建設項目跟蹤審計績效應從如下兩個方面來評價。
經濟效益。1．直接經濟效益。在全過程跟蹤審計中，審計人員對工程預算、工程標底、契約洽商、工程變更及簽證、設備、材料、索賠審核、工程竣工結算等送審資料通過跟蹤審計直接審減的效益。2．間接經濟效益。在建設項目全過程跟蹤審計中，通過審計監督、造價控制建議而獲得的效益，主要表現在可行性研究、設計方案經濟比選、招標檔案、工程量清單、投標報價、評標辦法選用和標價制訂、契約進度款、設備、材料詢價、索賠化解等技術經濟活動的控制措施、審計合理化管理建議取得的而且要通過一定方法分析、比較和計算來體現的經濟效益。比如，在施工階段嚴格控制進度款的支付，確保資金合理流出，降低財務費用(貸款利息)，預防超付而引起財務風險。還有隱蔽工程、設計變更、工程簽證、索賠等在實施過程中控制，原來竣工結算虛增工程量，高估胃算，審計糾紛等現象將會得到有效遏制，這種效益也只有通過跟蹤審計才能實現。
社會效益。通過對建設項目全過程跟蹤審計，促使有關單位自覺地執行國家政策、法規，使整個工程實施處於受控狀態，改變了過去建設、監理、審計、施工相互脫節，管理比較混亂現象，同時對廉政建設、建築市場規範、構建和諧社會都將產生積極的作用。
