蛋白質–蛋白質對接(protein-protein docking)是2018年公布的生物物理學名詞。
基本介紹
- 中文名:蛋白質–蛋白質對接
- 外文名:protein-protein docking
- 所屬學科:生物物理學
- 公布時間:2018年
蛋白質–蛋白質對接(protein-protein docking)是2018年公布的生物物理學名詞。
蛋白質–蛋白質對接(protein-protein docking)是2018年公布的生物物理學名詞。定義採用能量最小化等規則,獲得兩個或多個蛋白質分子形成複合物模型的計算過程。出處《生物物理學名詞》第二版。1...
《蛋白質對接研究:動力學擾動分析方法》是依託復旦大學,由明燈明擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 蛋白質對接是由已知蛋白質單體結構構建多蛋白質複合體結構的方法,是基於結構的蛋白質-蛋白質相互作用研究的重要手段,是計算結構生物學的重要內容。當前蛋白質組學和功能基因組學的新興與發展催生了越來越多和越來...
蛋白–蛋白相互作用 蛋白–蛋白相互作用(protein-protein interaction)是2014年公布的藥學名詞。定義 導致蛋白質活性構象和信號轉導變化的蛋白質之間的作用。如多肽配體與蛋白酶、多肽激素與受體之間的相互作用。出處 《藥學名詞》第二版。
《蛋白質分子對接的遠程識別機制研究》是依託華中科技大學,由黃延昭擔任項目負責人的面上項目。中文摘要 蛋白質複合物的結構是研究蛋白質功能的基礎,但在實驗上取得蛋白質複合物的結構非常困難,因此,人們通常利用各種計算方法預測蛋白質複合物的結構。但是到目前為止,預測結果仍然不能讓人滿意。另外,利用分子動力學...
用計算機模擬柔性對接,不但能夠替代實驗方法發現蛋白質對接複合物的空間結構,而且還能夠指導生化實驗方法設計出新的複合物;被看作是一種獨立於傳統生化實驗方法的in silico實驗方法。.基於天然蛋白質結構處於自由能最小的假設,又因為現有多種類能量函式既有用又不完全準確,可以把柔性對接問題轉化為多目標最佳化問題。通...
《蛋白質與蛋白質的結合位點結構比對方法研究》是依託吉林大學,由周柚擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 蛋白質結合位點結構比對方法的研究是當今結構基因組學的重要研究內容之一,對於蛋白質結構和功能研究有著重要的意義。申請課題擬解決蛋白質與蛋白質結合位點結構比對研究中的幾個熱點和難點問題,課題組將...
蛋白質合成是指生物按照從脫氧核糖核酸 (DNA)轉錄得到的信使核糖核酸(mRNA)上的遺傳信息合成蛋白質的過程。蛋白質生物合成亦稱為翻譯(Translation),即把mRNA分子中鹼基排列順序轉變為蛋白質或多肽鏈中的胺基酸排列順序過程。這是基因表達的第二步,產生基因產物蛋白質的最後階段。不同的組織細胞具有不同的生理功能...
《基於RNA分子柔性分析的蛋白質-RNA分子對接方法研究》是依託北京工業大學,由李春華擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 蛋白質-RNA相互作用與識別是目前生命科學研究的熱點,蛋白質-RNA對接方法研究具有重要的科學意義和套用價值。該項目在考慮RNA特有結構特徵,包括側鏈信息、核苷酸間相互作用特異性、溶劑及離子效應的...
第5章蛋白質結合位點預測及輔助分子對接115 5.1引言115 5.1.1分子對接方法分類116 5.1.2目前面臨的主要問題116 5.2結合位點預測信息前端使用輔助蛋白質-配體對接117 5.2.1材料與方法117 5.2.2結果與討論120 5.3結合位點預測信息後端使用輔助蛋白質-蛋白質對接122 5.3.1材料與方法123 5.3.2結果與討論...
DIP:蛋白相互作用資料庫(Database of Interacting Protein,DIP)研究生物反應機制的重要工具。DIP 可以用基因的名字等關鍵字查詢,使用上較方便。查詢的結果列出節點 (node) 與連結 (link) 兩項,節點是敘述所查詢的蛋白質的特性,包括蛋白質的功能域(domain)、指紋(fingerprint)等,若有酶的代碼或出現在細胞...
