《國內水路運輸管理條例》是為規範國內水路運輸經營行為，維護國內水路運輸市場秩序，保障國內水路運輸安全，促進國內水路運輸業健康發展而制定的條例。由中華人民共和國國務院於2012年10月13日發布，自2013年1月1日起施行。
基本介紹
- 中文名：國內水路運輸管理條例
- 發布機構：中華人民共和國國務院
- 發布日期：2012年10月13日
- 實施日期：2013年1月1日
發布信息,修訂信息,法規全文,內容解讀,解讀一,解讀二,特殊實施,
發布信息
中華人民共和國國務院令
第625號
《國內水路運輸管理條例》已經2012年9月26日國務院第218次常務會議通過，現予公布，自2013年1月1日起施行。
總理 溫家寶
2012年10月13日
修訂信息
根據2016年2月6日中華人民共和國國務院令第666號發布的《國務院關於修改部分行政法規的決定》，對《國內水路運輸管理條例》第一次修訂：
將《國內水路運輸管理條例》第六條第一項、第二十六條第一項修改為：（一）取得企業法人資格。
2017年3月1日《國務院關於廢止和修改部分行政法規的決定》對《國內水路運輸管理條例》第二次修訂：
將《國內水路運輸管理條例》第十四條第三款修改為：海事管理機構在現場監督檢查時，發現從事水路運輸的船舶不能提供有效的船舶營運證件的，應當通知有關主管部門依法處理。
法規全文
第一章 總 則
第一條 為了規範國內水路運輸經營行為，維護國內水路運輸市場秩序，保障國內水路運輸安全，促進國內水路運輸業健康發展，制定本條例。
第二條 經營國內水路運輸以及水路運輸輔助業務，應當遵守本條例。
本條例所稱國內水路運輸（以下簡稱水路運輸），是指始發港、掛靠港和目的港均在中華人民共和國管轄的通航水域內的經營性旅客運輸和貨物運輸。
本條例所稱水路運輸輔助業務，是指直接為水路運輸提供服務的船舶管理、船舶代理、水路旅客運輸代理和水路貨物運輸代理等經營活動。
第三條 國家鼓勵和保護水路運輸市場的公平競爭，禁止壟斷和不正當競爭行為。
國家運用經濟、技術政策等措施，支持和鼓勵水路運輸經營者實行規模化、集約化經營，促進水路運輸行業結構調整；支持和鼓勵水路運輸經營者採用先進適用的水路運輸設備和技術，保障運輸安全，促進節約能源，減少污染物排放。
國家保護水路運輸經營者、旅客和貨主的合法權益。
第四條 國務院交通運輸主管部門主管全國水路運輸管理工作。
縣級以上地方人民政府交通運輸主管部門主管本行政區域的水路運輸管理工作。縣級以上地方人民政府負責水路運輸管理的部門或者機構（以下統稱負責水路運輸管理的部門）承擔本條例規定的水路運輸管理工作。
第五條 經營水路運輸及其輔助業務，應當遵守法律、法規，誠實守信。
國務院交通運輸主管部門和負責水路運輸管理的部門應當依法對水路運輸市場實施監督管理，對水路運輸及其輔助業務的違法經營活動實施處罰，並建立經營者誠信管理制度，及時向社會公告監督檢查情況。
第二章 水路運輸經營者
第六條 申請經營水路運輸業務，除本條例第七條規定的情形外，申請人應當符合下列條件：
（一）取得企業法人資格；
（二）有符合本條例第十三條規定的船舶，並且自有船舶運力符合國務院交通運輸主管部門的規定；
（三）有明確的經營範圍，其中申請經營水路旅客班輪運輸業務的，還應當有可行的航線營運計畫；
（四）有與其申請的經營範圍和船舶運力相適應的海務、機務管理人員；
（五）與其直接訂立勞動契約的高級船員占全部船員的比例符合國務院交通運輸主管部門的規定；
