根據中共青海省委辦公廳、青海省人民政府辦公廳《關於印發玉樹州州縣政府機構改革實施方案的通知》(青辦發〔2009〕74號)和中共玉樹州委、玉樹州人民政府《關於州人民政府機構設定的通知》（玉發〔2010〕4號），設立玉樹州環境保護局，為州政府工作部門。
職責調整,主要職責,內設機構,人員編制,其他事項,
職責調整
（一）取消已由州政府公布取消的行政審批事項。
（二）劃入原州林業和環境保護局的環境保護職責。
（三）承接省環保廳下放的水污染物排放許可證審批和發放職責。
（四）將重要飲用水源地、主要區域、流域、危險廢物和土壤等有關污染防治專項規劃編制中的技術工作以及水、大氣、噪音專項環境功能區劃編制中的技術工作交給事業單位承擔。
（五）加強環境治理和生態保護的指導、協調、監督職責；加強落實減排目標、環境監管的職責；加強農牧區環境保護職責。
（六）州環境保護局對水環境質量和水污染防治負責，州水利局對水資源利用負責。
主要職責
（一）貫徹有關環境保護工作的法律法規、規章和方針政策，並對執行情況進行監督。擬定本地區環境保護髮展中長期規劃及年度計畫並組織實施。
（二）負責環境保護工作的監督管理。組織實施環境功能區劃、環境保護標準和污染排放標準；監督管理環境污染防治和城鄉環境綜合治理工作；調查處理環境污染事故及污染糾紛。
（三）負責落實減排目標責任。依照規定對建設項目的環境影響、排污收費、排污許可證、污染限期治理進行監督管理，督察、督辦、核查污染物減排任務完成情況，組織實施環境保護目標責任制、總量減排考核工作。
（四）負責環境污染的監督管理。負責大氣、水體、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品及機動車等的污染防治工作，會同有關部門監督管理飲用水水源地環境保護工作。
（五）負責全州輻射環境、放射性廢物污染管理工作。監督管理電磁輻射、高壓輸變電、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治。
（六）組織開展生態環境質量評估工作；承擔自然環境和資源保護工作，提出自然保護區的審批建議；監督管理對生態環境有影響的資源開發活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作。
（七）指導、協調、監督生態保護工作，協調指導各種類型的自然保護區、風景名勝區、森林公園的環境保護工作；協調和監督野生動植物保護、濕地環境保護、荒漠化防治工作。協調指導農牧區生態環境保護，監督生物科技環境安全，牽頭生物物種（含遺傳資源）工作，組織協調生物多樣性保護。
（八）指導實施環境監測制度和規定，建立和施行環境質量公告制度，統一發布環境綜合性報告和重大環境信息。
（九）組織開展環境科學技術研究、環境保護的宣傳教育。推動環境技術管理體系建設和社會公眾參與環境保護工作。
（十）指導和推動環境保護產業市場的監督管理工作。
（十一）承辦州政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，環境保護局設2個內設機構：
（一）辦公室
負責機關文電、會務、機要、檔案、統計、政務公開、督察督辦、安全保密和信訪工作；負責機關財務和國有資產管理；承擔環境保護目標責任考核有關工作；擬訂環境保護宣傳教育政策、規劃、綱要，並組織實施；承擔環境保護行政處罰、行政複議和應訴工作；承擔環境統計的匯總分析、環境統計年報、統計報告的起草工作；發布環境信息；擬訂主要污染物排放總量控制計畫，建立和組織實施總量減排責任制考核制度；負責污染源普查工作。
（二）環境保護科
指導、協調、監督全州環境保護工作；監督指導各種類型自然保護區、風景名勝區及森林公園的環境保護工作；擬訂突發生態環境事件應急預案並組織實施；依法負責對重大生態破壞事件的調查和處理；負責指導和監督礦區復墾、生態破壞恢復整治，濕地環境保護、荒漠化防治工作；監督檢查土壤污染防治和修復工作；監督指導農村和小城鎮生態環境保護和環境綜合整治工作；負責環境監測及生態狀況評估；監督管理飲用水源地環境保護工作；指導城鎮環境綜合整治工作；組織開展清潔生產強制性審核，組織實施危險廢物、醫療廢物及電子產品廢物等的登記和處理，對電磁輻射、高壓輸變電、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治實行監督管理。
人員編制
州環境保護局機關行政編制為5名。其中局長1名（正縣級）、副局長1名（副縣級）；正科級領導職數2名。
機關工勤人員事業編制1名。
其他事項
將州林業和環境保護局所屬的州環境監理所事業單位劃歸州環境保護局管理。