《蛋白質色譜過程界面分子行為的解析和套用》是依託天津大學,由孫彥擔任項目負責人的重點項目。項目摘要 以蛋白質色譜的科學發展和技術創新為目標,以多尺度界面分子行為的科學研究為主線,運用多維實驗檢測、量子化學/分子力學分析、分子對接和多尺度分子動力學模擬方法,進行系統的理論和實驗研究。內容包括:在分子-分子...
分子對接這一想法的歷史可以追溯到19世紀提出的受體學說,Fisher提出的受體學說認為,藥物與體內的蛋白質大分子即受體會發生類似鑰匙與鎖的識別關係,這種識別關係主要依賴兩者的空間匹配。隨著受體學說的發展,人們對生理活性分子與生物分子的相互作用有了更加深刻的認識,從基於空間匹配的剛性模型逐漸發展成為基於空間匹配和...
《基於蛋白質起源的蛋白質相互作用網路演化機制的研究》是依託蘇州大學,由張文宇擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 細胞內的各種重要的生理過程都是以蛋白質間的相互作用為紐帶,並形成網路。因而,研究蛋白質互作網路的形成過程對我們理解生命活動的起源,組織及發展機制具有至關重要的意義。大量蛋白質互作數...
2012年5月14日,科技部以國科發基〔2012〕627號印發《蛋白質研究國家重大科學研究計畫“十二五”專項規劃》。該《規劃》分形勢與需求、總體思路與發展目標、主要任務、保障措施4部分。主要任務是:結構生物學研究,蛋白質組學研究,蛋白質研究的新技術、新方法,蛋白質合成、降解與調控機制研究,蛋白質生物學功能研究...
生物按照從脫氧核糖核酸 (DNA)轉錄得到的信使核糖核酸(mRNA)上的遺傳信息合成蛋白質的過程。由於mRNA上的遺傳信息是以密碼(見遺傳密碼)形式存在的,只有合成為蛋白質才能表達出生物性狀,因此將蛋白質生物合成比擬為轉譯或翻譯。所以,RNA是蛋白質合成的直接模板。直接模板 翻譯模板 protein biosynthesis 不同mRNA序列...
泛化連線蛋白是無脊椎動物和脊椎動物中均存在的構成膜通道的蛋白質。通道允許ATP通過,普遍存在於神經元細胞中,在結構上不同於脊椎動物和無脊椎動物的連線子蛋白。連線子蛋白是一種蛋白,構成間隙連線的連線子由6個跨膜蛋白亞單位環繞而成,相鄰細胞膜上的兩個連線子對接。膜通道也稱通道蛋白質(channel protein), ...
《蛋白質與蛋白質組學》是2007年1月科學出版社出版的圖書,作者是索倫森。內容簡介 本系列期刊為荷蘭Elsevier出版集團出版的名刊名篇選編學術專業期刊,精選Trends、current Opinion和Drug Discovery Today等系列出版物中的部分論文,以原文附中文摘要(或縮編)的形式,按專題編輯成冊。主要面向大學高年級學生、教師、研究...
主要成果包括三個方面:第一,分子模擬研究配基-蛋白質分子相互作用:針對層析分離過程的特點,結合分子對接和分子動力學模擬,構建了單一配基、固定化配基、配基網層層遞進的分子模擬方法,從分子水平驗證了疏水性電荷誘導層析(HCIC)和離子交換層析分離蛋白質的分子機制;探討了配基結構、分布、密度、空間臂等對蛋白質...
《兩親蛋白分子聚集體結構及其模板功能的研究》是依託揚州大學,由劉燕擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 兩親蛋白分子聚集體的特異性結構功能使其在眾多高新技術中具有重要作用與良好套用前景。本項目系統研究不同物理化學環境條件下蛋白分子的自組裝行為,探討各種物理化學條件對蛋白質聚集體結構及性質的調控...
蛋白質共價修飾組學資料庫是 十一五 中國科學院信息化專項,由中國科學技術大學生命科學學院承擔,並與華中科技大學、大連化物所以及美國多倫多大學合作構建的專業資料庫,希望通過文獻檢索、數據整合以及計算預測等方法收集本領域已有的實驗驗證結果,為進一步的研究提供整合的服務平台。蛋白質共價修飾組學資料庫由兩個子庫...
