《基於蛋白質相互作用網路的算法研究及其套用》是2018年08月01日科學出版社出版的圖書,作者是湯希瑋。
基本介紹
- 中文名:基於蛋白質相互作用網路的算法研究及其套用
- 作者:湯希瑋
- 出版社:科學出版社
- 出版時間:2018-08
- 頁數:204 頁
- 定價:98 元
- 開本:B5
- 裝幀:平裝
- ISBN:9787030585714
《基於蛋白質相互作用網路的算法研究及其套用》是2018年08月01日科學出版社出版的圖書,作者是湯希瑋。
《基於蛋白質相互作用網路的算法研究及其套用》是2018年08月01日科學出版社出版的圖書,作者是湯希瑋。內容簡介為了揭示蛋白質網路的動態特徵,酵母的時間序列基因表達譜被用於分離靜態的蛋白質網路,進而構建隨時間變化的動態蛋...
蛋白質互作網路是由單獨蛋白通過彼此之間的相互作用構成,來參與生物信號傳遞、基因表達調節、能量和物質代謝及細胞周期調控等生命過程的各個環節。系統分析大量蛋白在生物系統中的相互作用關係,對於了解生物系統中蛋白質的工作原理,了解疾病...
《蛋白質網路動態演化模型及套用算法研究》是依託湖南大學,由駱嘉偉擔任項目負責人的專項基金項目。中文摘要 生命活動是若干蛋白質在微觀上所形成的複雜相互作用網路的巨觀表現。研究蛋白質網路對從系統水平上理解生命活動的內在組織及其過程...
《面向AP-MS數據的蛋白質相互作用網路推斷算法研究》是依託大連理工大學,由何增有擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 親和純化-質譜(AP-MS)技術是目前構建蛋白質相互作用(PPI)網路的重要生化實驗手段。能否從AP-MS數據中推斷出高質量的...
《蛋白質相互作用方法與套用》是北京大學醫學出版社出版的圖書,作者是(美國)傅(FuH.)。該書為蛋白質——蛋白質相互作用研究的關鍵技術提供操作指南,並提供大量識別和操作蛋白質的技術和相關綜述,覆蓋了迄今最完全、最有效的分析蛋白...
《蛋白質結構域介導的蛋白-蛋白相互作用網路的研究》是依託蘇州大學,由侯廷軍擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 蛋白-蛋白相互作用在各種生命過程中起到了至關重要的作用,蛋白-蛋白相互作用網路的預測和研究對於闡明生物信息傳導過程以及...
首先,在整合來自不同數據源相互作用數據的基礎上,利用胺基酸殘基的理化性質,並結合矩陣分解方法對蛋白質序列進行編碼;然後,運用主成分分析和極限學習機這兩種多分類器集成算法來預測蛋白質相互作用,並結合柔性神經樹方法最佳化參數,以達到...
研究了三種邊中心性,分別是:基於網路拓撲、基於隨機遊走和基於路徑,並利用這三種中心性來量化網路中每條邊的相關性,同時基於GN算法的原理提出了一個新的分裂算法來發現社團結構。 (2) 提出了一種用於蛋白質相互作用分析和預測的開源...
《基於蛋白質相互作用網路的廣譜抗病毒宿主靶標研究》是依託中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院,由李非擔任項目負責人的青年科學基金項目。中文摘要 以病毒蛋白為靶的抗病毒藥物面臨易產生耐藥等諸多問題,宿主分子靶向抗病毒不僅是解決...
本項目將以蛋白質序列特徵為基礎,通過構建蛋白質相互作用標準數據集,預測並評估蛋白質相互作用,最終將構建高質量的蛋白質相互作用網路,用於識別關鍵基因、藥靶及發現複合物和功能模組等套用:根據胺基酸的理化性質,基於模糊理論對20種...
隨著越來越多的蛋白質互作關係的測定,以及複雜網路理論的不斷成熟,為蛋白質互作網路的研究帶來了新的發展機遇。在本項目中,我們選擇了蛋白質起源作為切入點,運用演化生物學的理論來研究蛋白質互作網路的形成機制。我們首先通過利用蛋白質...
本項目主要研究面向動態蛋白質網路的功能模組挖掘算法及其套用。將結合時間序列的基因表達數據,研究動態蛋白質網路的構建及描述方法;採用圖論和局部搜尋技術對功能模組挖掘算法展開研究,以得到不同時間和空間通過相互作用綁定的動態功能模組;...
項目取得了如下研究成果:(1)設計了基於圖小波和網路反卷積的蛋白質相互作用預測和網路重構算法;(2)基於隨機圖模型和矩陣分解模型,設計了多種數據融合算法識別靜態蛋白質相互作用網路、動態蛋白質相互作用網路和符號網路中的蛋白質功能...
