石鐵流

石鐵流，男，教授，博士生導師。2008年，受聘為華東師範大學生命醫學研究所和生命科學學院教授、博士生導師。2003年回國以後，石鐵流一直從事生物信息學領域的研究工作，共發表論文28篇，其中SCI收錄21篇，多次被SCI期刊引用，其研究工作受到了國際上相關領域專家的關注。

基本介紹

• 中文名：石鐵流
• 職業：大學教師
• 畢業院校：湖南師範大學
• 職稱：教授，博士生導師
• 任教大學：華東師範大學
• 研究領域：生物信息學領域

基本信息

姓名：石鐵流

性別：男

畢業院校：湖南師範大學

職業：大學教師

最高學歷：博士

任教學校：華東師範大學

所在院系：華東師範大學生命科學學院

學科組：生物信息學

教育背景

2002年6月至今，於中國科學院上海生命科學研究院內工作。

1993年9月——2000年1月，就讀於美國路易斯維爾大學（University of Louisville），攻讀分子生物學，畢業後取得博士學位。

石鐵流教授（左一）匯報生物信息學研究情況

1998年7月——1999年8月，就讀於美國路易斯維爾大學（University of Louisville）計算機專業，畢業後取得碩士學位。

1989年9月——1992年7月，於中國科學院上海植物生理研究所，取得植物生理專業碩士學位。

1984年9月——1989年7月，就讀於湖南師範大學生物系，畢業後取得本科學士學位。

工作經歷

2003年回國以來，石鐵流一直從事生物信息學領域的研究工作，主要開展了以下五個方面的研究：蛋白質功能和蛋白質－蛋白質相互作用分析；基因表達譜和基因調控網路分析；基因功能和比較基因組研究；生物信息學分析方法的開發；生物信息、數據的整合及相關資料庫的設計和開發。

基因表達譜

石鐵流共發表論文28篇，其中SCI收錄21篇，多次被SCI期刊（包括Nature，Nature Protocols，Plos Biology，Trends in 系列等）引用，研究工作受到了國際上相關領域專家的關注。

他還參加編寫了論著《生物學前沿技術在醫學研究中的套用》（第十五章 － 生物信息學與生物醫學， 2007年復旦大學出版社出版）；《現代分子生物學模組實驗指南》（模組十，生物信息學與網路套用，高等教育出版社，2007年）。

五年來，他承擔和參與了多項國家973、863和上海市重大、重點項目和國家自然科學基金。

科研成果

1.改進了基於系統進化譜預測蛋白質相互作用的方法。

2.分析了基於基因組內容的預測蛋白質相互作用方法各自的局限性和偏好性，提出了一套新的最佳化的整合方法。建立了蛋白質相互作用的預測系統。

基因組

3．將Bayes方法套用到蛋白質相互作用預測方法的整合中，克服了各種方法所具有的局限性和偏好性，提高了預測的覆蓋度和準確性，並將整合的方法套用到擬南芥全基因組範圍內的蛋白質相互作用預測中，建立了擬南芥蛋白質相互作用的套用平台。

4. 將改進的Bayes算法 – 模組網路(Module Network)套用到小鼠腦中各個區域的功能研究中，建立小鼠腦中bHLH轉錄因子的調控網路。

5.將比較基因組學的方法套用到水稻基因組的比較中，發現了大量的單核苷酸多態性和缺失、插入，建立了相關的水稻分子標記套用系統。

科研項目

1． 國家高技術研究發展計畫(863計畫)重點項目， “中國人群遺傳多樣性資料庫系統的建立”，課題負責人，已完成。

2． 國家自然科學基金， “資料庫整合基礎上的信號傳導途徑和代謝途徑的動態模擬及動態重現”，課題負責人，已完成。

3． 國家863課題，“基於生物醫學信息整合和挖掘的腫瘤相關基因及分子標記發現”，課題負責人，正在進行。

4． 國家973項目，“基於信息技術的蛋白質研究”子課題，已完成。

5． 國家973項目，“異戊二烯代謝網路及調控研究”子課題，參與，正在進行。

6． 上海市重大項目， “利用系統生物學理念及方法動態研究腫瘤發生治療”中的子課題，已完成。

7． 美國FDA的MAQC（Microarray Quality Control）國際合作項目，負責毒理基因組學中鑑定小分子毒理的特徵基因挑選和腫瘤分子標記發現的研究，正在進行

相關論文

日期	題目	編號
2008	AtPID: Arabidopsis thaliana protein interactome database an integrative platform for plant systems biology. Nucleic Acids Res.	36: D999-D1008
2007	Regulatory Module Network of bHLH Transcription Factors in Mouse Brain. Genome Biol.	Vol.8 (11):R244
2006	Identification and analysis of the mouse basic/Helix-Loop-Helix transcription factor family. Biochem Biophys Res Commun.	Vol.350:648-656
2005	Refined phylogenetic profile method for predicting protein-protein interaction. Bioinformatics	Vol.21(16):3409-3415
2004	Detection of genome-wide DNA polymorphisms in Rice. Plant Physiology	Vol.135(3):1206 – 1220