大會科技議題包括蛋白質組學,蛋白質科學,蛋白分析與分離技術,蛋白質設計與蛋白質工程,蛋白質與疾病,青年科學家論壇,多肽技術與商務發展等研究領域。大會主要活動有開幕式、主題論壇、諾獎大師論壇、專題討論會、展覽展示、項目對接洽談會、招商推廣會、新產品發布會、高端人才招募、投融資論壇、歡迎晚宴和交流酒會、...
《DNA-蛋白質互作 》是2012年3月出版的圖書,作者是莫斯。內容介紹 《DNA-蛋白質互作:原理與實驗方案》提供了轉基因領域的最新發展,包括活體和基因組範圍的互作技術。基因表達可以體現出功能基因組與非功能基因組、健康個體與患病個體、轉基因作物與非轉基因作物之間的差異。為了及時跟進這一研究方向的實驗方案,內容...
1 蛋白質-蛋白質對接 大多數細胞過程是由蛋白質-蛋白質相互作用來實現的,從單獨的蛋白質結構出發預測蛋白質-蛋白質相互作用的三維結構(蛋白質對接)能夠揭示它們的功能機理以及在細胞中起到的作用。蛋白質複合物的結構可以為蛋白質界面提供信息,可以協助進行藥物設計。蛋白質對接可以幫助我們了解信號通路和評價複合物...
這兩項測試實驗分別用於評估蛋白質結構預測和蛋白質-蛋白質對接預測的最前沿技術。Rosetta@home穩居最重要的對接預測器之一,並且是現有最好的蛋白質三級結構預測器之一。定義 Foldit是一個實驗性的蛋白質摺疊電子遊戲,結合了眾包與分散式計算的思想。由華盛頓大學的計算機科學和工程學系和生物化學學系(同一批人中,...
1. 藥物設計方法研究:發展計算蛋白質和小分子結合能的半經驗預測方法,發展快速熵效應計算方法。在發展結合能的半經驗預測方法的同時發展蛋白質和小分子的分子對接方法,並開發具有自主智慧財產權且計算準確的分子對接程式。基於人工智慧以及統計建模等領域的最新技術,進行基於分子結構的ADMET預測方法的研究,繼續改進和發展...
2. 藥物分子網路擬合模式指導下青黃散作用於急性早幼粒細胞白血病藥靶蛋白機制的"分子動力-3D-QSAR" 微觀呈現(8197142451),國家自然科學基金,項目負責人;3.蛋白質相互作用網路與分子對接技術指導下青黃散對慢粒的作用機制研 究(81673799),國家自然科學基金,項目負責人;4.基於ALDH1與CD44+/CD24-腫瘤幹細胞...
結合親和力 結合親和力(binding affinity)是2018年公布的生物物理學名詞。定義 受體(蛋白質、核酸等)和配體(小分子、小肽等)相互作用力的大小。可用結合自由能來表示。出處 《生物物理學名詞》第二版。
2、與肌動蛋白纖維相關的錨定連線:⑴粘合帶 ⑵粘合斑 通訊連線 1、間隙連線 2、化學突觸 3、胞間連絲 封閉連線 (一)緊密連線(tight junction)又稱封閉小帶(zonula occludens),存在於脊椎動物的上皮細胞間,長度約50-400nm,相鄰細胞之間的質膜緊密結合,沒有縫隙。在電鏡下可以看到連線區域具有蛋白質...
著重發展分子對接,結合自由能及溶劑化能的計算,二維及三維構效關係,ADME預測及有關並行計算等相關方法及技術。 中華化學競賽網 2.中醫藥信息系統:構建及完善包括中藥方劑,藥用植物及中藥有效成分的三維結構的醫藥信息系統及相關套用軟體。3.超分子及介觀體系的計算機模擬:利用分子動力學及介觀動力學研究蛋白質、...
IntAct提供了一個免費開源的分子相互作用資料庫和工具包,進行蛋白質相互作用數據的存儲、描述和分析。產品與服務 IntAct提供了一個開源資料庫和工具包進行蛋白質相互作用的存儲、描述和分析。網路界面提供了蛋白質相互作用的文本描述和圖形化描述,並允許在相互作用的蛋白質的基因本體論(Gene Ontology,GO)注釋背景下...