比較分子力場分析法（comparative molecular field analysis）是2014年公布的藥學名詞。
比較分子力場分析法（comparative molecular field analysis）是2014年公布的藥學名詞。定義一種三維定量構效關係方法，這種方法認為藥物分子與受體的相互作用是靠可逆的、非共價結合的弱作用力...
以分子力場為基礎的分子力學計算方法在分子動力學、蒙特卡羅方法、分子對接等分子模擬方法中有著廣泛的套用。來源 我們知道，量子化學計算分子結構和原子、分子間相互作用比較準確，但是很慢；而採用分子力場計算就會很快，因為分子力場並不計算電子相互作用，它是對分子結構的一種簡化模型，所以計算很快。在這個模型中，它...
相似性指數分析法原理 自CramerIII在1988年創建比較分子力場分析(CoMFA)方法以來，CoMFA已經發展成為定量結構與活性相關技術（QSAR）研究中使用最廣泛且最有力的工具之一，它主要用於研究分子周圍的非鍵分子場(立體場與靜電場)改變時，其相應的活性所發生的變化。1994年，Klebe等提出相似性指數分析(CoMSIA)方法，該方法...
2.3 分子連線性指數法 2.4 free-wilson模型 2.5 人工神經網路方法 2.6 取代基參數 參考文獻 第3章 三維定量構效關係(3d-qsar)3.1 分析形狀分析方法 3.2 距離幾何學方法 3.3 比較分子力場分析方法 3.4 comfa在農藥中套用舉例 參考文獻 第4章 先導化合物取代基的最佳化技巧 4.1 經驗設計 4.2 單變數...
例如，1935年日本物理學家湯川秀樹把核力與電磁力相類比，提出了核子通過核力場，由一方放出粒子，另一方吸收粒子而相互作用，並且估算出這種粒子的質量。1974年，鮑威爾發現了這種粒子的存在，使陷入困境的核力研究又充滿了生機。又例如，法國科學家庫侖用扭秤測定兩帶電球間的作用力時，發現兩帶電球間的作用力的定量...
通過對分子、原子在一定時間內運動狀態的模擬，從而以動態觀點考察系統隨時間演化的行為。通常，分子、原子的軌跡是通過數值求解牛頓運動方程得到，勢能（或其對笛卡爾坐標的一階偏導數，即力）通常可以由分子間相互作用勢能函式、分子力學力場、從頭算給出。對於考慮分子本身的量子效應的體系，往往採用波包近似處理或採用...
第四章分子力場和力場參數化106 第一節分子力場的勢函式形式108 第二節分子力場的分類115 一、 傳統力場115 二、第二代力場118 三、 通用力場120 四、其他力場121 第三節力場參數的擬合121 第五章構象分析方法139 第一節小分子的構象分析方法139 一、系統搜尋方法139 二、片段連線方法142 三、隨機搜尋方法143 ...
1. 水分子力場的研究歷史 早在1800年，英國化學家Nicholson通過電解水發現，水由氫和氧兩種元素組成。1805年, Gay-Lussac和von Humboldt證明水由兩份氫元素原子和一份氧元素原子組成，可以表示成H₂O的形式。在Loschmidt和von Hofmann的水分子結構圖和球棍模型中，一個水分子被描述成由一個氧原子和兩個氫原子...
本書詳細介紹了分子力場的基本理論和基本方法，結合我們實驗室多年來在極化分子力場方法方面的研究結果，重點闡述分子極化力場的分類、基本物理模型和相關的套用。簡單闡述分子動力學模擬的基本原理和模擬細節，分類介紹水分子力場、離子水分子相互作用分子力場和蛋白質分子力場。結合和比較不同力場模型下的分子團簇、水溶液...
考慮1：軟體的選擇，這通常和軟體主流使用的力場有關，而軟體本身就具體一定的偏向性，比如說，做蛋白體系，Gromacs，Amber，Namd均可；做DNA, RNA體系，首選肯定是Amber；做界面體系，Dl_POLY比較強大，另外做材料體系，Lammps會是一個不錯的選擇 考慮2：力場的選擇。力場是來描述體系中最小單元間的相互作用的，是...
