基本介紹
- 中文名：RNA資料庫
- 外文名：RNA database
- 類型：計算機科學
- 學科：跨學科
- 性質：資料庫
- 內容：NONCODE、starBase、miRbase
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RNA分類及作用
三種常見的RNA
1、mRNA 信使RNA 功能：蛋白質合成的直接模板
2、tRNA 轉運RNA 功能：胺基酸的運載體
3、rRNA 核糖體RNA 功能：核糖體的組成成分，蛋白質的合成場所
其他小分子RNA
1、hnRNA 核內不均一RNA 成熟mRNA的前提
2、snRNA 核內小RNA 參與hnRNA的剪接與轉運
3、snoRNA 核仁小RNA rRNA的加工與修飾
4、scRNA/7SL-RNA 胞質小RNA 蛋白質內置為定位合成信號識別體組成成分
5、siRNA 小的干擾RNA siRNA在RNA沉寂通道中起中心作用，是對特定信使RNA（mRNA）進行降解的指導要素
RNA資料庫
NONCODE
1、NONCODE科學資料庫是中國科學院計算技術研究所生物信息學研究組和中國科學院生物物理研究所生物信息學實驗室共同開發和維護的一個提供給科學研究人員分析非編碼RNA基因的綜合數據平台。
2、長短不一、結構各異的非編碼 RNA 在生物體中發揮著各種不同功能，如 snRNA參與 mRNA 剪接、 snoRNA 參與rRNA 的甲基化和假尿嘧啶化加工、 gRNA 參與RNA 編輯、SRP-RNA 參與蛋白質的細胞定位、端粒 RNA參與 DNA端粒合成並影響細胞的壽命、 tmRNA 參與終止受損的mRNA 的蛋 白質合成過程、Xist 能使X染色體失活、piRNA參與調控染色體表觀遺傳修飾等。
starBase
一個高通量實驗數據CLIP-Seq（或稱為HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解組測序數據支持的microRNA靶標資料庫,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA和RNA-protein等的調控關係。整合和構建多個流行的靶標預測軟體的交集和調控關係。
miRbase
microRNA是基因注釋資料庫。miRBase資料庫檢索資料庫發表的miRNA序列和注釋。在miRBase序列資料庫的每個條目代表一個預測的miRNA轉錄髮夾部分在成熟的miRNA序列的位置和序列信息。