（六）有健全的安全管理制度；
（七）法律、行政法規規定的其他條件。
第七條 個人可以申請經營內河普通貨物運輸業務。
申請經營內河普通貨物運輸業務的個人，應當有符合本條例第十三條規定且船舶噸位不超過國務院交通運輸主管部門規定的自有船舶，並應當符合本條例第六條第六項、第七項規定的條件。
第八條 經營水路運輸業務，應當按照國務院交通運輸主管部門的規定，經國務院交通運輸主管部門或者設區的市級以上地方人民政府負責水路運輸管理的部門批准。
申請經營水路運輸業務，應當向前款規定的負責審批的部門提交申請書和證明申請人符合本條例第六條或者第七條規定條件的相關材料。
負責審批的部門應當自受理申請之日起30個工作日內審查完畢，作出準予許可或者不予許可的決定。予以許可的，發給水路運輸業務經營許可證件，並為申請人投入運營的船舶配發船舶營運證件；不予許可的，應當書面通知申請人並說明理由。
第九條 各級交通運輸主管部門應當做好水路運輸市場統計和調查分析工作，定期向社會公布水路運輸市場運力供需狀況。
第十條 為保障水路運輸安全，維護水路運輸市場的公平競爭秩序，國務院交通運輸主管部門可以根據水路運輸市場監測情況，決定在特定的旅客班輪運輸和散裝液體危險貨物運輸航線、水域暫停新增運力許可。
採取前款規定的運力調控措施，應當符合公開、公平、公正的原則，在開始實施的60日前向社會公告，說明採取措施的理由以及採取措施的範圍、期限等事項。
第十一條 外國的企業、其他經濟組織和個人不得經營水路運輸業務，也不得以租用中國籍船舶或者艙位等方式變相經營水路運輸業務。
香港特別行政區、澳門特別行政區和台灣地區的企業、其他經濟組織以及個人參照適用前款規定，國務院另有規定的除外。
第十二條 依照本條例取得許可的水路運輸經營者終止經營的，應當自終止經營之日起15個工作日內向原許可機關辦理註銷許可手續，交回水路運輸業務經營許可證件。
第十三條 水路運輸經營者投入運營的船舶應當符合下列條件：
（一）與經營者的經營範圍相適應；
（二）取得有效的船舶登記證書和檢驗證書；
（三）符合國務院交通運輸主管部門關於船型技術標準和船齡的要求；
（四）法律、行政法規規定的其他條件。
第十四條 水路運輸經營者新增船舶投入運營的，應當憑水路運輸業務經營許可證件、船舶登記證書和檢驗證書向國務院交通運輸主管部門或者設區的市級以上地方人民政府負責水路運輸管理的部門領取船舶營運證件。
從事水路運輸經營的船舶應當隨船攜帶船舶營運證件。
海事管理機構在現場監督檢查時，發現從事水路運輸的船舶不能提供有效的船舶營運證件的，應當通知有關主管部門依法處理。
第十五條 國家根據保障運輸安全、保護水環境、節約能源、提高航道和通航設施利用效率的需求，制定並實施新的船型技術標準時，對正在使用的不符合新標準但符合原有標準且未達到規定報廢船齡的船舶，可以採取資金補貼等措施，引導、鼓勵水路運輸經營者進行更新、改造；需要強制提前報廢的，應當對船舶所有人給予補償。具體辦法由國務院交通運輸主管部門會同國務院財政部門制定。
第十六條 水路運輸經營者不得使用外國籍船舶經營水路運輸業務。但是，在國內沒有能夠滿足所申請運輸要求的中國籍船舶，並且船舶停靠的港口或者水域為對外開放的港口或者水域的情況下，經國務院交通運輸主管部門許可，水路運輸經營者可以在國務院交通運輸主管部門規定的期限或者航次內，臨時使用外國籍船舶運輸。