二硫化碳和二氧化硫等的力場參數，並將所建立的力場用於氟代烷烴構象分析。通過本項目的完成，我們建立了比較精確並有較大套用前景的力場，為用分子力學方法計算高分子的構象性質和用分子模擬方法如分子動學方法或蒙特卡洛方法模擬凝聚態高分子體系及其摻雜、遷移、擴散等問題打下了基礎。本項目已完成了預期的目標。
《鋅蛋白分子力場的開發與套用》是依託中山大學，由巫瑞波擔任項目負責人的青年科學基金項目。中文摘要 鋅蛋白在人類蛋白組中占到了～10%，其各種生物功能的發揮往往需要依賴鋅結合位點。然而鋅配位結構往往表現出複雜多變的特徵，它的配體種類較多，配位模式也多樣化。這就使得金屬鋅蛋白的計算模擬成為當前分子力場方法所...
為了檢驗力場參數是否可有效地用於模擬LDHs體系，使用LDHFF力場對含簡單陰離子的LDHs做分子動力學模擬，將模擬的晶格參數，振動頻率，相對結合能等性質與實驗結果對比。結果表明模擬的晶胞參數與實驗值非常吻合；主體層板的振動和層間陰離子的振動頻率和模式與實驗手段所測十分接近；而長時間動力學模擬中，金屬離子始終保持...
2.3.4QEq計算結果和實驗值的比較066 2.4構象分析067 2.5分子模擬方法在烯烴聚合催化研究中的套用068 2.5.1分子模擬套用綜述068 2.5.2基於金屬原子淨電荷關聯法對催化活性的研究070 參考文獻090 第3章分子動力學模擬方法在高分子溶劑化研究中的套用095 3.1分子力場發展史與平衡時間096 3.1.1分子力場發展史...
8．2．5 計算條件設定 8．3 結果分析 8．3．1 力場選擇 8．3．2 體系平衡判別 8．3．3 穩定性 8．3．4 感度 8．3．5 爆轟性能 8．3．6 力學性能 8．4 共晶炸藥的性能比較與評估 8．4．1 穩定性 8．4．2 感度 8．4．3 爆轟性能 8．4．4 力學性能 8．5 小結 主要縮略語表 參考文獻 ...
人們運用分子形狀分析（molecular shape analysis，MSA）距離幾何（distance geometry，DG）、比較分子力場分析（comparative molecular field analysis，CoMFA）、比較分子相似性指數分析（comparative molecular similarity indices analysis，CoMSIA）等方法，分析藥物分子三維結構與受體作用的相互關係，深入地揭示了藥物與受體相互...
二、Hansch分析法 三、分子連線性指數法 四、量化參數在QSAR研究中的套用 五、比較分子力場分析方法 思考題與習題 主要參考文獻 第六章 典型污染物在環境各圈層中的轉歸與效應 第一節 污染物在多介質多界面環境中的傳輸 第二節 重金屬元素 一、汞 二、鎘 三、鉻 四、砷 第三節 有機污染物 一、持久性有機...
同時，本研究以慢性粒細胞白血病重要治療靶點BCR-ABL酪氨酸激酶為靶標蛋白，以63個已知苯氨嘧啶衍生物作為候選化合物，套用比較分子力場（COMFA）和比較分子相似性指數（COMSIA）分析方法建立了一個具有良好擬合度的BCR-ABL酪氨酸激酶抑制劑的3D-QSAR模型（r2=0.886，RMSE=0.485，Q2=0.768，Pearson-R=0.88），...
4122 分子力學的計算94 4123 量子力學與分子力學相結合的方法96 4124 常用的分子力場96 413 分子動力學97 4131 分子動力學模擬方法97 4132 構象空間搜尋方法97 4133 分子模擬計算中的幾種數理方法98 4134 自由能計算99 42 重要技術101 4...
