位於升起新國旗的地點-里斯本的光復紀念碑在1910年10月5日的共和革命開始更換皇權的象徵,共和代表在一審中建議新的國旗和國歌。新國旗並未和舊國旗有任何極似的地方,尤其是顏色方面,共和黨團代表的紅色和綠色和來自代表傳統君權的藍與白相對。藍色也帶來強烈的宗教意義,因為它是聖母瑪利亞受孕的代表顏色(葡萄牙語:Nossa Senhora da Concei??o),高位化了皇后和葡萄牙國王若昂四世,所以對建立平民共和國家的共和黨來說,去除或替換這種顏色是有道理的。
事實上這兩種顏色在1910年前都從未使用在國旗上。儘管如此,它們仍出現在幾種重要的歷史旗幟中:若昂一世的旗幟內在紅邊上有綠色的阿維什十字;地理大發現期間基督會的紅十字常出現在海軍的白底三角旗上;1640年葡萄牙從西班牙治下恢復獨立時,革命軍普遍使用綠色背景的旗幟;[10]然而沒有什麼可靠的證據表明以上就是國旗顏色的由來。另一種解釋是現在的國旗起源於1891年的革命期間懸掛在波爾圖大會堂的旗幟,紅底上有一個綠色圓盤和題詞『Centro Democrático Federal ?15 de Novembro?』(聯合民主中心,《十一月十五日》),代表一個受共濟會啟發的共和團體。[11]在隨後的20年中,紅色和綠色出現在了所有共和黨相關的東西上。[4]紅色,來自於1891年的旗幟,代表了共和黨領導的革命、民主運動和民眾運動;綠色,來自於奧古斯特·孔德指定的、實證主義者的旗幟,作為一個政治理想納入了共和國的政治基石。
若昂二世 (1485).阿方索三世不是長子(也就是桑喬二世的旁系血親),因此根據紋章學的作法,他不能完全繼承父親的紋章,必須加入個人變化。在成為國王之前,阿方索三世和布洛涅的瑪蒂爾達二世(Matilda II of Boulogne),但是因為阿方索三世登上葡萄牙王位,且瑪蒂爾達無力生育繼承人,他們在1253年離婚。阿方索三世接著娶卡斯蒂利亞的阿方索十世之私生女卡斯蒂利亞的布里特絲(Beatrice of Castile)為王后。阿方索三世的徽章設計很可能有關於他的家庭同卡斯蒂利亞有著密切聯繫(阿方索三世的母親也是卡斯蒂利亞人),新的紋章除了原來的皇室徽,多加了上面有若干黃色城堡的紅色花邊。
1577年,塞巴斯蒂昂統治期間,在致命戰役三國王戰爭(Battle of Alcácer Quibir)前夕,旗再次被修改:將城堡減回七個,並把皇冠改成封閉式的三拱冠,象徵一個強大皇權。隨著塞巴斯蒂昂「失蹤」,他的大伯父恩里克主教替代他進行短暫的統治。1580年,西班牙國王費利佩二世(或稱腓力二世)強行合併葡萄牙,成為葡萄牙國王菲利佩一世。而在腓力二世屬下個人聯盟的情況下,葡萄牙仍是獨立的國家,不是西班牙屬下的行政區。所以基於這一類行政的情形,葡萄牙使用以塞巴斯蒂昂的旗幟為基礎的國旗,西班牙則使用自己原來的旗幟。哈布斯堡王朝作為葡萄牙的執政內閣,他們的旗幟也加入葡萄牙的紋章。
當瑪莉亞一世去世,王室正在巴西,因為1807年拿破崙帶領的法軍入侵葡萄牙,布拉乾薩王室不得不遷都里約熱內盧。1815年,巴西的殖民地被提升為巴西帝國,而葡萄牙和巴西的聯合即稱「葡萄牙-巴西-阿爾加維聯合王國」(Reino Unido de Portugal, Brasil e Algarves)。瑪利亞一世的兒子若昂六世改變國旗以反映並代表新的聯合王國—盾改回葡萄牙式的圓弧形盾,並在盾的下層放置藍色填充的黃色渾儀(當時的巴西國徽),皇冠樣式則相同—內置紅色貝雷帽的五拱冠。除了皇冠和白色背景,這種國旗和現在的國旗較相似。
葡萄牙的軍旗和國旗樣式不同。軍旗在1911年被採用,尺寸為寬度1.20米,長度1.30米的長方形,寬高比為12:13;可照比例調整長寬。背景色彩一樣是綠和紅,比例為各半(1:1)。中央則是經過修改的完整版本國徽:除了包含盾牌與渾儀的小型國徽,周圍還圍繞兩枝黃色月桂枝;柄上有系緞帶,在完整國徽中為綠色和紅色的一雙緞帶結系在一起,但是在軍旗上稍微不同:為單條白色緞帶,上面寫了一首作者為路易·瓦茲·德·賈梅士的詩句:「Esta é a ditosa pátria minha amada」(意為:這是我心愛的幸福祖國)。渾儀的寬度則為旗寬的三分之一;而如果照前面所述旗的原來尺寸,渾儀的寬為35公分,長為45公分。
一些葡萄牙的國家高官都能展示個人旗代表身份。葡萄牙總統(葡萄牙語:Presidente da República)使用的國旗大體上類似國旗,以墨綠色為唯一背景色,小型國徽置於中央。[30]他通常被懸掛在總統官邸—貝倫宮,和將小型的旗懸掛在總統座車。總理旗是寬高比2:3的白色矩形旗和綠色的X形十字,小型國徽在正中央,和飾有黃色月桂葉圖暗的紅色花邊。其他部長旗沒有紅色花邊。葡萄牙共和國議院(葡萄牙語:Assembleia da República)的旗是綠色邊緣白色長方形,中央有小型國徽。