據本地區實際情況可以下放項目評審許可權。
項目評審應當以有關法律法規、行業標準和農業綜合開發政策為依據，對申報項目建設必要性、技術可行性和經濟合理性進行評估和審查，為項目確立提供決策依據。
第三十一條 在評審可行的基礎上，由負責組織評審的農發機構根據資金額度，擇優確定擬扶持項目和資金數額。項目原則上一年一定。
負責組織評審的農發機構應當將擬扶持的項目及資金數額通過網際網路等媒介向社會公示，涉及國家秘密的內容除外。公示期一般不少於7日。
第三十二條 擬扶持項目確定後，項目實施單位應當組織編制初步設計（實施方案），主要內容包括：項目總體設計，主要建築物設計，機械、設備及儀器購置計畫，配套設施設計，工程概算，項目建設組織與管理，項目區現狀圖和工程設計圖等。
土地治理項目初步設計（實施方案）由省級或者設區的市級農發機構負責組織審定。
產業化發展項目初步設計（實施方案）由項目實施單位自行審定後報縣級農發機構備案。對於不涉及工程建設內容的產業化發展項目，初步設計（實施方案）可根據具體情況由評審通過的可行性研究報告或者項目建議書替代。
第三十三條 地方各級農發機構應當根據擬扶持項目初步設計（實施方案）的審定或者備案情況，編制、匯總農業綜合開發年度項目實施計畫。
省級農發機構負責批覆本地區農業綜合開發年度項目實施計畫，並報國家農發辦備案,同時抄送財政部駐當地財政監察專員辦事處（以下簡稱專員辦）。
地方各級農發機構應當按照年度項目實施計畫開展項目實施、檢查驗收工作。
第三十四條 農業綜合開發項目應當推行項目法人制。土地治理項目按照國家有關招標投標、政府採購、工程監理、資金和項目公示等規定執行；產業化發展項目由項目實施單位自行實施，並實行資金和項目公示制。
第三十五條 項目實施單位應當按照初步設計（實施方案）組織實施項目，按期建成並達到項目的建設標準。
農業綜合開發項目建設期一般為1-2年。
第三十六條 年度項目實施計畫必須嚴格執行，不得擅自調整或終止。確需進行調整或終止的，由省級農發機構負責批覆，省級農發機構可以適當下放項目調整的批覆許可權。
前款所稱項目調整是指項目建設內容、建設地點和建設期限發生變化。
終止項目和省級農發機構批覆調整的項目應當報國家農發辦備案。
第三十七條 土地治理項目竣工後，項目實施單位應當逐項檢查初步設計（實施方案）完成情況，及時編報項目竣工決算，做好項目竣工驗收前的準備工作。
項目竣工決算審批管理職責和程式要求，由省級財政部門確定。
第三十八條 土地治理項目由省級或者設區的市級農發機構組織驗收。驗收的主要內容包括執行國家農業綜合開發規章制度情況、項目建設任務完成情況、主要工程建設的質量情況、資金到位和使用情況、工程運行管理和文檔管理情況等。
產業化發展項目由縣級農發機構組織驗收。驗收時，縣級農發機構應當進行實地核查，確認項目完成情況。
第三十九條 土地治理項目實施單位應當依照《基本建設財務規則》（財政部令第81號）有關資產交付管理的規定及時辦理資產交付，並根據資產交付情況明確管護主體。
土地治理項目管護主體應當建立健全各項運行管護制度，明確管護責任、管護內容和管護要求，保證項目工程在設計使用期限內正常運行。
第四十條 省級農發機構應當按規定時限向國家農發辦報送上年度項目實施計畫完成情況，同時抄送財政部駐當地專員辦。
第四十一條 對財政資金投入較少的項目和貼息項目，省級農發機構可以簡化有關項目申報、初步設計（實施方案）、項目調整、項目驗收、資金報賬等方面的程式和要求。
第四章 監督管理
第四十二條 各級農發機構應當按照預算法、《中華人民共和國政府信息公開條例》等有關規定，公開農業綜合開發項目立項政策、申請條件、提交申請材料目錄、評審標準、程式和結果等情況，接受社會監督。
第四十三條 各級農發機構應當制定、實施內部控制制度，對農業綜合開發資金和項目管理風險進行預防和控制。
