《蛋白質與蛋白質相互作用及對接方法的研究》是依託北京工業大學，由李春華擔任項目負責人的青年科學基金項目。
《蛋白質與蛋白質相互作用及對接方法的研究》是依託北京工業大學，由李春華擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要蛋白質-蛋白質相互作用是生命科學重大前沿課題。本工作旨在通過研究蛋白質分子間相互作用，建立新的考慮溶劑效應的...
蛋白質–蛋白質對接 蛋白質–蛋白質對接（protein-protein docking）是2018年公布的生物物理學名詞。定義 採用能量最小化等規則，獲得兩個或多個蛋白質分子形成複合物模型的計算過程。出處 《生物物理學名詞》第二版。
本課題的主要目標是研究蛋白質分子之間的遠程識別機制，我們將根據蛋白質分子之間遠程靜電相互作用的變化規律，分析蛋白質分子之間的最優對接方向和對接界面，縮小蛋白質複合物構象的搜尋空間，並使用分子動力學模擬的方法研究蛋白質複合物的結構。該課題的研究有助於深入了解蛋白質分子之間的相互作用機制，為預測蛋白質之間...
《蛋白質柔性對接計算機模擬方法研究》是依託蘇州大學，由呂強擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 蛋白質對接是新藥發現的必需重要先導步驟，用生化實驗方法發現蛋白質相互作用和對接是艱巨的任務。用計算機模擬柔性對接，不但能夠替代實驗方法發現蛋白質對接複合物的空間結構，而且還能夠指導生化實驗方法設計出新的複合物；...
《蛋白質與核酸對接的計算模型研究》是依託華南農業大學，由常珊擔任項目負責人的專項基金項目。項目摘要 蛋白質-核酸間相互作用與識別對細胞中的分子生物學機理研究，計算機輔助藥物設計和複合物結構預測都具有重要的意義。蛋白質與核酸的相互作用非常複雜，因此分子模擬需要考慮其特點有針對性的構建模型。本項目旨在通過...
探討蛋白質結構柔性與蛋白質摺疊/去摺疊事件的次序以及摺疊速率之間的內在聯繫，通過對蛋白質柔性分析來識別摺疊核，為揭示蛋白質摺疊/去摺疊的機理以及蛋白質-蛋白質相互作用與識別的機制提供有益的探索，並將蛋白質結構柔性分析方法用於蛋白質-蛋白質對接研究，為建立基於蛋白質結構柔性分析的蛋白質-蛋白質柔性對接方法...
《基於RNA分子柔性分析的蛋白質-RNA分子對接方法研究》是依託北京工業大學，由李春華擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 蛋白質-RNA相互作用與識別是目前生命科學研究的熱點，蛋白質-RNA對接方法研究具有重要的科學意義和套用價值。該項目在考慮RNA特有結構特徵，包括側鏈信息、核苷酸間相互作用特異性、溶劑及離子效應的...
隨著同步輻射、核磁共振、原子力顯微鏡等分子結構分析技術的進步，蛋白質研究更加注重超複合物和分子機器等複雜體系。由於高分辨質譜和高性能計算技術的進步，規模化、定量化的蛋白質組研究已經提升到了新的高度，從蛋白質相互作用網路的結構及其動態變化規律中認識複雜生命系統，已經成為蛋白質研究的一個重要發展方向。當...
上游激酶可識別並修飾特定的絲氨酸、蘇氨酸或酪氨酸殘基，而修飾位點能夠被上游磷酸酶識別並去磷酸化，磷酸化位點也可以通過形成對接位點從而介導蛋白質-蛋白質相互作用。傳統的實驗學方法研究磷酸化的分子機制和調控機理需要耗費大量的時間、精力和資金。近幾年來，基於高通量質譜學技術的磷酸化組學研究已鑑定了大量的...
1.3.3配體-受體相互作用的物理學性質013 1.4蛋白質結合位點預測研究現狀018 1.4.1蛋白質-蛋白質和蛋白質-配體結合位點的比較019 1.4.2蛋白質-配體結合位點預測020 1.4.3蛋白質-蛋白質結合位點預測029 1.5本研究的主要工作033 1.5.1基於胺基酸組成偏好的配體結合口袋識別方法034 1.5.2使用隨機森林方法...
