原新疆維吾爾自治區衛生廳衛生監督所，於2002年7月10日成立。
原新疆維吾爾自治區衛生廳衛生監督所，是根據《中共中央、國務院關於衛生改革與發展的決定》和原衛生部《關於衛生監督體制改革的意見》的精神，經自治區人民政府研究決定，由自治區機構編制委員會批准（新機編字〔2002〕19號），於2002年7月10日成立。2009年6月，經原自治區衛生廳批准，完成了內設機構改革工作，將原有8個科室調整為16個，並對內設機構職責進行了重新設定，以適應衛生監督綜合執法工作的發展和要求。為加強全區衛生計生綜合監督行政執法機構業務工作和執法能力的檢查和考核，進一步促進衛生計生監督協管服務等工作的開展，2013年，設立綜合業務管理辦公室，負責全區和本所衛生計生監督綜合業務工作的組織、協調和管理，至此，內設機構為17個科室。2015年11月，經自治區黨委編辦批准，新疆維吾爾自治區衛生廳衛生監督所更名為“新疆維吾爾自治區衛生計生委衛生監督所”。
根據原衛生部《關於衛生監督體系建設的若干規定》（衛生部第39號令），在自治區衛生計生委的領導下，具體承擔《中華人民共和國傳染病防治法》、《中華人民共和國職業病防治法》、《中華人民共和國執業醫師法》、《中華人民共和國母嬰保健法》、《中華人民共和國獻血法》、《中華人民共和國食品安全法》等法律11部，行政法規39部，部門規章136部部門規章所賦予的衛生計生行政執法工作的組織協調和監督指導，其主要職責為：
（一）擬定轄區內衛生計生綜合監督行政執法工作規劃和年度計畫，並制定相應的工作制度和規範；
（二）組織實施轄區內的衛生計生綜合監督行政執法工作，對下級的衛生計生綜合監督行政執法工作進行指導和監督檢查；
（三）依法承辦職責範圍內的行政許可、資質認定和日常衛生監督；
（四）查處轄區內大案要案，參與重大活動的衛生保障；
（五）承擔國家監督抽檢任務，組織實施轄區內的監督抽檢；
（六）開展執法稽查，對下級衛生計生綜合監督行政執法機構和人員的執法行為進行督察；
（七）組織協調轄區內各級衛生計生綜合監督行政執法機構的分級管理，落實執法責任制；
（八）負責轄區內衛生計生監督人員的資格審定工作，組織開展資格考試；
（九）組織轄區內監督人員培訓；
（十）負責轄區內衛生計生監督信息的匯總、核實、分析、上報，並按照規定進行發布；
（十一）組織開展衛生計生法律法規宣傳教育；
（十二）協調和指導轄區內鐵路、交通、民航部門的衛生計生監督工作；
（十三）承擔衛生計生委指定或交辦的衛生計生監督事項。
根據原衛生部《關於衛生監督體系建設的若干規定》（衛生部第39號令），在自治區衛生計生委的領導下，具體承擔《中華人民共和國傳染病防治法》、《中華人民共和國職業病防治法》、《中華人民共和國執業醫師法》、《中華人民共和國母嬰保健法》、《中華人民共和國獻血法》、《中華人民共和國食品安全法》等法律11部，行政法規39部，部門規章136部部門規章所賦予的衛生計生行政執法工作的組織協調和監督指導，其主要職責為：
（一）擬定轄區內衛生計生綜合監督行政執法工作規劃和年度計畫，並制定相應的工作制度和規範；
（二）組織實施轄區內的衛生計生綜合監督行政執法工作，對下級的衛生計生綜合監督行政執法工作進行指導和監督檢查；
（三）依法承辦職責範圍內的行政許可、資質認定和日常衛生監督；
（四）查處轄區內大案要案，參與重大活動的衛生保障；
（五）承擔國家監督抽檢任務，組織實施轄區內的監督抽檢；
（六）開展執法稽查，對下級衛生計生綜合監督行政執法機構和人員的執法行為進行督察；
（七）組織協調轄區內各級衛生計生綜合監督行政執法機構的分級管理，落實執法責任制；
（八）負責轄區內衛生計生監督人員的資格審定工作，組織開展資格考試；
（九）組織轄區內監督人員培訓；
（十）負責轄區內衛生計生監督信息的匯總、核實、分析、上報，並按照規定進行發布；
（十一）組織開展衛生計生法律法規宣傳教育；
（十二）協調和指導轄區內鐵路、交通、民航部門的衛生計生監督工作；
（十三）承擔衛生計生委指定或交辦的衛生計生監督事項。