第四十四條 各級財政部門和各級農發機構應當加強對農業綜合開發資金和項目的預算績效管理。
國家農發辦採取直接組織或委託第三方的方式，對各省的農業綜合開發資金和項目開展績效評價和進行監督檢查。
地方各級農發機構應當定期對本地區農業綜合開發資金和項目開展績效評價，加強事前、事中、事後的監督檢查，發現問題及時糾正。
第四十五條 財政部駐各地專員辦應當按照工作職責和財政部要求，開展農業綜合開發資金有關預算監管工作。
第四十六條 監督檢查、績效評價和預算執行監管結果應當作為分配農業綜合開發資金的重要參考。
第四十七條 農業綜合開發財政資金使用中存在違法違規行為的，各級財政部門應當按照預算法和《財政違法行為處罰處分條例》等國家有關規定追究法律責任。
農業綜合開發項目實施過程中發現存在嚴重違法違規問題的，地方各級農發機構應當及時終止項目。
第四十八條 對存在嚴重違法違規問題的農業綜合開發縣，省級以上農發機構應當暫停或取消其開發縣資格。
第四十九條 各級農發機構應當積極配合審計部門、財政部門的審計和監督檢查，對發現的問題及時整改。
第五章 附則
第五十條 省級農發機構應當根據本辦法，結合本地區的實際情況，制訂具體實施辦法，報財政部備案,並抄送財政部駐當地專員辦。
第五十一條 中央有關部門農業綜合開發資金和項目管理參照本辦法執行。
農業綜合開發利用國際金融組織及外國政府貸款贈款項目管理辦法另行制定。
國家對涉農資金統籌整合使用另有規定的，依照其規定。
第五十二條 本辦法自2017年1月1日起施行。財政部發布的《國家農業綜合開發資金和項目管理辦法》（財政部令第29號）和《財政部關於修改〈國家農業綜合開發資金和項目管理辦法〉的決定》（財政部令第60號）同時廢止。
修訂解讀
權力下放 強化監管——聚焦新修訂的《國家農業綜合開發資金和項目管理辦法》
日前，財政部對已經施行了11年之久的《國家農業綜合開發資金和項目管理辦法》進行了一次較大調整，並於近日正式頒布，修訂後的《管理辦法》自2017年1月1日起施行。
財政部?>國家農業綜合開發辦公室主任盧貴敏在接受記者採訪時表示，修訂後的《國家農業綜合開發資金和項目管理辦法》，按照國務院“簡政放權、放管結合、最佳化服務”的改革要求，下放了農業綜合開發項目審批許可權，把項目的審批、評審、驗收、調整等許可權下放到省里。國家農發辦相應地將管理重心轉變為從巨觀與制度層面對全國農業綜合開發進行管理，同時強化監督檢查和績效管理。
政策調整 勢在必行
據了解，原來的《管理辦法》於2005年開始施行，曾於2010年進行過部分修訂。辦法施行10多年以來，有力地推動了農業綜合開發工作法治化進程，強化了資金與項目的科學化、規範化管理，為推進農業綜合開發事業持續健康發展提供了制度保障。
但隨著時間的推移、形勢的變化，問題相伴而生——
據盧貴敏主任介紹，黨的十八大以來，我國經濟發展進入新常態，農業綜合開發工作的內外部環境發生了重大變化，各項改革不斷深化，對農業綜合開發工作提出了更高的要求。為主動適應農業農村發展新階段面臨的新形勢、新變化，把握“三農”工作和財政改革發展的新要求，在“四化”同步發展戰略中找準工作的突破口和著力點，近些年來農業綜合開發不斷完善政策，推進改革創新，有必要對管理辦法作出較大的調整。
一是積極落實“簡政放權、放管結合、最佳化服務”的改革要求。根據2015年5月國務院常務會議審議通過的非行政許可審批事項清理工作意見，將農業綜合開發項目審批調整為需要進一步改革和規範的其他權力事項，不再作為行政審批事項。
二是大力促進農業可持續發展和推進農業現代化的客觀要求。貫徹落實黨中央、國務院關於“三農”工作的決策部署，明確農業綜合開發以促進農業可持續發展和推進農業現代化為目標，加強農業基礎設施建設特別是大力建設高標準農田，積極扶持新型農業經營主體，打造農業優勢特色產業集群，促進農村一二三產業融合發展，有效提高農業的競爭力。
