基本介紹
- 中文名：菌種鑑定
- 外文名：Species identification
- 常規鑑定：形態特徵和理化特性
- 功能鑑定：技術分析等
- 其他手段：可根據特殊要求提供相應的服務
- 方法：只要提取基因組DNA
簡介,鑑定手段,常規鑑定,自動鑑定,分子生物學鑑定,API細菌鑑定,功能鑑定,
簡介
菌種鑑定一般就只要提取基因組DNA，然後PCR擴增16s rDNA片段，上GeneBank或者Eztaxon對比即可。一般序列相似度在99%以上就可以認為是同一個種細菌（當然也有例外，DNA序列僅僅是一個參考指標）。
鑑定手段
常規鑑定
自動鑑定
BIOLOG鑑定系統以微生物對不同碳源的利用情況為基礎，檢測微生物的特徵指紋圖譜，建立與微生物種類相對應的資料庫。通過軟體將待測微生物與資料庫參比，得出鑑定結果。該系統已獲美國FDA認可，已逐步套用於食品和飲品企業、環保、海洋生物/水產品、製藥、農業微生物、生物治理、化妝品、臨床等領域的微生物鑑定試驗中。
分子生物學鑑定
套用分子生物學方法從遺傳進化角度闡明微生物種群之間的分類學關係，是微生物分類學研究普遍採用的鑑定方法。分子生物學實驗室，配有PCR儀、高速冷凍離心機、電泳儀、HPLC、凝膠成像系統、紫外控溫分析系統等先進儀器設備，以及DNAMAN、BIOEDIT、CLUSTALX、TREEVIEW等序列分析軟體。採用核酸序列分析法分析細菌16S rDNA/16S-23S rDNA區間序列、酵母18S rDNA/26S rDNA（D1/D2）序列及絲狀真菌的18S rDNA/ ITS1-5.8S-ITS2序列，提供科學的鑑定結果。
API細菌鑑定
API鑑定系統涵蓋15個鑑定系列，約有1000種生化反應，已可鑑定超過600種的細菌。鑑定過程中，可根據細菌所屬類群選擇適當的生理生化鑑定系列，通過軟體將待測細菌與資料庫參比，得出鑑定結果。 CICC可套用API 50CH系列、API 20 E系列、API Staph系列對乳酸桿菌（Lactobacillus sp.）和相關細菌、芽孢桿菌（Bacillus sp.）、葡萄球菌屬（Staphylococcus sp.）、微球菌屬（Micrococcus sp.）和庫克菌屬（Locuria sp.）進行鑑定。
功能鑑定
功能性分析及功能基因CICC不斷致力於工業微生物資源的功能及其功能基因研究，通過木聚糖酶、纖維素酶、葡萄糖異構酶、β-甘露聚糖酶等功能基因的克隆進行菌種產酶的功能性分析。套用gyrA、atpD及pheS等看家基因於微生物菌種鑑定，在某些種、亞種、株間有較好的分辨效果。
RAPD、SSCP技術 隨著微生物菌種套用的進一步發展，在食品安全管理、生物產品出口認證、智慧財產權保護等行業需求日益增加，微生物菌種株水平的鑑別技術成為一個迫切需要解決的問題。 CICC採用隨機擴增多態性DNA（Randomly amplified polymorphism DNA，RAPD）技術和單鏈構象多態性(Single Strand Conformation Polymorphism，SSCP）技術對微生物菌株進行鑑別。如採用RAPD技術能夠對同一菌種原始菌株與誘變菌株進行鑑別，對誘變菌株智慧財產權保護具有重要意義；採用SSCP技術進行工業酒精酵母菌株的鑑別，此技術結合菌株發酵特性，在酒類生產的質量控制方面起到積極作用。