在香港特別行政區、澳門特別行政區、台灣地區進行船籍登記的船舶，參照適用本條例關於外國籍船舶的規定，國務院另有規定的除外。
第三章 水路運輸經營活動
第十七條 水路運輸經營者應當在依法取得許可的經營範圍內從事水路運輸經營。
第十八條 水路運輸經營者應當使用符合本條例規定條件、配備合格船員的船舶，並保證船舶處於適航狀態。
水路運輸經營者應當按照船舶核定載客定額或者載重量載運旅客、貨物，不得超載或者使用貨船載運旅客。
第十九條 水路運輸經營者應當依照法律、行政法規和國務院交通運輸主管部門關於水路旅客、貨物運輸的規定、質量標準以及契約的約定，為旅客、貨主提供安全、便捷、優質的服務，保證旅客、貨物運輸安全。
水路旅客運輸業務經營者應當為其客運船舶投保承運人責任保險或者取得相應的財務擔保。
第二十條 水路運輸經營者運輸危險貨物，應當遵守法律、行政法規以及國務院交通運輸主管部門關於危險貨物運輸的規定，使用依法取得危險貨物適裝證書的船舶，按照規定的安全技術規範進行配載和運輸，保證運輸安全。
第二十一條 旅客班輪運輸業務經營者應當自取得班輪航線經營許可之日起60日內開航，並在開航15日前公布所使用的船舶、班期、班次、運價等信息。
旅客班輪運輸應當按照公布的班期、班次運行；變更班期、班次、運價的，應當在15日前向社會公布；停止經營部分或者全部班輪航線的，應當在30日前向社會公布並報原許可機關備案。
第二十二條 貨物班輪運輸業務經營者應當在班輪航線開航的7日前，公布所使用的船舶以及班期、班次和運價。
貨物班輪運輸應當按照公布的班期、班次運行；變更班期、班次、運價或者停止經營部分或者全部班輪航線的，應當在7日前向社會公布。
第二十三條 水路運輸經營者應當依照法律、行政法規和國家有關規定，優先運送處置突發事件所需的物資、設備、工具、應急救援人員和受到突發事件危害的人員，重點保障緊急、重要的軍事運輸。
出現關係國計民生的緊急運輸需求時，國務院交通運輸主管部門按照國務院的部署，可以要求水路運輸經營者優先運輸需要緊急運輸的物資。水路運輸經營者應當按照要求及時運輸。
第二十四條 水路運輸經營者應當按照統計法律、行政法規的規定報送統計信息。
第四章 水路運輸輔助業務
第二十五條 運輸船舶的所有人、經營人可以委託船舶管理業務經營者為其提供船舶海務、機務管理等服務。
第二十六條 申請經營船舶管理業務，申請人應當符合下列條件：
（一）取得企業法人資格；
（二）有健全的安全管理制度；
（三）有與其申請管理的船舶運力相適應的海務、機務管理人員；
（四）法律、行政法規規定的其他條件。
第二十七條 經營船舶管理業務，應當經設區的市級以上地方人民政府負責水路運輸管理的部門批准。
申請經營船舶管理業務，應當向前款規定的部門提交申請書和證明申請人符合本條例第二十六條規定條件的相關材料。
受理申請的部門應當自受理申請之日起30個工作日內審查完畢，作出準予許可或者不予許可的決定。予以許可的，發給船舶管理業務經營許可證件，並向國務院交通運輸主管部門備案；不予許可的，應當書面通知申請人並說明理由。
第二十八條 船舶管理業務經營者接受委託提供船舶管理服務，應當與委託人訂立書面契約，並將契約報所在地海事管理機構備案。
船舶管理業務經營者應當按照國家有關規定和契約約定履行有關船舶安全和防止污染的管理義務。
第二十九條 水路運輸經營者可以委託船舶代理、水路旅客運輸代理、水路貨物運輸代理業務的經營者，代辦船舶進出港手續等港口業務，代為簽訂運輸契約，代辦旅客、貨物承攬業務以及其他水路運輸代理業務。
