轉錄起始位點預測（prediction of transcription initiation site）是2018年全國科學技術名詞審定委員會公布的計算機科學技術名詞，出自《計算機科學技術名詞 》第三版。
轉錄起始位點預測（prediction of transcription initiation site）是2018年全國科學技術名詞審定委員會公布的計算機科學技術名詞，出自《計算機科學技術名詞 》第三版。定義利用計算機...
轉錄起始位點 轉錄起始位點，是指與新生RNA鏈第一個核苷酸相對應的DNA鏈上的鹼基。定義 轉錄的起點是指與新生RNA鏈第一個核苷酸相對應的DNA鏈上的鹼基，研究表明通常為一個嘌呤（A 或G），即5’UTR的上游第一個鹼基。
為深入研究miRNA轉錄掃清障礙；3、開發了兩個miRNA轉錄起始位點預測工具，為無編程基礎的實驗研究者提供了便利；4、構建了一個內容豐富、質量可靠的miRNA細胞特異性轉錄信息資料庫，為從事miRNA研究及對基因調控網路感興趣的研究人員提供了豐富的資源；5、揭示了miRNA可變轉錄存在的普遍性，研究了miRNA可變轉錄的方式、...
轉錄調控通常是在轉錄起始步驟通過調控蛋白（轉錄因子）識別並結合到調控基因上游區域中的一段特定DNA序列(轉錄因子結合位點或模體（motif）)來實現的。一個轉錄因子通常有若干個結合位點，而同一個基因有時會被若干個轉錄因子調控。被同一個轉錄因子調控的若干個基因往往有著相似或相關的功能。因此,預測所有屬於不同...
挑選其中lncRNA LOC401317進一步深入研究，發現LOC401317啟動子區域進行螢光素酶活性分析發現p53能明顯誘導包含野生型p53結合位點序列的螢光素酶活性，表明p53 通過與LOC401317轉錄起始位點上游p53結合位點結合，直接調控LOC401317的表達。MTT實驗發現LOC401317能明顯抑制細胞增殖。流式細胞檢測顯示LOC401317過表達的細胞阻滯在G0...
通過生物信息學分析，預測miR-373基因啟動子CpG島片段長度為402bp，其中包含26個CpG位點和轉錄起始位點（TSS）。本研究擬明確miR-373在肝門部膽管癌中的表觀遺傳學調控機制。Taqman miRNA assay技術檢測發現miR-373在肝門部膽管癌組織中低表達與腫瘤細胞低分化、高臨床分期、總生存時間和無病生存時間相關。甲...
生產這種晶片的主要有affymetrix 公司和agilent 公司，這種技術的優點在於不用構建cDNA 文庫，更不用做克隆，只要有分離純化的非編碼RNA就可以檢測，操作簡單，成本很低，可以檢測到大量低豐度的非編碼RNA，這種方法的缺點在於不能準確的確定非編碼RNA的轉錄起始終止位點，也很難區分剪下加工產物。
以兩系不育系武香S為材料，對其育性轉換的分子機理進行了較系統地研究，結果表明：（1）在武香S miRNA 表達譜分析中，共預測到373個新的miRNA分子，提出了一個依賴miRNAs 參與育性轉換可能的調節途徑；（2）對染色質核小體組蛋白修飾研究表明，在育性轉換期H3K9ac和H3K4me2均主要富集於轉錄起始位點處。...
通過pubmed資料庫查詢、線上工具Meth-Primer序列分析，我們發現OLFM1和PCDHB3轉錄起始位點上游存在CpG島。經過甲基化特異性PCR（MSP）和重亞硫酸鹽測序實驗（BSP）證實，在腸癌細胞系和腸癌組織中OLFM1和PCDHB3啟動子普遍高度甲基化，甲基化程度在要明顯高於它們的正常對照。OLFM1和PCDHB3均能抑制CRC細胞的增殖和遷移...
本研究首先通過軟體預測發現轉錄因子E2F1在miR-424轉錄起始位點上游2000bp內有2個可能識別位點。在此基礎上我們利用螢光素酶報告基因檢測、染色質免疫共沉澱和qRT-PCR證實E2F1是miR-424的直接上游分子，抑制miR-424的表達。其次，我們通過預測軟體、qRT-PCR、western blot和螢光素酶報告基因檢測...
