巴音郭楞蒙古自治州衛生局根據《關於印發<巴音郭楞蒙古自治州人民政府機構改革方案>的通知》（新黨廳字〔2011〕43號）成立，是巴音郭楞蒙古自治州人民政府組成部門，負責全洲衛生工作。
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檔案信息
巴音郭楞蒙古自治州人民政府，根據自治區黨委辦公廳、自治區人民政府辦公廳《關於印發<巴音郭楞蒙古自治州人民政府機構改革方案>的通知》（新黨廳字〔2011〕43號），設立巴音郭楞蒙古自治州衛生局（以下簡稱自治州衛生局），為自治州人民政府工作部門。
職責調整
（一）取消和劃出的職責
1、取消已由自治州人民政府公布取消的行政審批事項。
2、將餐飲服務許可，餐飲業、食堂等消費環節食品安全監管和保健食品、化妝品衛生監督管理的職責，劃給自治州食品藥品監督管理局。
（二）劃入和加強的職責
1、將自治州食品藥品監督管理局綜合協調食品安全、組織查處食品安全重大事故的職責劃入自治州衛生局。
2、組織實施食品安全地方標準。
3、加強食品安全綜合監督的職責。
4、加強對醫療服務、公立醫療機構的監督管理。
5、堅持公共醫療衛生的公益性質，堅持預防為主、以農村為重點、中西醫並重的方針，堅持為人民健康服務的方向，深化醫藥衛生體制改革。
主要職責
（一）推進醫藥衛生體制改革。貫徹執行衛生工作方面的法律、法規和方針政策。
（二）根據自治州衛生資源配置標準，統籌規劃與協調自治州衛生資源配置標準，指導區域衛生規劃的實施，對衛生工作實行全行業管理。
（三）加強衛生應急管理，負責全州衛生應急工作。制定衛生應急預案，負責突發公共衛生事件監測預警和風險評估，指導實施突發公共衛生事件預防控制與應急處置。