第三十條 船舶代理、水路旅客運輸代理業務的經營者應當自企業設立登記之日起15個工作日內，向所在地設區的市級人民政府負責水路運輸管理的部門備案。
第三十一條 船舶代理、水路旅客運輸代理、水路貨物運輸代理業務的經營者接受委託提供代理服務，應當與委託人訂立書面契約，按照國家有關規定和契約約定辦理代理業務，不得強行代理，不得為未依法取得水路運輸業務經營許可或者超越許可範圍的經營者辦理代理業務。
第三十二條 本條例第十二條、第十七條的規定適用於船舶管理業務經營者。本條例第十一條、第二十四條的規定適用於船舶管理、船舶代理、水路旅客運輸代理和水路貨物運輸代理業務經營活動。
國務院交通運輸主管部門應當依照本條例的規定製定水路運輸輔助業務的具體管理辦法。
第五章 法律責任
第三十三條 未經許可擅自經營或者超越許可範圍經營水路運輸業務或者國內船舶管理業務的，由負責水路運輸管理的部門責令停止經營，沒收違法所得，並處違法所得1倍以上5倍以下的罰款；沒有違法所得或者違法所得不足3萬元的，處3萬元以上15萬元以下的罰款。
第三十四條 水路運輸經營者使用未取得船舶營運證件的船舶從事水路運輸的，由負責水路運輸管理的部門責令該船停止經營，沒收違法所得，並處違法所得1倍以上5倍以下的罰款；沒有違法所得或者違法所得不足2萬元的，處2萬元以上10萬元以下的罰款。
從事水路運輸經營的船舶未隨船攜帶船舶營運證件的，責令改正，可以處1000元以下的罰款。
第三十五條 水路運輸經營者未經國務院交通運輸主管部門許可或者超越許可範圍使用外國籍船舶經營水路運輸業務，或者外國的企業、其他經濟組織和個人經營或者以租用中國籍船舶或者艙位等方式變相經營水路運輸業務的，由負責水路運輸管理的部門責令停止經營，沒收違法所得，並處違法所得1倍以上5倍以下的罰款；沒有違法所得或者違法所得不足20萬元的，處20萬元以上100萬元以下的罰款。
第三十六條 以欺騙或者賄賂等不正當手段取得本條例規定的行政許可的，由原許可機關撤銷許可，處2萬元以上20萬元以下的罰款；有違法所得的，沒收違法所得；國務院交通運輸主管部門或者負責水路運輸管理的部門自撤銷許可之日起3年內不受理其對該項許可的申請。
第三十七條 出租、出借、倒賣本條例規定的行政許可證件或者以其他方式非法轉讓本條例規定的行政許可的，由負責水路運輸管理的部門責令改正，沒收違法所得，並處違法所得1倍以上5倍以下的罰款；沒有違法所得或者違法所得不足3萬元的，處3萬元以上15萬元以下的罰款；情節嚴重的，由原許可機關吊銷相應的許可證件。
偽造、變造、塗改本條例規定的行政許可證件的，由負責水路運輸管理的部門沒收偽造、變造、塗改的許可證件，處3萬元以上15萬元以下的罰款；有違法所得的，沒收違法所得。
第三十八條 水路運輸經營者有下列情形之一的，由海事管理機構依法予以處罰：
（一）未按照規定配備船員或者未使船舶處於適航狀態；
（二）超越船舶核定載客定額或者核定載重量載運旅客或者貨物；
（三）使用貨船載運旅客；
（四）使用未取得危險貨物適裝證書的船舶運輸危險貨物。
第三十九條 水路旅客運輸業務經營者未為其經營的客運船舶投保承運人責任保險或者取得相應的財務擔保的，由負責水路運輸管理的部門責令限期改正，處2萬元以上10萬元以下的罰款；逾期不改正的，由原許可機關吊銷該客運船舶的船舶營運許可證件。
