黃憲達教授擔任香港中文大學（深圳）生命與健康科學學院與瓦謝爾計算生物研究院教授，生物信息學專業負責人，並擔任瓦謝爾計算生物研究院執行院長。他畢業於台灣中央大學資訊工程學系博士（2003），此前為台灣交通大學生物科技學系講座教授，曾任職台灣交通大學生物科技學系主任及生物科技學院副院長、台灣生物資訊學會理事長及台灣教育部五年五百億計畫交大生物資訊中心主任。
基本介紹
人物經歷,學術研究,學術論著,代表論文,主要成就,科研綜述,社會任職,獲獎記錄,
人物經歷
黃憲達教授擔任香港中文大學（深圳）生命與健康科學學院與瓦謝爾計算生物研究院教授。他畢業於台灣中央大學資訊工程學系博士（2003），此前為台灣交通大學生物科技學系講座教授，曾任職台灣交通大學生物科技學系主任及生物科技學院副院長、台灣生物資訊學會理事長及台灣教育部五年五百億計畫交大生物資訊中心主任。
他的學術生涯表現優異，發表研究論文質量高、數量多及被引用次數高。曾獲得中國台灣地區科技部吳大猷先生紀念獎，中國台灣地區科技傑出研究獎兩次（2010年及2015年）。
學術研究
黃憲達教授的研究主要集中在計算生物、生物信息、基因體學、巨觀基因體學、智慧型生醫科技（藥物設計、基因檢測、精準醫療）、生物資料庫設計與開發等領域。
黃憲達教授所開發的MicroRNA資料庫（miRTarBase），為國際認可匯集最完整數據之微小RNA生物資料庫，已廣為全世界科學家所使用，其中主要為來自美國、中國、日本、德國、與英國等，相關論文被引用次數達2000次以上，黃教授的研究在生命科學與生物醫藥領域有重大影響。
學術論著
黃憲達教授總計發表超過130篇論文，其中 SCI Impact Factor 超過10.0 以上者達40篇，其中高聲望期刊包含Science, Nucleic Acids Research、Hepatology、PLoS Biology、J. of Clinical Investigation、Circulation、Biomaterial, Oncogene, Nature Immunology與Molecular Cell等。若使用一些客觀數據來評量黃教授的研究成果，有十三篇以上的高引用論文（SCI Highly-cited papers）、H-index 為41、總引用次數超過6,000次（Web of Science）與9,800次 （Google Scholar）。
研調機構科睿唯安（Clarivate Analytics）公布「2019年高被引學者名錄（Highly Cited Researchers）」，自全球各領域中選出備受肯定的自然科學家與社會科學家，黃憲達教授獲選為高被引學者，黃憲達教授的多篇高被引論文被引用次數字於同學科的前1%，顯示對科研同儕的重要學術影響力。
代表論文
1. miRTarBase update 2018: a resource for experimentally validated microRNA-target interactions. （2018） Nucleic Acids Res., Vol. 46, D1, pp. D296-D302. （SCI, highly-cited paper）
2. Plants send small RNAs in extracellular vesicles to fungal pathogen to silence virulence genes. （2018） Science, Vol. 360, No. 6393, pp. 1126-1129.
3. MicroRNA-224 down-regulates Glycine N-methyltransferase gene expression in Hepatocellular Carcinoma. （2018） Scientific Report, Vol.8, No.1, pp.12284.
4.Large-Scale Functional Analysis of CRP-Mediated Feed-Forward Loops. （2018） Int. J. Mol. Sci., Vol. 19, No.8, pp. E2335.
5.Ouroboros resembling competitive endogenous loop （ORCEL） in circular RNAs revealed through transcriptome sequencing dataset analysis. （2018） BMC Genomics, Vol.19 （Suppl. 2）, pp.171.
6.MicroRNA-92a Mediates Endothelial Dysfunction in CKD. （2017） J. Am Soc. Nephrology, Vol. 28, No. 11, pp. 3251-3261.
7.α-ketoglutarate orchestrates macrophage activation through metabolic and epigenetic reprogramming. （2017） Nature Immunology, Vol. 18, No. 9, pp. 985-994.
8.Bidirectional cross-kingdom RNAi and fungal uptake of external RNAs confer plant protection. （2016） Nature Plants, Vol. 2, pp. 16151. （SCI, highly-cited paper）
9.Krüppel-Like Factor 4 Regulation of Cholesterol-25-Hydroxylase and Liver X Receptor Mitigates Atherosclerosis Susceptibility. （2017） Circulation, Vol. 136, No. 14, pp. 1315-1330.
