《用系統生物學方法對肺癌發生基因調控網路的研究》是依託香港大學深圳研究院，由王俊文擔任項目負責人的重大研究計畫。
基本介紹
- 中文名：用系統生物學方法對肺癌發生基因調控網路的研究
- 項目類別：重大研究計畫
- 項目負責人：王俊文
- 依託單位：香港大學深圳研究院
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
肺癌是中國及全世界發病及致死率最高的癌症之一。目前中國每年新增肺癌病例有近60萬，患者的五年生存率很低，只有15%左右，這給病人和家庭帶來很大的經濟及精神負擔。了解並掌握肺癌形成及轉化的調控網路，以此進行早期診斷及有效治療是目前肺癌研究的焦點。儘管已有大量研究，但肺癌的調控機理還不清楚。我們近期開發的ChIP-Array平台，可對染色質免疫沉澱-測序和基因表達譜數據進行組合分析，從而構建以單個轉錄因子為中心的調控網路。我們組成了一個以臨床轉化醫學和系統生物學為核心的國際團隊，將對肺癌的關鍵轉錄因子的結合位點進行全基因組定位，並拓展ChIP-Array平台來構建以多個轉錄因子為中心的調控網路。我們也將開發一系列關於調控網路構建及調控模組查詢的算法和軟體，並創建肺癌基因調控網路與模組資料庫。該研究將可找到肺癌形成及轉化新的調控網路及模組，為癌症研究提供理論基礎，並為藥物開發提供新靶點。
結題摘要
肺癌為亞洲人癌症死亡的頭號殺手，本項目基於染色質免疫共沉澱測序技術（CHIP-seq）的組蛋白表觀修飾和轉錄因子調控位點的數據，利用轉錄調控網路及其它分析方法，對肺癌發生基因調控網路進行深入和全面的研究，以發現肺癌發生關鍵基因，並闡述其對肺癌發生過程的調控機制。我們開發了多種轉錄調控網路算法，包括基於CHIP-seq和基因表達的數據，並進一步最佳化了ChIP-Array分析平台，使其能夠整合組蛋白修飾等表觀遺傳學的數據，以用於肺癌轉錄調控網路的構建。 同時，利用CHIP-seq技術對來自香港本地人的肺癌細胞系中癌症相關的18個轉錄因子及3個組蛋白修飾的結合位點進行全基因組定位，並利用RNA-seq獲得肺癌和正常組織的表達譜，最後用ChIP-Array平台來構建以多個關鍵轉錄因子為中心的調控網路。此外，我們開發了FaSD和FaSD-somatic兩個工具，可以識別癌細胞中germline和somatic遺傳變異的算法，從基因組測序數據中準確快速的尋找癌細胞中的變異。本研究開發的一系列關於調控網路構建及調控模組查詢的算法和軟體，以及通過CHIP-seq高通量實驗產生的18個轉錄因子的結合位點，將為找到肺癌形成及轉化新的調控網路及模組提供方法及理論基礎。
