《精神分裂症全基因組關聯研究的通路分析及驗證》是依託北京大學，由岳偉華擔任負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名：精神分裂症全基因組關聯研究的通路分析及驗證
- 項目負責人：岳偉華
- 依託單位：北京大學
- 項目類別：面上項目
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
近年來，採用高通量單核苷酸多態性(SNP)晶片檢測技術進行全基因組關聯研究(GWAS)，已成為探索精神分裂症等複雜疾病易感基因的有效策略，而基於GWAS數據的通路(pathway)分析也逐漸成為國際上複雜疾病遺傳研究的熱點。本研究將在課題組已完成的精神分裂症GWAS(Illumina 610K SNP晶片)基礎上，結合KEGG, Biocarta, GO等經典公共生物信息學資料庫，計算基於生物通路的遺傳關聯標準統計量，篩選與精神分裂症顯著關聯的生物通路；並採用Illumina BeadXpress定製SNP晶片基因型檢測方法，在另外選取的病例-對照大樣本中，進行精神分裂症GWAS通路結果分析的驗證。本研究預期結果有望為精神分裂症的發病機制研究提供有益的線索資料。
結題摘要
本研究在課題組前期已完成的中國漢族人群精神分裂症GWAS(768例精神分裂症患者和1,733名正常對照者樣本，Illumina 610K SNP晶片的448,734個SNPs)基礎上，結合公共資料庫蛋白-蛋白相互作用資料庫(PINBA)及密集模組搜尋方法(DMS)進行分析，發現了由多個與精神分裂症關聯的基因集合，如：谷氨酸受體基因(GRM5), 氨基丁酸受體基因(GABRB1, GABARAP),以及MHC區域相關基因(HLA-C, TAP2, HIST1H1B)等。上述有意義生物通路主要與神經發育和免疫功能相關。採用精神病全基因組關聯研究聯合會(PGC)的數據，結合公共資料庫GO的生物學信息進行分析，結果發現三個髓鞘相關通路：髓鞘(Myelin sheath)通路、髓鞘生成(Myelination)通路以及Compiled通路共同與精神分裂症及雙相情感障礙顯著關聯。進一步採用中國漢族人群GWAS數據，對髓鞘化通路上613個基因的1144個SNPs位點進行病例-對照遺傳關聯分析發現，髓鞘相關基因PMP22, BCL2, EXOC4, MBP等與疾病關聯；進一步在獨立樣本中進行驗證發現，上述位點combined P值均＜10-5，達到了Bonforroni校正統計學顯著性水平。對多個精神分裂症神經發育相關易感基因(CACNA1C, BRAP, ATXN2等)進行關聯分析與驗證。並對CACNA1C和CAMKK2基因進行了不同人群大樣本的meta分析，為遺傳學研究提供循證醫學證據。對部分基因進行影像遺傳學分析(MTHFR, STON2)、eQTL分析(BRAP, NKAPL, TSPAN18, MYO5B)、miRNA關聯分析、以及與臨床特徵及抗精神病藥物療效和不良反應的關聯分析(NRXN1, NRXN3, FTO, DRD3, GHRL, ZNF804A, COMT等)。