三是順應財政管理改革發展的現實需要。貫徹落實預算法和《國務院關於改革和完善中央對地方轉移支付制度的意見》的要求，進一步完善農業綜合開發的預算管理，積極支持和參與財政涉農資金統籌整合使用，取消限制資金統籌整合使用的相關規定。圍繞財政部駐各地專員辦業務嵌入預算編制、預算執行、決算管理等財政主體業務的職能轉型需要，明確農業綜合開發資金接受當地專員辦的預算監管。
政策調整，勢在必行。因此，為了維護《管理辦法》的權威性、時效性和前瞻性，在總結實踐工作和試點經驗的基礎上，財政部對《管理辦法》進行了修訂。
修訂解答
背景過程
2005年財政部以財政部令第29號公布了《國家農業綜合開發資金和項目管理辦法》，並於2010年以財政部令第60號《財政部關於修改〈國家農業綜合開發資金和項目管理辦法〉的決定》對該辦法進行了部分修訂。原《管理辦法》施行10多年以來，有力地推動了農業綜合開發工作法治化進程，強化了資金與項目的科學化、規範化管理，為推進農業綜合開發事業持續健康發展提供了制度保障。
黨的十八大以來，我國經濟發展進入新常態，農業綜合開發工作的內外部環境發生了重大變化，各項改革不斷深化，對農業綜合開發工作提出了更高的要求。為主動適應農業農村發展新階段面臨的新形勢、新變化，把握“三農”工作和財政改革發展的新要求，在“四化”同步發展戰略中找準工作的突破口和著力點，近些年來農業綜合開發不斷完善政策，推進改革創新,有必要對管理辦法作出較大的調整。
一是積極落實“簡政放權、放管結合、最佳化服務”的改革要求。根據2015年5月國務院常務會議審議通過的非行政許可審批事項清理工作意見，將農業綜合開發項目審批調整為需要進一步改革和規範的其他權力事項，不再作為行政審批事項。同時，加快轉變管理職能，充分發揮市場在資源配置中的決定性作用，強化項目實施單位的自主管理責任。
二是大力促進農業可持續發展和推進農業現代化的客觀要求。貫徹落實黨中央、國務院關於“三農”的決策部署，明確農業綜合開發以促進農業可持續發展和推進農業現代化為目標，加強農業基礎設施建設特別是大力建設高標準農田，積極扶持新型農業經營主體，打造農業優勢特色產業集群，促進農村一二三產業融合發展，有效提高農業的競爭力。
三是順應財政管理改革發展的現實需要。貫徹落實新預算法和《國務院關於改革和完善中央對地方轉移支付制度的意見》（國發〔2014〕71號）的要求，進一步完善農業綜合開發的預算管理，積極支持和參與財政涉農資金統籌整合使用，取消限制資金統籌整合使用的相關規定。圍繞財政部駐各地專員辦業務嵌入預算編制、預算執行、決算管理等財政主體業務的職能轉型需要，明確農業綜合開發資金接受當地專員辦的預算監管。
基於以上考慮，在總結實踐工作和改革經驗的基礎上，財政部將修訂原《管理辦法》列入財政立法工作計畫，並於2015年3月初啟動修訂工作。修訂工作啟動後，先後赴部分省進行了專題調研，了解原《管理辦法》在地方的執行情況，充分聽取基層農發機構的意見建議；徵求國家農業綜合開發聯席會議成員單位和部內有關司局的意見，於2015年底形成了修訂送審稿。2016年1月，在對修訂送審稿從立法技術上進行修改和完善後，形成了修訂徵求意見稿，書面徵求國家農業綜合開發聯席會議成員單位、中央有關部門和單位、地方農發機構和財政部門的意見，並按照國務院有關立法工作要求，在國務院法制辦“中國政府法制信息網”和財政部網站公布，向社會公開徵求意見。2016年4月，邀請專家和部分省財政法制、農業綜合開發工作人員對修訂後的徵求意見稿進行研討論證。根據各方反饋的意見對徵求意見稿的合法性、合規性、合理性和立法技術進行了審查、修改、完善，形成了修訂草案，報財政部部務會審議通過後，最終形成新的《管理辦法》。2016年9月6日，新《管理辦法》以財政部令第84號正式發布。
修訂內容
修訂後的新《管理辦法》條款由61條減至52條，刪除了第二章“扶持重點”，增加了第四章“監督管理”。新《管理辦法》共五章，分別為總則、資金管理、項目管理、監督管理和附則。修訂的主要內容有：