第四十條 班輪運輸業務經營者未提前向社會公布所使用的船舶、班期、班次和運價或者其變更信息的，由負責水路運輸管理的部門責令改正，處2000元以上2萬元以下的罰款。
第四十一條 旅客班輪運輸業務經營者自取得班輪航線經營許可之日起60日內未開航的，由負責水路運輸管理的部門責令改正；拒不改正的，由原許可機關撤銷該項經營許可。
第四十二條 水路運輸、船舶管理業務經營者取得許可後，不再具備本條例規定的許可條件的，由負責水路運輸管理的部門責令限期整改；在規定期限內整改仍不合格的，由原許可機關撤銷其經營許可。
第四十三條 負責水路運輸管理的國家工作人員在水路運輸管理活動中濫用職權、玩忽職守、徇私舞弊，不依法履行職責的，依法給予處分。
第四十四條 違反本條例規定，構成違反治安管理行為的，依法給予治安管理處罰；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
第六章 附 則
第四十五條 載客12人以下的客運船舶以及鄉、鎮客運渡船運輸的管理辦法，由省、自治區、直轄市人民政府另行制定。
第四十六條 本條例自2013年1月1日起施行。1987年5月12日國務院發布的《中華人民共和國水路運輸管理條例》同時廢止。
內容解讀
解讀一
2012年10月13日，溫家寶總理簽署國務院令，公布了《國內水路運輸管理條例》（以下簡稱條例）。條例自2013年1月1日起施行。日前，記者就條例有關問題採訪了國務院法制辦和交通運輸部負責人。
制定原因
水路運輸具有運量大、成本低、污染少等特點，對於大宗物資的遠距離運輸發揮著不可替代的作用，需要大力發展。
國務院1987年發布施行的《中華人民共和國水路運輸管理條例》對推動國內水路運輸的發展發揮了積極作用，但其中不少規定已明顯不適應社會主義市場經濟發展和轉變政府職能的要求，實際已不適用；條文的規定也過於粗略，可操作性不強。為了建立健全與社會主義市場經濟發展要求相適應的水路運輸市場法律制度，依法規範水路運輸經營活動，促進水路運輸業健康發展，經廣泛調查研究，總結實踐經驗，制定了新的國內水路運輸管理條例。
水路運輸經營活動應遵守的規定
按照條例的規定，從事水路運輸經營活動應當遵守的規定主要包括：
（一）遵守有關市場準入的規定。為了從源頭上保障水路運輸活動的安全有序進行，條例規定，申請從事水路運輸經營業務，應當在船舶性能、船員資質和安全管理制度等方面符合規定的標準和條件，經交通運輸主管部門審查合格，發給水路運輸經營許可證件後，方可在許可範圍內從事相應的水路運輸經營活動。條例對申請從事經營水路運輸活動應具備的條件和交通運輸主管部門的審批程式、時限等作了明確規定。
（二）遵守有關規範水路運輸經營行為的規定。為維護水路運輸市場的正常秩序，保障運輸過程中的安全，維護旅客、貨主的合法權益，條例從水路運輸經營者在保證船舶適航，禁止超載運輸，按照有關規定和契約約定為旅客提供良好服務並保證旅客運輸安全，遵守有關危險貨物運輸的規定，履行班輪運輸的相關義務，以及依法優先運送處置突發事件所需物資，重點保障緊急、重要的軍事運輸和關係國計民生的緊急運輸等方面，對水路運輸經營者應當遵守的經營行為規範作了明確規定。
當然，從事水路運輸活動還應嚴格遵守有關海上交通安全、內河交通安全、船舶管理、船員管理以及反不正當競爭等法律、行政法規的規定，切實做到依法經營。
調控措施