2. 利用RPLC-MSn、SEC-MALLS、SCX-PDA三種不同色質聯用方式，完成了酪蛋白酶解歷程中多肽疏水性、分子量、荷電數三項特性參數的計算與表征，分析了酶解多肽釋放動力學規律，建立了底物和產物多肽之間的酶解轉化反應網路； 3. 藉助比較分子力場分析法（CoMFA）和比較分子相似指數分析法（CoMSIA），建立了抗菌肽、降...
3. 基於分子對接的鹵代芳烴化合物芳烴受體親和力3D-QSAR研究 採用同源模建方法建立了芳香烴受體配體結合區三級結構。78個鹵代芳烴被對接進芳烴受體配體結合區，建立了基於分子對接構象比較分子力場（CoMFA）和比較分子相似指數分析（CoMSIA）3D-QSAR模型。 4. Ames試驗與QSAR模型結合對芳香胺致癌活性的預測作用初步研究...
活性位點分析軟體有DRID、GREEN、HSITE等。另外還有一些基於蒙特卡羅、模擬退火技術的軟體如MCSS、HINT、BUCKETS等。其中，GRID由Goodford研究小組開發，其基本原理是將受體蛋白的活性部位劃分為有規則的格線點，將探針分子（水分子或甲基等）放置在這些格線點上，採用分子力場方法計算探針分子與受體活性部位各原子的相互作...
結構生物學（大分子模擬和同源模建）信息學 （生物信息學和化學信息學）NMR相關模組 基本操作平台 SYBYL/BASE Tripos軟體基本運行平台，包括分子構建、結構顯示、分子力學計算。檔案輸入/輸出等基本功能。Advanced Computation 分子三維構象的搜尋、分析工具, 幫助尋找分子最低能量構象 MM4 全新的分子力場 MMFF94 新增加...
- 基於小分子的藥物發現和設計模組 DS QSAR GFA Component VAMP Descriptors Component/ DMol3 Descriptors Component DS Library Design DS ADMET DS TOPKAT - 分子力學和分子動力學計算模組 DS CHARMm DS CHARMm Lite DS CFF (高級II類力場)DS MMFF (Merck Molecular Force Field)- 分析模組 DS Biopolymer DS ...
二、分類比較方法155 第六章變化的電磁場156 第一節電磁感應定律156 一、電磁感應現象的發現156 二、法拉第電磁感應定律157 三、楞次定律160 四、渦電流現象162 第二節電路中的電磁感 應互感與自感164 一、互感164 二、自感166 三、磁場能量167 第三節動生電動勢168 一、電源電動勢169 二、動生電動勢的產生...
分子結構數據 摩爾折射率：34.99 摩爾體積（cm³/mol）：128.5 等張比容（90.2K）：293.3 表面張力（dyne/cm）：27.1 極化率（10cm³）：13.87 計算化學數據 疏水參數計算參考值（XlogP）：-0.4 氫鍵供體數量：0 氫鍵受體數量：2 可旋轉化學鍵數量：0 互變異構體數量：0 拓撲分子極性表面積（TPSA）...
隨著科學技術的發展，新的研究發現，“蟲洞”的超強力場可以通過“負質量”來中和，達到穩定“蟲洞”能量場的作用。科學家認為，相對於產生能量的“正物質”，“反物質”也擁有“負質量”，可以吸去周圍所有能量。像“蟲洞”一樣，“負質量”也曾被認為只存在於理論之中。不過，目前世界上的許多實驗室已經成功地...
許多重要的數據缺乏。目前影響測量準確性的困難仍然主要來自化學部分。應當指出，生成熱數據除可用熱化學實驗測定外，原則上也可用量子化學計算。但除極簡單的分子外，準確性都不如實驗結果高。對於半經驗的量子化學或分子力場計算來說，準確的量熱結果始終是它們建立模型和檢驗結果的基礎。