10.dbPTM 2016: 10-year anniversary of a resource for post-translational modification of proteins. （2016） Nucleic Acids Research, Vol. 44, D1, pp. D435-46.
11.miRTarBase 2016: updates to the experimentally validated miRNA-target interactions database. （2016） Nucleic Acids Research, Vol. 44, D1, pp. D239-47. （SCI, highly-cited paper）
12.PlantPAN 2.0: an update of plant promoter analysis navigator for reconstructing transcriptional regulatory networks in plants. （2016） Nucleic Acids Research, Vol. 44, D1, pp. D1154-60.
13.CircNet: a database of circular RNAs derived from transcriptome sequencing data. （2016） Nucleic Acids Research, Vol. 44, D1, pp. D209-15. （SCI, highly-cited paper）
14.MethHC: a database of DNA methylation and gene expression in human cancer. （2015） Nucleic Acids Research, Vol. 43 （Database issue）, pp. D856-61.
15.Oxidative stress activates endothelial innate immunity via sterol regulatory element binding protein 2 （SREBP2） transactivation of microRNA-92a. （2015） Circulation, Vol. 131, No. 9, pp. 805-14.
16.The effects of actin cytoskeleton perturbation on keratin intermediate filament formation in mesenchymal stem/stromal cells. （2014） Biomaterials, Vol. 35, No. 13, pp. 3934-44.
17.miRTarBase update 2014: an information resource for experimentally validated miRNA-target interactions. （2014） Nucleic Acids Research, Vol. 42, pp. D78-85. （SCI, highly-cited paper）
18.COL11A1 Promotes Tumor Progression, and Predicts Poor Clinical Outcome in Ovarian Cancer. （2013） Oncogene, Vol. 33, No. 26, pp. 3432-40.
19.Transcribed pseudogene ψPPM1K generates endogenous siRNA to suppress oncogenic cell growth in hepatocellular carcinoma. （2013） Nucleic Acids Research, Vol. 41, No. 6, pp. 3734-47.
20.Sterol Regulatory Element Binding Protein 2 Activation of NLRP3 Inflammasome in Endothelium Mediates Hemodynamic-Induced Atherosclerosis Susceptibility. （2013） Circulation, Vol. 128, No. 6, pp. 632-42.
21.Hypoxia-responsive miRNAs target argonaute 1 to promote angiogenesis. （2013） Journal of Clinical Investigation, Vol. 123, No. 3, pp. 1057-67.
22.Fungal small RNAs as novel effectors to suppress plant immunity by hijacking the host RNAi machinery. Science, Vol. 342, No. 6154, pp. 118-123. （SCI, highly-cited paper）
23.MicroRNA-122 plays a critical role in liver homeostasis and hepatocarcinogenesis. （2012） Journal of Clinical Investigation, Vol. 122, No. 8, pp. 2884-97. （SCI, highly-cited paper）
24.Let-7b is a novel regulator of hepatitis C virus replication. （2012） Cellular and Molecular Life Sciences, Vol. 69, No. 15, pp. 2621-33.
25.Clusters of nucleotide substitutions and insertion/deletion mutations are associated with repeat sequences. （2011） PLoS Biology, Vol. 9, No. 6, e1000622.
26.RegPhos: a system to explore the protein kinase-substrate phosphorylation network in humans. （2011） Nucleic Acids Research, Vol.39, pp. D777-87.
27.miRTarBase: a database curates experimentally validated microRNA-target interactions. （2011） Nucleic Acids Research, Vol.39, pp. D163-9. （SCI, highly-cited paper）
28.miR-103/107 promote metastasis of colorectal cancer by targeting the metastasis suppressors DAPK and KLF4. （2012） Cancer Research, Vol. 72, No. 14, pp. 3631-41. （SCI, highly-cited paper）
29.Identifying transcriptional start sites of human microRNAs based on high-throughput sequencing data. （2011） Nucleic Acids Research, Vol. 39, No. 21, pp.9345-9356.
30.Arabidopsis Argonaute 2 Regulates Innate Immunity via miRNA393*-Mediated Silencing of a Golgi-Localized SNARE Gene, MEMB12. （2011） Molecular Cell, Vo. 42, No. 3, pp. 356-366.