一是進一步明確農業綜合開發工作的主要任務。根據黨中央、國務院關於“三農”決策部署和財政改革發展要求，新《管理辦法》進一步明確了新時期農業綜合開發工作的主要任務，增加了轉變農業發展方式，推進農村一二三產業融合發展，促進農業可持續發展和農業現代化的要求。在此基礎上，進一步明確了農業綜合開發兩類項目的含義，簡化了對兩類項目的具體要求，以保持規章的穩定性，為未來改革留有空間。突出明確農業綜合開發應當以促進農業可持續發展為目標，新《管理辦法》增加了農業綜合開發促進農業可持續發展的有關內容。
二是進一步下放行政權力。進一步釐清和理順了中央和省級農發機構的許可權和職責。依照統一組織、分級管理的原則，新《管理辦法》合理劃分財政部國家農業綜合開發辦公室（以下簡稱國家農發辦）和省級農發機構的權責，將國家農發辦審批許可權全部下放到省級，賦予省級農發機構更大的管理自主權。在將權力下放的同時，側重加強屬地化管理和層級監管，規定省級農發機構可以適當下放項目評審、擇優確定項目、項目調整批覆的許可權，明確土地治理項目驗收由省級或者設區的市級農發機構負責，產業化發展項目由縣級農發機構組織驗收。著力簡化最佳化產業化發展項目管理模式，項目初步設計（實施方案）改為由項目實施單位自行審定後報縣級農發機構備案，不再由農發機構審定，項目由項目實施單位自行實施，實行資金和項目公示制。
三是進一步完善農業綜合開發資金管理要求和規定。按照新預算法等有關規定，明確由中央財政與地方財政分別承擔農業綜合開發支出責任；中央財政農業綜合開發資金分配主要採取因素法，分配因素包括基礎資源因素、工作績效因素和其他因素，以基礎資源因素為主，各項因素的主要內容、具體因素和權重由國家農發辦根據年度農業綜合開發工作任務重點適當調整；歸併兩類項目的資金使用範圍，調整項目管理費提取比例和列支範圍；取消對自然災害損毀工程修復資金予以適當補助的規定；進一步明確財政資金撥付要求，按照國庫集中支付制度的有關規定執行；不再具體規定省級財政資金投入比例、自籌資金投入比例、土地治理和產業化發展項目投入比例等，具體要求可在配套的規範性檔案中予以明確。
四是最佳化農業綜合開發項目管理要求和程式。按照下放權力、簡化程式的原則，新《管理辦法》明確由國家農發辦確定下一年度農業綜合開發扶持政策和重點，地方各級農發機構據此並結合本地情況建立項目庫，實行動態管理；簡化和規範項目申報和批覆的流程，明確各環節中地方各級農發機構的權責；簡化了對項目建議書、可行性研究報告、初步設計（實施方案）、調整終止年度項目實施計畫的內容和要求，對財政投入較少的項目和貼息項目，省級農發機構還可以進一步適當簡化有關程式和要求；將土地治理項目管理有關規定與基本建設財務制度進行了銜接。
五是增加農業綜合開發監督管理內容。新《管理辦法》增設“監督管理”一章，明確了信息公開、預算績效管理、監督檢查、內部控制建設、違法違規問題的處理、財政部駐各地專員辦開展有關預算監管等方面的內容。
六是與財政涉農資金統籌整合使用規定進行有機銜接。根據《關於扶持貧困縣開展統籌整合使用財政涉農資金試點的意見》（國辦發[2016]22號）取消限制資金統籌整合使用相關規定的要求，新《管理辦法》在附則中明確：“國家對涉農資金統籌整合使用另有規定的，依照其規定。”
監督內容
為貫徹落實國務院“簡政放權、放管結合、最佳化服務”的改革要求，從2015年起國家農發辦將農業綜合開發項目審批許可權全部下放至省級農發機構，不再直接管理項目，相應地將管理重心轉變為從巨觀與制度層面對全國農業綜合開發工作進行管理，同時強化監督檢查和績效管理工作。為此，新《管理辦法》整合原《管理辦法》的相關內容，適應工作職能轉變要求，增設了“監督管理”一章，主要內容有：一是明確各級農發機構應當按照預算法、《政府信息公開條例》等有關規定，實行政務公開，主動接受社會監督。