利用網路的動態特性研究基礎網路層次上的蛋白質網路的動態干預理論與最佳化方法,設計針對動態蛋白質作用網路的模組挖掘算法,從而便於進行功能預測以及模組進化分析。本項目的特色體現在:提出新的理論框架和體系,研究蛋白質網路的構建、最佳化和...
本課題通過分析生物數據特徵及生物關聯特性,利用複雜網路理論、機率統計方法、機器學習算法,解決蛋白質相互作用相關預測問題。一、設計基於蛋白質共進化的分析方法,識別蛋白質相互作用關係。二、利用局部信息(序列、結構)建立蛋白質結合位點...
本書的主要內容包括蛋白質三維空間摺疊結構預測分析、蛋白質相互作用熱點預測、蛋白質相互作用熱區預測,以及靶點蛋白-藥物相互作用預測等。本書為蛋白質及其相互作用的研究提供了相應的智慧型演算方法,並指出這些方法在解決生物學問題中的套用...
整理了隨機遊走模型在單個和多個生物網路上套用的方式。設計了一系列將隨機遊走模型套用在多個生物網路上的算法。並將這些算法套用於疾病相關基因、非編碼基因以及藥物靶標蛋白質功能方面的預測。最後為了便於生物學研究和醫學研究人員使用,...
該算法和平台可有效地用於鑑定腫瘤特異的lncRNA與RBP的互作網路,探討它們在腫瘤發生髮展過程中的作用,從而擴展我們對lncRNA及其互作調控網路在生理與疾病中作用的認識。結題摘要 長鏈非編碼RNA(lncRNA)與RNA結合蛋白(RBP)結合,參與多...
蛋白以及致病性蛋白,仿真模擬與實例套用均顯示新方法顯著提高了統計效力;3、基於pQTL 的概念,首先在靜態3D蛋白互作網路中,提出加權整合新算法,實現更準確鑑定關鍵變異位點,其次通過整合蛋白質表達譜與序列突變信息,提出基於高通量蛋白質...
《基於GFP 的細胞蛋白質相互作用的檢測及定位新方法研究》是依託廈門大學,由張軍擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 本項目根據水母綠色螢光蛋白(GFP)光譜變異型間的螢光共振能量傳遞現象,設計出細胞內、外蛋白質間作用的新型檢測...
4.2.2 蛋白質相互作用重要性的計算 (41) 4.3 本章小結 (41) 第三部分 蛋白質複合物識別篇 第5章 蛋白質複合物識別的相關研究 (44) 5.1 基於密度和局部搜尋的算法 (45) 5.2 基於層次聚類的算法 (47) 5.3 交...
PprI, RecA, SSB, RecQ, Nth等)之間的物理與生物學的相互作用,進而利用生物信息學、基因敲除技術、生物化學等方法研究其相關功能,建立DNA修復過程中的蛋白互作網路,為發現與研究未知蛋白的功能提供一條可能的道路,為闡明耐輻射球菌...
同時,構建了一個關於大豆功能基因網路和大豆miRNA功能網路的資料庫——大豆功能網路資料庫(SoyFN),受到人們關注。 (4)在機器學習相關算法研究方面,提出了一種基於SVM的主動學習算法,用來解決蛋白質相互作用的預測問題。同時,針對...
蛋白質相互作用在很多生物學進程中發揮重要作用,對蛋白質相互作用網路的分析有助於從整體上理解細胞的生物學功能。當前對蛋白質網路的研究大都基於靜態的網路,而生命是一個動態的體系,靜態網路並不能反映蛋白質活性和蛋白質相互作用對...
這樣對於給定的DNA,可根據與其作用的蛋白質結構Motif在PDB中找出能夠與其相互作用的蛋白質候選集。同時,本項目還將對具體問題如蛋白質分類、多結構比對、結構Motif挖掘等進行算法的開發和改進。本項目的研究成果不僅對於生物及製藥等領域具有...
本項目擬採用自然語言處理和機器學習相結合的方法來研究蛋白質相互作用問題。首先,將多個異構的蛋白質相互作用資料庫進行整合來建立一個相對完整的相互作用資料庫,通過自然語言處理技術對相互作用數據進行評估,為資料庫中每一個記錄賦予可信...
對結構域組成進行非線性變換,並利用進化算法最佳化計算模型,為得到高可靠性的蛋白質相互作用預測結果打下良好的基礎。本項目的成果將為了解蛋白質生理功能的實現機制和治療相關疾病的藥物設計提供理論上的依據。
疏水性分析、神經網路算法等有效預測手段,結合自身搜尋一級序列上對應相互作用位點的胺基酸排列特徵的方案加以改善提高,最終達到運用我們的預測方法,對蛋白質-蛋白質相互作用位點預測的準確率比同領域其他方法有所提升的研究目標。