中央軍
1928年1月,新編第13軍在江西改稱第46軍,轄新編第4、第5、第6師,師長唐星、張春浦、高霽。由江西進駐杭州、嘉興、桐廬、建德、蘭溪。3月,該軍在津浦路擔任北伐軍的後方警衛。8月,該軍與第10軍合併縮編為第10師。
歷任軍長:
方鼎英
陝西地方部隊
1935年12月,第28、第79師(皆為原國民二軍一部)在湖南洞口編成第46軍。1936年1月30日,該軍由四川綦江出發,進入貴州“追剿”紅二、六軍團,歷經遵義、金沙、黔西、畢節等地。5月15日,到達西康的鹽源、鹽邊,守備雅礱江右岸。6月,轉赴貴州普安。7月,調赴雲南宣威、會澤,旋開赴貴陽轉獨山。10月下旬,北調湖北黃陂、孝感。11月,開赴河南靈寶整訓。12月初調河南洛陽,隸屬豫皖綏靖公署節制。西安事變發生後,該軍於12月17日搶占領陝西潼關,12月20日包圍華縣。抗戰爆發後開新鄉,旋第79師奉命脫離建制,南下參加淞滬會戰,第28師返回潼關。1938年4月,該軍由潼關開赴魯南,屬第5戰區第20軍團,暫轄第49、第92師參加徐州會戰後期作戰(1938年5月3日至5月28日)。戰後到蘇北宿遷,後集中準陰。5月5日軍長樊崧甫因拒不奉命北進被查辦(實際原因疑為樊與新桂系領袖李宗仁、白崇禧的矛盾),該軍番號撤銷。
歷任軍長:
樊崧甫
新桂系軍
1939年1月,第170、第175師和新編第9師在廣西編成第46軍,屬第4戰區第16集團軍。抗戰期間長期駐守廣西。1939年年底該軍在南寧附近參加桂南會戰(1939年11月15日至1940年2月8日)。1944年7月軍部率第175師、新編第19師增援湖南衡陽,在第9戰區參加長衡會戰(1944年5月下至8月上)。戰後返回廣西該軍(欠第170師),屬第27集團軍參加桂柳戰役(1944年9月8日至12月4日)。1945年初第170師裁撤,第31軍所屬第188師撥入,該軍改轄第175、第188、新編第19師,隸屬第2方面軍。4月27日,第175師攻占都安該軍參加桂柳反攻(1945年5月下旬至8月中旬),5月27日攻占南寧,5月30日占賓陽6月1日占遷江,6月30日協助第29軍攻克柳州。8月,進駐雷州半島。10月中旬,該軍到海南接受日軍投降,軍部駐海口,隸屬廣州行營。
1946年5月,整編為整編第46師。9月北調南京上海開赴膠濟路中段作戰,改隸徐州綏靖公署第2綏靖區。10月,駐益都膠縣。11月,第175旅到達青島,第188旅由益都東進。12月,駐防益都濰縣。1947年1月,由周村、博山一線南下萊蕪。2月20日至23日,師部及所屬3個旅被殲滅,第175第188旅旅長甘成城、海競強被俘。
在安徽蚌埠重建該整編師,下轄第188、新編第19旅,屬華中”剿總”第8綏靖區。8月到渦陽截堵劉鄧大軍南下(1947年8月中旬至下)。9月,進至六安、霍山地區。11月在六安、舒城、桐城參加大別山”進剿”作戰(1947年11月27日至1948年2月底),戰後進駐明光、滁縣、合肥、定遠。
1948年9月恢復軍師番號,下轄第188、第236師(由新編第19旅改稱),屬華中軍政長官公署第8綏靖區。12月,增第174師。主力擔任湖口到鄂城江防,第174師擔任安慶江防。1949年4月22日,該軍南撤。5月1日,第174師在安徽屯溪,江西婺源、樂平一線被殲滅,5月2日師長吳中堅被俘。5月,該軍布防於江西萍鄉、宜春上高地區。6月18日到新喻。7月下旬向蓮花、永新轉進。8月在湖南雙峰的永豐鎮附近,參加青樹坪戰鬥。後參加衡陽地區作戰(1949年10月1日至6日)。10月24日,放棄南零陵南下,轉移至廣西興安以東地區。11月22日放棄桂北,由灌陽沿恭城退守蒙江、南平。11月30日退守潯江南岸,旋向西南轉移。12月5日到達陸屋。12月5日,第138師在靈山以北百合地區被殲滅。12月7日一部在欽州以北被殲滅。12月14日該軍殘部近兩千人由蒙包撤入越南。
歷任軍長(整編師師長):
夏威(1939.1.26兼任-1939.11)
何宜(1939.11.5-1940.5)
周祖晃(1940.5-)
黎行恕(-1945.5)
韓練成(1945.5.24-)
譚何易(1947.6-1949.8.1兼任-)