在發展高層次的蛋白質AIMD方法的同時，發展建立於分塊量子計算的新穎的極化和可極化生物分子力場，及動態的DPPC和漲落電荷的EPB方法，並套用於蛋白質相互作用體系的分子模擬計算研究。 通過發展AIMD，DPPC和EPB的方法和套用，建立一個多層次的理論計算模式來研究蛋白質。結題摘要 蛋白質是最重要和最複雜的生物大分子，...
另一方面，雖然蛋白質-蛋白質複合物結構預測已有一批比較成熟的分子對接軟體，但目前還沒有一個公開的RNA-蛋白質複合物結構預測方法。我們在RNA與蛋白質識別機制和剛體對接方面已進行了一定的研究，發現RNA與蛋白質相互作用界面特徵和蛋白質與蛋白質相互作用界面有很大的不同，不能把蛋白質-蛋白質對接方法直接用於RNA－...
分子對接這一想法的歷史可以追溯到19世紀提出的受體學說，Fisher提出的受體學說認為，藥物與體內的蛋白質大分子即受體會發生類似鑰匙與鎖的識別關係，這種識別關係主要依賴兩者的空間匹配。隨著受體學說的發展，人們對生理活性分子與生物分子的相互作用有了更加深刻的認識，從基於空間匹配的剛性模型逐漸發展成為基於空間匹配和...
主要成果包括三個方面：第一，分子模擬研究配基－蛋白質分子相互作用：針對層析分離過程的特點，結合分子對接和分子動力學模擬，構建了單一配基、固定化配基、配基網層層遞進的分子模擬方法，從分子水平驗證了疏水性電荷誘導層析（HCIC）和離子交換層析分離蛋白質的分子機制；探討了配基結構、分布、密度、空間臂等對蛋白質...
以蛋白質色譜的科學發展和技術創新為目標，以多尺度界面分子行為的科學研究為主線，運用多維實驗檢測、量子化學/分子力學分析、分子對接和多尺度分子動力學模擬方法，進行系統的理論和實驗研究。內容包括：在分子-分子界面解析蛋白質-親和配基以及蛋白質自組裝體（病毒樣顆粒）中蛋白質分子間的相互作用；在分子-溶劑界面...
1.2 小分子物質與蛋白質相互作用的研究方法概述 1.2.1 蛋白質與藥物小分子相互作用研究的常用方法 1.2.2 蛋白質與藥物小分子相互作用研究的其他方法 參考文獻 第2章 幾種球狀模型蛋白的結構及其性質 2.1 蛋白質的結構、功能和性質 2.1.1 蛋白質在生命過程中的作用 2.1.2 蛋白質的一般結構 2.1.3 ...
本項目申請針對現有抗癌藥物毒性強、選擇性差的缺陷，開展以G3BP為靶點，基於G3BP和Ras-GAP蛋白-蛋白相互作用的抗腫瘤多肽藥物設計。申請人擬通過虛擬突變、蛋白質結構預測、蛋白質對接、分子動力學模擬、結合自由能計算及能量分解等分子模擬方法，提供理論設計的抗癌多肽；結合多肽合成和細胞水平的活性、毒性、及對腫瘤...
《基於結構與序列信息的蛋白質-配體結合位點的預測》是依託南開大學，由楊建益擔任項目負責人的青年科學基金項目。中文摘要 蛋白質是細胞中重要的生物大分子，它們通過與配體的相互作用來執行其生物學功能。因此對蛋白質-配體結合位點的預測能為研究蛋白質功能提供重要依據。蛋白質-配體結合位點的預測方法主要包括基於模板...
我們將系統地研究和改進當前計算受體和配體結合自由能方法中的局限性因素，例如誘導契合、去溶劑化效應、熵效應，以及靜電作用的精確計算等，來提高虛擬篩選的成功率。研究可被配體調控的蛋白－蛋白相互作用 蛋白－蛋白相互作用（Protein-Protein Interactions, PPIs）在許多生物學過程中起關鍵性作用。然而，基於這類重要...
