在許多流亡的英國保王派同鄉的影響下，霍布斯決定撰寫一本書以闡述政府的重要性、和政治混亂所造成的戰爭。全書架構是根基於1640年所寫的一篇未發表的論文上。在霍布斯看來，國家就像一個偉大的巨人或怪物（利維坦）一般，它的身體由所有的人民所組成，它的生命則起源於人們對於一個公民政府的需求，否則社會便會陷入因人性求生本能而不斷動亂的原始狀態。全書以一篇「回顧與總結」作終，霍布斯總結道人民無論如何都不能違背與國家簽下的社會契約，然而，霍布斯也討論到了當利維坦無法再保護其人民時，這個社會契約便會等於無效。由於當時英國的局勢縱容對於宗教教條的批判，霍布斯的理論也因此更無所忌諱。利維坦的初版名為Elementa philosophica de cive。
在1666年，英國下議院通過了一項對所有無神論者和“不敬神者”不利的法案，這時國王查理二世再次保護了霍布斯免受迫害。當時霍布斯的利維坦被視為是無神論和褻瀆的代表作，霍布斯很擔心會被貼上異教徒的標籤，於是他燒掉了許多可能會對自己不利的文稿。這次危機也使霍布斯開始檢視異端的真相，他將研究結果集合於三篇簡短的論文上，並將其收錄至Appendix to his Latin translation of Leviathan一書里，於1668年在阿姆斯特丹出版。在這幾篇論文中霍布斯指出，除了違反尼西亞信經以外其他的理論都不能被視為異端，並且主張《利維坦》一書仍然符合尼西亞信經的原則。
在回到英國之後，霍布斯重新開始進行他的哲學原理研究。他在1654年出版了De Corpore，同年也發表了一篇短論文Of Liberty and Necessity，由一名與霍布斯熟識的主教約翰·布蘭豪（John Bramhall）出版。布蘭豪是一名忠誠的阿米紐教派信徒，他在認識霍布斯之後便經常與之辯論，兩人以書信私下往來的方式進行辯論和交換意見，不過霍布斯並沒有公開這些信函。後來一名霍布斯的法國友人偶然間發現了一封霍布斯回信的抄本，便將其公開出版並附上“豪華的讚美言詞”。布蘭豪對此相當不滿，於是在1655年將所有兩人來往的書信都公諸於世（以A Defence of the True Liberty of Human Actions from Antecedent or Extrinsic Necessity為標題出版）。接著霍布斯在1656年寫下了“論點石破天驚”的Questions concerning Liberty, Necessity and Chance回復主教，這封信或許是第一篇詳細闡述了決定論的心理學原則的檔案，霍布斯的理論也成為了自由意志爭論的歷史中重要的一部分。主教在1658年以一篇Castigations of Mr Hobbes's Animadversions回復，不過霍布斯並沒有注意到這份回復。
與沃利斯
除了與布蘭豪的爭論外，霍布斯自從於1655年出版De Corpore開始也與其他學者產生不少衝突。在《利維坦》中他挑戰了當時的學術界。在1654年，牛津大學的天文學教授塞思·沃德（Seth Ward）在一篇名為Vindiciae academiarum的文章中回復了霍布斯對於學術界的挑戰。霍布斯在De Corpore哲學原理中的許多錯誤—尤其是在數學上的錯誤也招致了幾何學教授約翰·沃利斯的批評。沃利斯在1655年出版的Elenchus geomeiriae Hobbianae中詳細解釋了霍布斯哲學原理的錯誤，他批評霍布斯以邏輯推理的方式作為數學演算的主軸，並揭露了霍布斯在數學上的許多漏洞。由於霍布斯在演算上缺乏精確的計算，造成他經常使用證據不足的假設來解決原理的問題，由於他的興趣只限於幾何學上，因此他對於數學的整體領域並沒有很清楚的概念。這些問題都使得霍布斯的哲學原理遭受大量批評。最後霍布斯在1656年發行英文版本的De Corpore時便刪除了一些被沃利斯揭發的嚴重錯誤，但他仍然在1656年的Six Lessons to the Professors of Mathematics一系列文章里反駁沃利斯的批評。沃利斯接著寫了一篇論文反駁霍布斯的論點，並趁著霍布斯發行De Corpore英文譯本的期間繼續批評他在數學上的錯誤，霍布斯則以數篇論文反擊。但沃利斯輕易的以一篇回復（Hobbiani puncti dispunctio, 1657）擊倒霍布斯的論點。最後霍布斯拒絕再回復沃利斯，兩人的爭論暫時停息。
