蛋白質共價修飾組學資料庫是" 十一五" 中國科學院信息化專項，由中國科學技術大學生命科學學院承擔，並與華中科技大學、大連化物所以及美國多倫多大學合作構建的專業資料庫，希望通過文獻檢索、數據整合以及計算預測等方法收集本領域已有的實驗驗證結果，為進一步的研究提供整合的服務平台。蛋白質共價修飾組學資料庫由兩個子庫組成，包括MiCroKit 中體、中心體和動點整合資料庫和PhosSNP 磷酸化相關單核苷酸多樣性資料庫。其中MiCroKit 中體、中心體和動點整合資料庫包含了本領域目前已知的絕大多數的實驗數據，而PhosSNP 磷酸化相關單核苷酸多樣性資料庫的內容與已知的實驗證據吻合，而且提供了數萬條有價值的參考信息。
基本介紹
- 中文名：蛋白質共價修飾組學資料庫
- 使用方法：下載本地化軟體安裝之後使用
- 套用案例：發現具有潛在研究價值的遺傳變異
- 持續發展：為用戶提供更加便捷的服務
- 開發平台：PHP+MySQL
- 運行平台：JAVA
內容簡介,使用方法,套用案例,持續發展,
內容簡介
在細胞有絲分裂期間， 一些特定的蛋白質能夠在特定的區域組裝成三個特定的蛋白質超複合物， 即中體(Midbody)，中心體 (Centrosome) 和動點 (Kinetochore)，並調控有絲分裂進程的精確進行。通過文獻檢索，我們收集了七個模式生物的1489 個定位於中體(Midbody)，中心體 (Centrosome) 或/ 和動點 (Kinetochore) 的相關蛋白質。通過整合已有的信息，我們收集了這些蛋白質的共價修飾的信息，並構建了MiCroKit 資料庫。遺傳多樣性的功能研究是當前的一個重大挑戰，探索遺傳多樣性和人類疾病的關係是" 個性化醫療" 的理論基礎。這裡，我們從基因組的範圍研究了人類單核苷酸多態性(SNP) 與蛋白質磷酸化修飾之間的關係。我們定義phosSNP 為影響蛋白質磷酸化的SNP。我們的研究結果表明大約70% 的非同義SNP 可能影響蛋白質磷酸化的狀態。並且，我們預測~74.6% 的phosSNP 可能通過改變激酶類型，而不是直接生成或消除磷酸化位點來影響磷酸化修飾。相應的結果被整合到PhosSNP 1.0 資料庫中。
蛋白質共價修飾組學資料庫的線上版本採用PHP+MySQL 的平台開發，為了方便實驗學家的套用，我們還採用JAVA 語言開發了可下載、可安裝以及可本地化運行的軟體包。
使用方法
在蛋白質共價修飾組學資料庫中，MiCroKit 中體、中心體和動點整合資料庫對所有用戶免費，而PhosSNP 磷酸化相關單核苷酸多樣性資料庫則僅對學術研究者免費。用戶可通過線上訪問的方式直接使用資料庫，也可以下載本地化軟體安裝之後使用。
在蛋白質共價修飾組學資料庫的使用方法主要包括：(1) 簡單查找。用戶可輸入一個或多個關鍵字（用空格分隔）來查找資料庫的信息。關鍵字可以是資料庫條目的標識符，細胞亞定位、公用資料庫的通用標識符，蛋白質的名稱、別名，基因的名稱、別名以及功能等。例如，查找MiCroKit 中體、中心體和動點整合資料庫，可直接輸入CENP-E並提交，從而找到相應的蛋白質及其共價修飾的信息。(2) 高級查找。簡單查找的功能選項中將多個關鍵字之間的關係定義為和/ 或。在高級查照選項中，用戶可精確的定義多個關鍵字之間的邏輯關係。高級查找中的邏輯關係包括三個：排除( 被查詢數據中不能包含該關鍵字)，和( 多個關鍵字必須同時出現)，以及或( 多個關鍵字至少出現一個)。 (3)基於序列相似性的查找。由於基因和蛋白質通常會有多個別名，並且各個不同公用資料庫中，基因與蛋白質的標準名稱也不盡相同，利用關鍵字查找可能會存在一定的困難。因此，我們還開發了基於序列相似性查找的接口。用戶可輸入蛋白質或者核酸序列，通過序列相似性的打分來判斷檢索結果的正確性。(4) 瀏覽。本資料庫的內容可以直接通過瀏覽的方式予以檢索。用戶首先需要選擇檢索的對象及參數的設定。
套用案例
蛋白質共價修飾組學資料庫自開通服務以來，已經為項目組內及合作單位提供了數據服務，支持這些用戶的科研、處理和分析工作。例如：
1. 中國科學技術大學生命科學學院：以本資料庫提供的中心體、中體和動點蛋白質注釋和共價修飾信息為主要數據源，為國家科技部重大研究計畫“卵泡發育的分子調控”(2007CB947401) 的減數分裂時期磷酸化調控網路的模擬提供了重要的參考分析。
2. 大連化物所：以PhosSNP 資料庫提供的潛在影響蛋白質磷酸化狀態的遺傳多樣性為主要數據源，為國家科技部863 項目“人類肝臟蛋白質組修飾譜研究”(2006AA02A309) 提供了相應的計算分析，發現一批具有潛在研究價值的遺傳變異。
持續發展
蛋白質共價修飾組學資料庫目前服務狀態良好，項目組還將不斷豐富資料庫內容，對已有數據進行深度挖掘與分析，開發一系列促進數據套用的軟體工具與服務平台，為用戶提供更加便捷的服務。