水路運輸市場的資源配置，應當主要由市場機制發揮作用。對市場機制不能有效發揮作用，確需政府採取必要調控措施的，應當規範化、制度化，做到公開、公平、公正。總結近年來為維護國內水路運輸市場秩序，保障航道資源合理有效利用而採取必要調控措施的成功經驗，條例就交通運輸主管部門可以對水路運輸市場採取的調控措施作了規定：
解讀二
2012年10月13日，國務院第625號令公布了《中華人民共和國國內水路運輸管理條例》（以下簡稱《條例》），並將於2013年1月1日起施行。《條例》的頒布施行，是我國水路運輸行業的一件大事，是水運法治建設又一重要成果，對於促進水運行業管理轉型，推動水運行業科學發展、安全發展，將起到十分重要的積極作用。下面我就《條例》作一解讀：
- 修訂《條例》的必要性
原《中華人民共和國水路運輸管理條例》（以下簡稱原《條例》）施行於1987年，反映了我國水路運輸市場在改革開放之初的發展特點和管理要求，對推動國內水路運輸市場的發展發揮了重要作用。但也存在不能適應經濟社會發展和法治建設新要求的問題，一是原《條例》的許多條款帶有較濃的計畫經濟色彩，限制了市場發揮資源配置的調節功能；二是原《條例》設定的行政許可項目多，許可條件不明確，程式相對複雜，行政處罰的種類、幅度設定不盡合理，不符合《行政許可法》和《行政處罰法》規定和執法實踐的要求；三是原《條例》缺乏完備的市場監管制度；四是原《條例》的規定基本沒有涉及水路運輸安全管理、節能減排、運力調控等內容。新時期，水運發展面臨新形勢、新要求。交通運輸部黨組確定了"十二五"交通運輸發展的總體思路，加快轉變水運發展方式，大力發展現代交通運輸業，這是當前和今後一個時期交通運輸發展的重大戰略任務。修訂《條例》，充分發揮水運在構建資源節約型、環境友好型社會的優勢地位和作用，為水運科學發展提供法制保障。
- 修訂《條例》的基本原則
（一）變革管理方式，創新管理手段，提升公共管理水平
為適應社會主義市場經濟條件下水路運輸市場的發展需求，交通運輸主管部門在變革管理理念、管理方式、管理手段等方面進行了積極的探索和完善。《條例》總結這些經驗，並將其制度化、法制化。一是減少行政許可事項，將船舶代理、水路旅客運輸代理和水路貨物運輸代理改為備案制，建立了動態監管制度、市場退出機制，體現了從"重審批，輕監管"向加強市場監管的轉變；二是取消了對市場主體自主經營行為的干預，建立了運力巨觀調控制度，體現了由微觀管理向巨觀管理的轉變；三是規定了國家運用經濟、技術政策等措施，支持和鼓勵經營者實行規模化、集約化經營，促進水運行業調整，體現了由運用行政手段直接管理向運用經濟、技術、法律手段間接管理的轉變；四是規定了各級交通運輸主管部門進行市場統計、調查分析並定期向社會公布的職責，體現了由重管理向重服務的轉變。
（二）促進水運行業結構調整，推動水路運輸科學發展
當前和今後一個時期，我國經濟發展受資源、環境的約束增強，產業轉移和經濟結構轉型加快。水運行業面臨各種風險和挑戰，需要我們加快轉變水運發展方式，加快結構調整步伐，實現由傳統產業向現代水路交通運輸業的轉型。《條例》在"總則"中規定，"國家運用經濟、技術政策等措施，支持和鼓勵水路運輸經營者實行規模化、集約化經營，促進水路運輸行業結構調整；支持和鼓勵水路運輸經營者採用先進適用的水路運輸設備和技術，保障運輸安全，促進節約能源，減少污染物排放。"此外，還在市場準入、船型標準化等方面做出了具體規定。這些規定有利於積極推進水運結構調整，實現水運發展的速度、質量、結構、效益相統一，增強水運全面、協調、可持續發展的能力。
（三）健全水運市場監管長效機制，維護水運市場秩序
