貫徹執行國家和自治區關於衛生工作的法律、法規和方針政策，並監督實施。
主要職責,職能調整,劃出的職能,劃入的職能,
主要職責
(二)研究提出並組織實施全旗衛事業發展規劃，年度計畫;組織實施國家、自治區、衛生技術規範和標準;制定我旗有關衛生技術規範和標準，並組織實施;研究提出我旗區域衛生規劃、統籌規劃與協調全旗衛生資源配置，並組織指導衛生規劃、計畫的實施。
(三)研究制訂全旗農村牧區衛生工作規劃和政策措施，指導實施初級衛生保健規劃。民眾健康危害及重大疾病的防治規劃;組織對重大疾病的綜合防治。
(四)根據《母嬰保健法》，做好本區域內母嬰保健監測及技術指導和醫療保健管理工作，做好廣大婦女兒童的預防保健工作。
(五)依據國家有關衛生監督法規，對傳染病防治、食品衛生、化妝品、職業、環境、放射、學校衛生等實施監督監測，指導衛生防疫、監督監測機構的認證管理工作。
(六)研究制計全旗衛生人才發展規劃，組織管理旗內重點醫療衛生科研攻關，指導醫學科技的普及套用工作。執行衛生技術人員資格考試認定標準，並組織實施。
(七)貫徹中(蒙)西醫並重的方針，推進中(蒙)醫的繼承與發揚。指導全旗中(蒙)醫醫療機構業務建設、人才培養及科研發展工作。
(八)組織調度全旗衛生技術力量，協助旗人民政府和有關部門，對重大意外事件、重大突發疫情、疾病組織緊急救護，防止和控制疫情、疾病的發生、蔓延。
(九)研究指導全旗醫療機構改革，貫徹有關執業標準、醫療質量標準和服務規範，並監督實施。
(十)承擔旗愛國衛生運動委員會辦公室的日常工作。
規劃、部署、協調和指導本行政區域內的愛國衛生工作;組織開展創建衛生城鎮、衛生單位活動和各項衛生檢查評比並制定檢查評比標準、辦法;組織實施除害滅病工作，組織開展全民健康教育活動;完成旗人民政府交辦的其他有關愛國衛生工作。
(十一)承擔旗人民政府和上級業務部門交辦的其它事項。
職能調整
劃出的職能
1、藥政、藥檢職能交由食品藥品監督管理局承擔。
2、醫療保險職能交由勞動和社會保障局承擔。
劃入的職能
原愛國衛生運動委員會辦公室職能併入衛生局。
