謝林1775年1月27日出生於德國符騰堡的萊昂貝格,1790年進入圖賓根大學神學院學習哲學和神學,他的父親是這所大學的牧師以及東方文化教授。在這裡他和黑格爾、荷爾德林成為同窗好友。1792年,他從哲學院畢業。之後他開始研讀康德和費希特,兩人的思想極大地影響了青年時的謝林。1794年,他出版了一本闡述費希特思想的文章《論一種絕對形式的哲學可能性》(Über die Möglichkeit einer Form der Philosophie überhaupt,On the Possibility of an Absolute Form of Philosophy)。這篇文章獲得了費希特本人的認可,這使得謝林在哲學界獲得了一定名聲。1795年,謝林完成了他的神學學位論文。畢業後,他在萊比錫作過兩年私人教師,在這期間他研究了數學、物理和醫學,同時研讀了維柯和斯賓諾莎的哲學。
1803年-1806年間,謝林任維爾次堡大學教授,由於他“好戰”的性格,使得他在同僚和政府中有很多敵人。同時他的思想也開始傾向於宗教神秘主義,1804年寫了《哲學與宗教》一書。1806年,他移居慕尼黑,找到了美術學院院長等各種職務。1809年,他的妻子去世,同年他寫出《對人類自由本質的研究》(Investigations of Human Freedom)。文中他對於神秘主義傾向更加明顯,他闡述了康德哲學中對於理性和實踐之間的區分,他將自由定義為對善與惡的理解力(a capacity for good and evil)。這部集謝林晚期思想大成的著作受到了黑格爾刻意貶低,沒有得到它應有的地位。海德格爾仔細研讀了這篇文章並給予了高度評價,他將黑格爾對此文的誣衊評論為“由此可見,一個偉大的思想家在根上怎么也不能理解另一個同樣偉大的思想家,因為他們每個人都有自己獨特的偉大之處。”但這篇文章的某種泛神論思想同樣受到了叔本華的批評。1820年—1827年任埃爾蘭根大學教授,1827年重返慕尼黑執教,並被推舉為國家科學院院長。