同時證實chiB基因轉錄起始位點為-132 bp處的“C”鹼基。chiB基因啟動子的-35區和-10區序列分別為“TTTACA”和“TACGAT”，間隔17 bp。 缺失分析發現，chiB基因記憶體在一個16 bp應答幾丁質誘導的負調控位點—dre(AGACTTCGTGATGTCT)。該位點是一個保守序列，具有部分反向重複序列的特點。缺失或部分缺失這個序列導致...
但有一些啟動子(如tRNA啟動子)位於轉錄起始點的下游,這些DNA序列可以被轉錄。啟動子的特性最初是通過能增加或降低基因轉錄速率的突變而鑑定的。啟動子一般位於轉錄起始位點的上游。名詞介紹 啟動子是位於結構基因5'端上游的DNA序列，能活化RNA聚合酶，使之與模板DNA準確的結合併具有轉錄起始的特異性。起始時間和表達的...
整合ENCODE的ChIP-seq數據，我們共發現18個p53調控miRNA存在ChIP實驗證實的p53結合位點。在此基礎上，我們深入探討了轉錄因子與miRNA形成的調控網路，在包括肝組織在內的12個組織中識別了2,347個轉錄因子與miRNA的調控作用，結果顯示多數的轉錄因子結合位點富集於miRNA的轉錄起始位點附近。我們發現組織特異性mi...
此外, ZCURVE是基於DNA 序列Z curve 理論的蛋白質編碼基因識別軟體, 具有較高的基因起始位點預測準確性;GS-Finder 是不依賴於rRNA 序列的細菌基因組翻譯起始位點識別軟體, 能大大提高翻譯起始位點預測的準確性; OperonDB 是比較常用的操縱子預測軟體, 可以用來預測共同轉錄的基因簇。基因注釋 這一步通常要整合多個...
採用雙螢光素酶報告基因檢測系統測定了啟動子不同區域的活性，結果表明其中位於3’端1.8kb區域啟動子最高，推測該區域對調控HaSCP-2基因表達非常重要；（3）通過5’-RACE分析，發現棉鈴蟲SCP-2基因啟動子區存在多個轉錄起始位點，轉錄調控較為複雜；（4）對HaSCP-2啟動子的生物信息學分析發現，該轉錄起始位點上...
在本項目中，我們以改善調控模式的識別算法的準確度和性能為基本目標，充分利用當前多核系統的處理器所提供的高效的計算性能以及多執行緒和多進程的並行處理技術，提出一種基於多核系統的MapReduce模型；其次，引入位點之間的局部構象信息，建立TFBS與轉錄起始位點之間距離的分布特徵及約束關係，從而建立調控模式的模體模型。
在此基礎上，系統研究了核小體在基因組轉錄調控區域的動態變化及其對轉錄調控過程的影響，發現基因轉錄啟動子區核小體的定位水平與基因表達水平呈反向相關，而高表達基因在轉錄起始位置具有更寬的核小體空缺區域；在轉錄剪接位點周圍，組成性外顯子或可變外顯子的組成部分相對於跳躍外顯子或選擇性外顯子的可變部分...
2.1 miRNA調控靶基因的生物信息學預測 2.2 靶基因鑑定:luciferase報告基因表達載體的構建與檢測 2.3 miRNA反義鎖核酸的瞬時轉染 3.功能鑑定 3.1 合成miRNAs分子瞬時轉染 3.2miRNA過表達載體的構建方法 4.miRNA原位雜交 5.表達調控 5.1 5'RACE克隆miRNA轉錄起始位點 5.2啟動子克隆與系列缺失突變分析 5.3基因...
受累單體型以串聯方式包含兩個、鄰近轉錄起始位點的單一核苷酸替換，實驗證明c.-27C ＞ A變體顯著降低轉錄活性，並且是這一表突變的可能原因[1，7，9]。前景 表突變與人類疾病關係的研究具有重要的意義。腫瘤抑制基因種系或組成性表突變與遺傳性癌綜合徵病因關係的發現,證明了癌變的新途徑。這對於這類腫瘤的病因、...