《條例》著力加強了對水運市場的監管，明確了水路運輸管理機構的執法主體資格，以充分發揮其在市場監督檢查方面的作用；建立了經營資質動態監管制度、誠信管理制度、公平競爭制度、服務質量管理制度等市場監管制度，以保證對市場監管的全面性和有效性；科學設定了行政處罰種類和處罰幅度，建立市場退出機制，以強化行政執法手段、加大市場監管力度。
（四）深入推進依法行政，建設服務政府、責任政府
建設服務政府、責任政府是堅持依法行政，深入推進法治政府建設的必然要求。《條例》體現《立法法》、《行政許可法》等法律精神，通過明確行政許可程式、確立水路運輸管理機構的執法主體資格、設立水路運輸管理部門進行市場監測及定期公告等義務，強化了水路運輸管理部門提供公共服務的法定職責，進一步規範了行政管理行為，貫徹了高效、便民的管理原則。
- 《條例》修訂的主要思路
《條例》修訂以科學發展觀為指導，適應經濟社會發展需要，充分發揮市場配置資源的基礎作用，進一步強化政府巨觀能管住、微觀搞活的作用。主要內容圍繞規範市場準入，加強市場監管，提升管理能力和水平這一主線，通過完善水路運輸及其輔助市場準入的條件和程式，建立市場動態監管及退出機制，規範水路運輸及其輔助業務經營者的經營行為，強化市場主體的安全保障義務和優質服務意識，明確水路運輸管理部門的各項權利、義務和責任等，保障和促進國內水路運輸業的健康、安全發展。
《條例》共6章46條，各章分別是總則、水路運輸經營者、水路運輸經營活動、水路運輸輔助業務、法律責任、附則。
- 《條例》的主要制度
《條例》主要明確了以下十項制度：
（一）確立了水路運輸管理機構的法律地位
各級水路運輸管理機構20多年來一直承擔著大量的一線水運執法工作。但由於其法律地位不夠明確，水路運輸管理機構的作用沒有能夠充分發揮，一定程度上影響了水路運輸管理工作的順利開展和水運執法的效果。《條例》規定："縣級以上地方人民政府負責水路運輸管理的部門或者機構（以下統稱負責水路運輸管理的部門）承擔本條例規定的水路運輸管理工作"。其中的"機構"指的就是各級水路運輸管理機構。這一規定，明確了水路運輸管理機構的行政執法主體資格，直接授予各級水路運輸管理機構在行政許可、行政處罰等方面的執法許可權，有力地保證了水路運輸市場監管的全面性和有效性。今後，縣級以上地方人民政府交通運輸主管部門設立水路運輸管理機構的，水路運輸管理機構可以負責具體實施水路運輸管理工作。
（二）精簡行政許可制度
本著精簡行政許可，規範許可程式的原則，《條例》取消了船舶代理、水路旅客運輸代理和水路貨物運輸代理三個許可項目，僅保留了水路運輸經營許可、船舶管理經營許可、外國籍船舶臨時經營中國沿海運輸許可；許可條件更加科學化，取消了可以由市場主體自主決定的事項，如是否具有穩定客源、貨源等，在條件設定上著眼於經營能力、人員條件、安全制度、公共利益保護等；明確規定許可程式，列明許可實施期限，許可證件發放程式；規定許可實施主體為交通運輸部或者設區的市級以上人民政府負責水路運輸管理的部門或者機構，具體的許可權劃分授權由交通運輸部以部門規章的形式規定。
（三）新設運力巨觀調控制度
《條例》在行政法規層面首次對水運巨觀調控措施進行了確認，並規範了適用巨觀調控措施的原則、主體、依據、範圍、手段和形式。規定"為保障水路運輸安全，維護水路運輸市場的公平競爭秩序，國務院交通運輸主管部門可以根據水路運輸市場監測情況，決定在特定的旅客班輪運輸和散裝液體危險貨物運輸航線、水域暫停新增運力許可。"通過這一運力調控舉措，引導水運市場運力的有序投放，達到水運市場供需基本平衡的目的。