霍布斯在1658年發表了他的哲學原理的最後一個部分，將他已經計畫二十年之久的整套原理加以總結。他在De Homine一書里闡述了整套原理的運作，這套哲學原理也與他在政治哲學上的主張相連。同時期沃利斯則發表了微積分的一般原理（Mathesis universatis, 1657）。這時研究工作已經告一段落的霍布斯決定再度挑起爭論，他在1660年春季再度發起攻勢，將六篇論文以Examinatio et emendatio mathematicae hodiernae qualis explicatur in libris Johannis Wallisii為標體出版，批評當時新的數學分析方式。不過這次沃利斯並沒有上當，選擇沉默以對。霍布斯接著試著提起另一個古老的數學問題—加倍立方體問題（Doubling the cube），他私下從法國一位匿名人士信中得知了問題的解答，試圖以這個問題混淆他的批評者。但很快的沃利斯便公開的駁倒了這個解答。霍布斯在1661年底重新以拉丁文出版了這一系列論文（並稍微修改之）並加上替自己辯護文章，在這本名為Dialogus physicus, sive De natura aeris的書中霍布斯還攻擊了羅伯特·波義耳及其他沃利斯的朋友。這次霍布斯改變一貫論調，主張波義耳等人的實驗紀錄—1660年的New Experiments touching the Spring of the Air只不過是證實了他早年提出的推測理論，他並且警告這些新生代的“學者”必須接手他早年未完成的研究進度，否則既有的實驗結果便會毫無進展。然而波義耳等人很輕易的便駁倒了這種站不住腳的批評，緊接著沃利斯寫了一篇名為Hobbius heauton-timorumenos（1662）的諷刺作品來挖苦霍布斯。在這次慘痛教訓之後霍布斯便不再參與科學界的爭論了。
幾何學
在經過一段時間的沉寂後，霍布斯又開始了他人生中第三階段的爭議行動，並且一直維持至他九十歲為止。第一份引發爭議的文章是在1666年發表的De principiis et ratiocinatione geometrarum，霍布斯以此攻擊當時的幾何學界教授。三年之後他將他的三篇數學論文集中於Quadratura circuli, Cubatio sphaerae, Duplicitio cubii發表，很快的這些文章再度被沃利斯駁倒，但霍布斯仍不放棄，又出版了回應批評的版本，但沃利斯仍在當年年底再次駁倒新的版本。這一系列的爭論一直要維持至1678年為止。
思想主張
《利維坦》
《利維坦》一書寫於英國內戰進行之時。在這書中霍布斯陳述他對社會基礎與政府合法性的看法。在人類的自然狀態下，有一些人可能比別人更強壯或更聰明，但沒有一個會強壯到或聰明到不怕在暴力下死亡。當受到死亡威脅時，在自然狀態下的人必然會盡一切所能來保護他自己。霍布斯認為保護自己免於暴力死亡就是人類最高的必要，而權力就是來自於這種必要。在霍布斯所描述的“自然狀態”（state of nature）下，每個人都需要世界上的每樣東西，也就有對每樣東西的權力。但由於世界上的東西都是不足的，所以這種爭奪權力的“所有人對所有人的戰爭”便永遠不會結束。而人生在這種自然狀態下便是“孤獨、貧困、污穢、野蠻又短暫的”（xiii）。霍布斯的墓
托馬斯·霍布斯
晚年的托馬斯·霍布斯
霍布斯的墓
