根據中共青海省委辦公廳、青海省人民政府辦公廳《關於印發玉樹州州縣政府機構改革方案的通知》（青辦發〔2009〕74號﹚和中共玉樹州委、玉樹州人民政府《關於州人民政府機構設定的通知》（玉發〔2010〕4號），設立玉樹州農牧局，為州政府工作部門。
職責調整,主要職責,內設機構,人員編制,
職責調整
（一）取消已由州政府公布取消的行政審批事項。
（二）加強農畜產品產需調控，引導農牧業產業結構調整，促進農畜產品有效供給和總量平衡、結構合理。
（三）強化農畜產品和農牧業生產資料的質量安全監管，提升農畜產品質量安全水平。
（四）加強對生態農牧業、循環農牧業生物質產業的指導服務和監督管理，促進農牧業資源合理配置和農牧業可持續發展。
主要職責
（一）貫徹有關農牧業發展的法律法規、規章和方針政策，並對執行情況進行監督。擬訂全州農牧業經濟發展規劃並組織實施。
（二）指導農牧區土地（草原）承包、耕地（草場）使用權流轉和承包糾紛仲裁管理。監督管理減輕農牧民負擔和村民籌資籌勞管理工作，指導農牧區集體資產和財務管理。指導、扶持農牧民專業合作社，引導農牧民專業合作經濟組織健康發展。
（三）組織實施促進主要農畜產品生產發展的相關政策措施，引導農牧業產業結構調整和產品品質的改善。指導農畜產品加工業機構調整、技術創新及服務體系建設。培育保護和發展農畜產品品牌。組織實施農牧業開發規劃，配合財政部門組織實施農牧業綜合開發項目。
（四）指導草原保護、建設、管理和監理執法，組織實施遊牧民定居工程建設、退牧還草及三江源農牧項目。負責草原防火工作。擬訂草原保護建設規劃並組織實施。負責草原鼠蟲害預測預報並組織實施相關項目。制定草原發展規劃並組織實施。
（五）承擔提升農畜產品質量安全水平的責任，負責農畜產品質量安全的監督管理。依法開展農畜產品質量安全風險評估，負責農畜產品質量安全監測。參與制訂農畜產品質量安全地方標準並會同有關部門組織實施。負責農畜產品地理標誌監督管理工作。
（六）依法開展農作物種子（種苗）、草種、種畜禽（含胚胎、凍精）、農藥、獸藥、農機、飼料、飼料添加劑的許可和監督管理。負責肥料的監督管理工作。依法負責漁船、漁機、網具的監督管理。指導農牧業機械化發展，主管農業機械安全工作。
（七）組織農牧業動植物病蟲害防治工作。主管動植物防疫工作，承擔組織動植物疫情的撲滅和控制工作。組織獸醫醫政、獸藥藥政藥檢工作。負責執業獸醫、獸醫實驗室生物安全監管。
（八）承擔農牧業防災減災的責任，組織實施緊急救災和災後生產恢復。組織實施農牧業科技成果轉化和科技推廣。
（九）組織農牧業資源區劃工作，負責農用地、漁業水域、草原、宜農（牧）灘涂與濕地以及農牧業生物物種資源的保護和管理，負責水生野生動植物保護工作。組織實施耕地及基本農田質量保護與改良政策，並依法管理耕地質量。負責漁政監督管理工作。
（十）擬訂農牧業資源合理利用和保護的區劃，指導農牧區可再生能源綜合開發與利用，指導農業生物質產業發展和農牧業、農牧區節能減排，指導生態農（牧）業、循環農（牧）業等的發展。
（十一）承辦州政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，州農牧局設5個內設機構：
（一）辦公室。
負責機關文電、會務、機要、檔案、信息、統計、政務公開、信息公布、督查督辦、安全保密和信訪工作；負責機關財務和國有資產管理；承辦行政複議和行政應訴工作；研究提出農牧業和農牧區經濟發展中長期計畫和年度計畫並監督實施；承擔專業技術人員職稱評審工作；監督全州農牧業重大項目資金的管理和使用情況；承擔農牧區實用人才培訓工程和農牧民從業技能、農牧業科技、農牧區勞動力轉移就業培訓工作。
（二）農業科。
擬訂農業開發規劃並監督實施；協調農業資源保護和管理工作；承辦農業建設項目的編制、審核、報批並組織監督實施；指導全州農業信息體系建設；預測並發布農業各行業產品及農業生產資料供求情況等農村經濟信息；負責農業行業統計工作；負責農業法規調研、執法監督和普法宣傳；擬訂全州大宗農產品市場體系建設規劃並組織實施；研究提出全州種植業發展的重大技術措施，指導種植業結構的調整和布局；組織化肥、農藥、種子等產品的質量監督、檢驗、登記；負責農產品安全監管；指導農業植物檢疫工作；指導農業社會化服務體系建設；指導農牧區集體經濟組織建設、財務、資產管理和審計；承擔農牧區土地承包、耕地使用權流轉及承包契約管理工作；監督減輕農牧民負擔的工作；指導全州農業科技體制改革和農業科技示範、推廣工作；組織指導農牧民培訓工作；指導農作物病蟲害防治和農田鼠害防治工作；負責農牧機械行業管理；組織開展漁業和水生野生動物的保護工作，保護和合理開發利用漁業資源；監督管理漁政工作；負責鄉鎮企業的規劃及管理工作。
（三）畜牧獸醫科。
指導全州畜牧業生產；承辦畜牧業建設項目的編制、審核、報批並組織監督實施；收集並發布畜牧業生產動態和主要畜產品市場價格信息；負責畜牧行業統計工作；負責畜牧業法規調研、執法監督和普法宣傳；指導畜牧業結構和布局調整及產品質量改善；指導畜牧業社會化服務體系建設；負責對全州畜牧、獸醫行業的指導；監督實施畜牧獸醫行業標準和規範；監督指導良種畜禽、獸醫醫政、獸藥（械）和藥檢的管理工作；組織實施畜產資源的保護和品種培育；負責全州畜禽良種繁育體系、獸醫衛生監督體系和畜牧獸醫服務體系的規劃和建設，組織實施科技興牧計畫；監督指導動物防疫檢疫工作；組織動物疫情的控制和撲滅。
（四）草原科。
指導全州草場的保護和管理工作；指導草場承包、草場使用權流轉和承包契約管理工作；組織實施農牧民定居工程建設和退牧還草工作；指導草地建設、利用和保護，組織實施草地生態治理和保護工作；組織調查草地資源，編制草原建設規劃；監督指導草原監理工作；組織、指導草原和鼠蟲害的防治、預測預報工作；組織協調、指導監督全州草原防火工作；指導實施牧業基礎設施建設。
（五）退牧還草辦公室。
負責組織實施和管理退牧還草工程建設工作；參與擬訂退牧還草工程規劃、作業設計的編制工作；負責工程項目立項初審工作；承擔退牧還草科技示範、試驗點的業務指導和退牧還草工程建設進度和質量檢查工作，配合做好退牧還草的糧食補發放工作和減畜禁牧工作。
人員編制
州農牧局機關行政編制為10名。其中：局長1名（正縣級）、副局長2名（副縣級），正科級領導職數5名。
機關工勤人員事業編制1名。