第六章 蛋白質-蛋白質複合物的結構模擬 70 第一節 蛋白質與蛋白質對接的意義 70 第二節 利用ZDOCK來研究蛋白質-蛋白質的對接 70 一、設定一次ZDOCK計算 71 二、分析ZDOCK結果 72 三、利用RDOCK最佳化對接構型 75 四、使用RMSD分析結合界面的胺基酸 76 第三節 利用Hex研究大分子與大分子之間的相互作用 78 一、...
GST）的活性空腔中選擇性化學修飾光回響變構的偶氮苯分子，利用偶氮苯與環糊精可逆的主客體複合，調控GST活性空腔的開啟與關閉，獲得超分子遠程光調控的智慧型GST酶（ACS Catal., 2017, 7, 6979）；3. 利用靜電誘導和葫蘆脲8（CB[8]）三元複合主客體相互作用，分別操控SP1和GST蛋白的組裝過程，結合蛋白質仿酶技術...
4、科技部國際合作項目、2010DFA31710、納米技術與理論計算相結合的環境監測方法合作研究、2010/06-2013/05、100萬元、已結題、參加。5、國家自然科學基金面上項目、30400087、蛋白質與蛋白質相互作用及對接方法的研究、2005/01-2007/12、22萬元、已結題、參加。6、國家自然科學基金面上項目、20042001、雙區理論所...
⑷ 課題組主持2005－2007國家自然科學基金項目：“蛋白質與蛋白質相互作用及對接方法研究” （No.30400087）。⑸ 主持 2005－2007教育部博士點基金項目：“蛋白質摺疊與設計的模擬方法研究” （No. 20040005013）。⑹ 主持 2004－2006北京市教委重點項目：“阻斷愛滋病毒進入細胞的先導化合物研究”。⑺ 課題組主持2004...
u蛋白質功能位點預測方法的研究，國家自然科學基金（20773006）；u蛋白質與蛋白質相互作用及對接方法研究，國家自然科學基金（30400087）；u蛋白質-RNA特異性識別預測及在抗HIV環肽研究中的套用，北京市自然科學基金（4152011）u基於蛋白拓撲結構及動力學信息的結合位點預測方法研究，北京市自然科學基金（4102006）；u北京市...
發展的蛋白質分子對接方法和蛋白質-蛋白質相互作用的評分函式ITScorePP在國際蛋白質相互作用雙盲預測競賽（CAPRI，http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/capri/）評估中多次排名第一。研究方向 生物物理和生物信息學。具體為分子對接、打分函式、生物分子相互作用和結構的建模與預測、計算機輔助藥物設計以及複雜網路在生物相互...
研究領域 一、計算結構生物學：1 蛋白質-蛋白質對接 大多數細胞過程是由蛋白質-蛋白質相互作用來實現的，從單獨的蛋白質結構出發預測蛋白質-蛋白質相互作用的三維結構（蛋白質對接）能夠揭示它們的功能機理以及在細胞中起到的作用。蛋白質複合物的結構可以為蛋白質界面提供信息，可以協助進行藥物設計。蛋白質對接可以...
基於人工智慧以及統計建模等領域的最新技術，進行基於分子結構的ADMET預測方法的研究，繼續改進和發展幾種重要但難度較大ADMET性質的預測模型。2. 計算生物學和生物信息學研究：發展基於分子動力學模擬、自由能計算、自由能分解以及統計分析的蛋白質/多肽以及蛋白質/蛋白質相互作用預測方法研究。研究的重點是預測通過蛋白質...
又在遺傳算法和遺傳編程等最佳化算法方面做了大量的研究和套用工作。研究重點聚集在生物信息學,包括計算蛋白質組學、蛋白質結構預測、基因晶片數據處理、RNA剪下位點識別，HTH結構域識別，蛋白質相互作用組學和代謝組學等課題上，並取得了階段性成果。先後承擔了7項國家自然科學基金項目:模式識別在分析化學中的套用（1986-...
第3章有機小分子?生物大分子相互作用分析檢測 ?vi?3?1引言 3?2生物大分子相互作用檢測技術 3?2?1共振能量轉移 3?2?2雙分子螢光互補技術 3?2?3表面等離子共振 3?2?4原子力顯微鏡 3?2?5毛細管電泳 3?2?6微陣列晶片技術 3?2?7納米技術 3?2?8分子生物學技術 3?3蛋白質?蛋白質相互作用分析檢測 3?3...