RNA-ChIP實驗表明人類PBMC細胞中許多miRNA與RNA聚合酶PolII及TBP蛋白結合，表明miRNA可能參與轉錄起始過程的調控。其中let-7i結合白介素2(IL-2)基因啟動子TATA box，上調IL-2基因轉錄和蛋白表達。其調控作用通過增強IL-2轉錄起始複合體的組裝實現。同時HIV-1感染人類CD4+T細胞會抑制let-7i/IL-2通路，引起IL-2...
順式作用元件是同一DNA分子中具有特殊功能的轉錄因子DNA結合位點和其它調控基序，在基因轉錄起始調控中起重要作用；按功能特性分為通用調節元件如啟動子、增強子及沉默子和專一性元件如激素反應元件，cAMP反應元件；確定順式作用元件的試驗方法主要有：DNA結構分析、序列分析和基因刪除或替換等，軟體預測是確定順式作用元件...
基因序列：以起始密碼子開始，終止密碼子結束的一段DNA序列，稱為開放閱讀框（openreadingframe，ORF）非基因序列：基因序列以外的DNA序列。編碼序列和非編碼序 編碼序列：編碼RNA和蛋白質的DNA序列。非編碼序：內含子和基因的間隔序列。單一序列和重複序列 單一序列：基因組中只有一份的DNA序列。重複序列：基因組中...
起始密碼子（iniation codon）：指定蛋白質合成起始位點的密碼子。最常見的起始密碼子是甲硫氨酸或纈氨酸密碼。終止密碼子（termination codon）：任何tRNA分子都不能正常識別的，但可被特殊的蛋白質結合併引起新合成的肽鏈從翻譯機器上釋放的密碼子。存在三個終止密碼子：UAG，UAA和UGA。起源 除了少數的不同之外，地球...
2?2?1DNA轉錄相關位點鄰近 核小體分布 2?2?2DNA複製起始位點鄰近區 核小體分布 2?2?3核小體定位的“統計 定位”模型 2?3核小體定位的理論研究 2?3?1從DNA序列到核小體 定位 2?3?2基於DNA結構的物理性質 預測核小體定位 2?3?3核小體定位的反式因子 2?4鄰近核小體和染色質高級結構 影響核小體...
本研究我們通過螢光定量PCR和雙螢光素酶報導基因檢測，發現SOX7可以抑制β-catenin的mRNA表達及啟動子活性，進而利用5'末端序列續減分析我們確立了β-catenin啟動子的核心區在轉錄起始點-196~-38之間，並且我們用生物信息學預測到核心區內的TTCAAGC位點為SOX7潛在結合位點，突變該位點後可以去除β-catenin啟動子活性以及...
此外，我們預測到Qp+1G＞C突變點正好位於一個潛在的熱休克元件區域內。在熱休克作用下，EBV+細胞株中從Qp起始的EBNA1轉錄量明顯增加。EMSA和ChIP試驗驗證了熱休克因子1（HSF1）與Qp的結合能力。我們發現了能調控Qp活性和EBNA1蛋白表達的一個新的轉錄因子 — HSF1，HSF1通過結合於Qp序列上的熱休克元件而發揮轉錄...
32.邢永強，趙宏宇，劉國慶，趙秀娟，蔡祿.裂殖酵母複製起始位點的序列特徵分析和預測.生物物理學報，2014. 30 (6): 463-472 會議論文 33.Shou-HuiGuo, Li-Qin Xu, Wei Chen,Guo-Qing Liu, Hao Lin. Recombination spotsprediction using DNA physical properties in the Saccharomyces cerevisiae genome.AIP ...
這種作用方式提示著這兩種方式中任何一種的存在都可以引起另一種修飾方式的起始。沉默信號如何進行?它們發生的順序如何?早期的研究多來源於對非哺乳動物生物的研究。Tamaru在鏈孢霉屬（Neurospora）CTaSSa中研究發現，H3K9組蛋白甲基化轉移酶的突變，會引起DNA甲基化的丟失，這暗示著組蛋白甲基化可以起始DNA甲基化。Tariq...