（四）新設節能減排、結構調整政策
為貫徹國家建設資源節約型、環境友好型社會的要求，《條例》明確規定，國家支持和鼓勵水路運輸經營者實行規模化、集約化經營，促進水路運輸行業結構調整；支持和鼓勵水路運輸經營者採用先進適用的水路運輸設備和技術，保障運輸安全，節約能源 ，減少污染物排放。制定並實施新的船型技術標準時，對正在使用的不符合新標準但符合原有標準且未達到規定報廢船齡的船舶，可以採取資金補貼等措施，引導、鼓勵水路運輸經營者進行更新、改造；需要強制提前報廢的，應當對船舶所有人給予補償。這項制度，對於最佳化水路運力結構、節約能源、保護水環境、提高航道和通航設施利用效率、保障水運安全將發揮積極作用。
（五）新設誠信管理制度
為貫徹落實黨和政府關於建立、完善市場信用體系的部署，進一步規範市場經營行為，保障良好的水運市場秩序和水運行業健康、持續發展，《條例》確立了經營水路運輸及其輔助業務應當依法經營、誠實守信的原則，並要求國務院交通運輸主管部門和負責水路運輸管理的部門"建立經營者誠信管理制度，及時向社會公告監督檢查情況"。全面建立水路運輸市場誠信管理制度，推動水運市場誠信體系建設，對於改進市場監管手段，促進市場經營主體自律，形成有效的市場約束，將起到非常重要的作用。
（六）新設服務質量管理制度
《條例》建立了服務質量管理制度，要求水路運輸經營者應當依照法律、行政法規和國務院交通運輸主管部門關於水路旅客、貨物運輸的規定、質量標準以及契約的約定，為旅客、貨主提供安全、便捷、優質的服務，保證旅客、貨物運輸安全；設定了旅客班輪運輸和貨物班輪運輸的信息發布制度，要求旅客班輪運輸業務經營者和貨物班輪運輸業務經營者應當在規定的時間範圍內公布所使用的船舶、班期、班次、運價等信息，並且及時提前向社會公布變更班期、班次、運價或者停止經營部分或者全部班輪航線的信息，保障旅客、貨主的知情權。這些規定有利於提高水路運輸經營者安全意識和服務意識，維護旅客、貨主的合法權益。
（七）新設應急運輸保障制度
應急運輸保障是水路運輸業務經營者一項重要的法定義務。《條例》要求水路運輸業務經營者應當依照法律、行政法規和國家有關規定，優先運送處置突發事件所需的物資、設備、工具、應急救援人員和受到突發事件危害的人員，重點保障緊急、重要的軍事運輸。當出現關係國計民生的緊急運輸需求時，按照國務院的部署，水路運輸經營者應當優先運輸需要緊急運輸的物資。
（八）健全市場動態監管和退出機制
（九）保留國內水路運輸市場保護制度
為保障國家安全，保護國內水路運輸權，參照國際通行做法，《條例》對外國企業、其他經濟組織和個人從事國內水路運輸做了禁止性規定，對外國籍船舶做了較為嚴格的限制性規定，並對外國籍船舶非法從事國內水路運輸（包括捎帶）規定了嚴厲的處罰條款。
（十）新設客運船舶強制保險制度
為提高客運市場準入門檻，提高客運經營安全水平，保障旅客受損權益得到有效補償，《條例》規定，水路旅客運輸經營者應當為其客運船舶投保承運人責任險或者取得相應的財務擔保。
特殊實施
為支持海南全面深化改革開放，推動中國（海南）自由貿易試驗區試點政策落地，國務院決定，即2020年6月18日起至2024年12月31日，在中國（海南）自由貿易試驗區暫時調整實施《國內水路運輸管理條例》的有關規定（目錄見附屬檔案）。
