營運單位通過行政管理制度和相應的組織機構，對核電廠構築物、系統和部件的永久性或臨時性的變更(包括儀控和電氣系統的程式軟體和整定值的變更)，從提出申請、必要性論證、設計、審查、批准、安裝、調試、移交、檔案更新、存檔等進行有效地控制。修改是質量相關的活動，修改的管理是核電廠運行階段質量保證大綱的重要組成部分。
修改項目的管理機構 修改項目管理機構在營運單位內部可以有不同的配置方案。對於所屬核電機組多或公司總部有設計機構的營運單位，修改一般分為二級管理，即由公司級設計機構負責修改項目的論證和設計；而廠級部門負責修改項目在實施過程中的管理。如果營運單位所屬核電機組少且沒有專門設計機構，則往往只設一個部門負責修改全過程的管理。不管採用上述那一種機構配置，其共同的原則是：
⑴修改管理的人員必須有相應的工程知識和經驗，設計部門(包括承包商)必須有相應的資格，設計所用計算方法和電腦程式必須經過驗證、批准和生效。
⑵一個修改項目從立項到實施往往要經歷若干次審批過程，相應的修改檔案要發給營運單位各有關部門和不同專業的人員予以預先評價，並經跨部門的委員會審查，最後由授權人(如核電廠廠長)批准。其中核安全相關項目尚需報國家核安全監管機構審批。
修改項目必要性的審查 修改項目的提出可能來源於外部經驗反饋(如原供貨商的建議)；也可能來源於內部經驗反饋，如來源於對核電廠的事件庫、維修歷史記錄和設備可靠性資料庫的分析。一個修改項目一旦提出，就必須對其必要性做出論證和審查。所有提出的修改項目，至少要滿足以下一項或多項的條件：①滿足國家環保和核安全等的法規要求；②提高核電廠的安全水平；③改進消防、工業安全和輻射防護；④提高核電廠的可用性(必須做成本效益分析)；⑤便於運行和維修。
修改項目的設計審查 核電廠營運者的基本責任就是確保核電廠運行階段的安全水平不低於設計所規定的，並為建造階段所實現的安全水平，營運者對修改項目的設計審查要保證任何修改都不致違背這一原則。審查的重點是：
修改項目安全等級和質量等級與修改前相比都不能降低。修改採用的某些部件還必須通過所謂“地震鑑定”(seismic qualification，SQ)和“環境鑑定”(environmental qualification，EQ)。後者專指處於安全殼內的部件要承受失水事故的環境條件，而其功能不致失效。
修改項目如涉及安全相關的系統、部件或構築物，則其設計必須符合原設計基準檔案中規定的安全功能和驗收準則。特別要審查修改對反應性的影響和對安全相關係統運行特性的影響。
核電廠各部門從可施工性、可運行性、可維修性、可定期試驗性、輻射防護的合理可行儘量低原則、工業安全及防火等各方面做出評價。
修改項目實施過程的管理原則 為確保核電廠的安全運行，修改項目實施過程要按以下原則嚴格管理：
修改項目實施的時間視窗必須與機組的狀態相容，因此要周密地計畫，事先做好充分準備，並按風險分析的結論採取相應的保障措施。
修改項目的實施必須不致使核電廠狀態失控。為防止運行人員由於未及時了解修改項目的內容而在核電廠狀態的控制方面出現人為的失誤，任何經批准的修改項目檔案包必須提前送達有關運行和維修部門。這類檔案包不僅要包括修改項目的工程實施檔案，還要包括任何必須修改升版的運行技術規格書、運行規程和維修規程、驗收試驗規程、仿真機的修改和驗證及相關的培訓課程。
修改項目的實施必須不致使核電廠的配置失控。核電廠配置的控制(configuration control)一詞與修改項目的嚴格管理有相同的含義，但它往往又特指流程圖、運行程式、維修檔案和電氣接線等檔案和資料庫都必須符合現場實際狀態，並及時得以更新。如果核電廠配置失控，會養成運行和維修人員不按規程辦事的風氣，最終會導致核電廠安全水平的下降。國外已有不止一座核電廠由於配置失控而被安全監管當局取消其運行許可證的先例。為避免修改項目成為配置失控的一個根源，必須禁止未按修改管理程式批准的任何變更，而且任何修改項目一經實施，必須同步完成檔案更新過程。
只有試驗合格的修改項目才能投入使用。