31.Flow-regulation of Krüppel-like Factor 2 Is Mediated by MicroRNA-92a （2011） Circulation, Vol. 124, No. 5, pp. 633-41.
32.MicroRNA-122, a tumor suppressor microRNA that regulates intrahepatic metastasis of hepatocellular carcinoma. （2009） Hepatology, Vol. 49, No. 5, pp. 1571-82. （SCI, highly-cited paper）
主要成就
科研綜述
● 生物信息跨領域合作：以生物信息為基礎、經實驗驗證、探索生物機制。
黃教授的研究理念在於成功結合Dry lab. work 和Wet lab. work 於生命科學研究上。他致力於運用信息科學及生命科學（Life Science）的研究課題和探索生命科學上未知的知識。因此，他積極開發了許多有用及重要的生物資料庫（Biological databases）與分析工具（Biological analyzing tools），提供給國內及全世界的生命科學及醫學研究者使用。
●MicroRNA領域研究：國際認可匯集最完整數據的微小RNA生物資料庫
微小核糖核酸MicroRNA （miRNA），是一個可由生物體內自行合成的小片段核糖核酸且不會編碼出任何蛋白質，長度約為22鹼基對（base pair）；可以透過與標靶基因轉錄出的訊息核糖核酸（mRNA） 結合，使的訊息核糖核酸被降解，也可以透過阻擋蛋白質轉譯而抑制基因的表現。黃教授的研究團隊，建立一系列miRNA相關生物信息研究資源，提供給全世界生物學家運用及引用。
黃憲達教授（Hsu Sheng-Da）所開發的MicroRNA資料庫，包含多方面的研究成果。開發了一個完整的資料庫miRNAMap，包含miRNA基因、miRNA目標以及miRNA與miRNA目標之間的關係。從人、小鼠、大鼠和狗四種哺乳動物基因組中獲得已知的miRNA基因，並在文獻綜述中進行了實驗驗證。本研究成果對於miRNA基因調控的研究，有很大的幫助。
1. miRTarBase: 最完整收錄實驗驗證miRNA-target互動作用之資料庫（Nucl Acids Res, 大於 800 citations） selected as highly-cited paper.
2. miRNAMap: 用於存儲已知的miRNA基因、推測的miRNA基因、已知的miRNA目標和可能的miRNA目標。（Nucl Acids Res）, （228 citations）
3. miRExpress: 運用高通量定序於microRNA之分析工具（BMC Bioinformatics）, （85 citations）
4. ViTa: 首次收錄宿主miRNA與相關病毒基因之間的調控關係之資料庫（Nucl Acids Res）, （83 citations）
miRTarBase 為全世界收集最完整miRNA-target interaction之資料庫，廣為生物學家所使用及引用。其它生物信息研究工具及資料庫被引用次數亦持續增加，例如miRNAMap已被引用228次，miRExpress被引用85次，以及ViTa被引用83次。
●微小核醣核酸（microRNA/miRNA）在疾病與癌症中扮演重要調控角色。
黃憲達教授所主持的研究團隊，運用所建立之生物信息庫與生物信息分析工具，與UCSD生物學家合作，進行跨領域合作，獲得許多具高影響力（High Impact）之研究成果。值得一提的是，針對miRNA-122進行研究，發現miR-122在肝癌中扮演極為重要的功能（J. of Clinical Investigation, 122（8）:2884-97, （IF =12.789Top 2%, Rank=4/128）），已被引用289次，對於提升國內肝癌研究貢獻卓著。相關研究論文（Hepatology）已被引用300多次，亦獲選為highly-cited論文，足見此重要發現之影響力（Impact），上述研究論文黃教授皆為共同聯絡作者。
社會任職
時間 | 擔任職務 | 參考資料 |
2010.02 | 中國台灣交通大學教授 | - |
2009.10-2016.07 | 中國台灣交通大學系主任 | - |
2014.08 | 中國台灣交通大學副院長 | - |
2010年 | 康健基因創辦人 | - |
2018年 | 香港中文大學（深圳）生命與健康科學學院與瓦謝爾計算生物研究院教授 | - |
獲獎記錄
黃憲達教授獲得台灣科技部傑出研究獎二次（2010, 2015），吳大猷先生紀念獎-優秀年輕學者（2009）。2018年獲選為國家長期項目特聘專家。
